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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1kjm | ||||||
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タイトル | TAP-A-associated rat MHC class I molecule | ||||||
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![]() | IMMUNE SYSTEM / peptide-MHC complex / heterodimer / extracellular domain | ||||||
機能・相同性 | ![]() Endosomal/Vacuolar pathway / DAP12 interactions / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / ER-Phagosome pathway / DAP12 signaling / Neutrophil degranulation / response to cadmium ion / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib ...Endosomal/Vacuolar pathway / DAP12 interactions / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / ER-Phagosome pathway / DAP12 signaling / Neutrophil degranulation / response to cadmium ion / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / cellular response to iron ion / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / cellular response to iron(III) ion / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / negative regulation of forebrain neuron differentiation / regulation of erythrocyte differentiation / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of iron ion transport / response to molecule of bacterial origin / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / MHC class I protein complex / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / MHC class II protein complex / cellular response to nicotine / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / phagocytic vesicle membrane / peptide antigen binding / positive regulation of cellular senescence / negative regulation of epithelial cell proliferation / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / positive regulation of immune response / positive regulation of T cell activation / sensory perception of smell / negative regulation of neuron projection development / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / iron ion transport / T cell differentiation in thymus / protein refolding / protein homotetramerization / intracellular iron ion homeostasis / amyloid fibril formation / learning or memory / response to xenobiotic stimulus / immune response / external side of plasma membrane / lysosomal membrane / signaling receptor binding / structural molecule activity / protein homodimerization activity / extracellular space / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Rudolph, M.G. / Stevens, J. / Speir, J.A. / Trowsdale, J. / Butcher, G.W. / Joly, E. / Wilson, I.A. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structures of two rat MHC class Ia (RT1-A) molecules that are associated differentially with peptide transporter alleles TAP-A and TAP-B. 著者: Rudolph, M.G. / Stevens, J. / Speir, J.A. / Trowsdale, J. / Butcher, G.W. / Joly, E. / Wilson, I.A. #1: ![]() タイトル: Two different, highly exposed, bulged structures for an unusually long peptide bound to rat MHC class I RT1-Aa 著者: Speir, J.A. / Stevens, J.S. / Joly, E. / Butcher, G.W. / Wilson, I.A. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 94.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 71.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 451.9 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 466.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 19.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 26.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 33326.961 Da / 分子数: 1 断片: extracellular domain, residues 25-300, numbered 1-276, plus C-terminal his tag 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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#2: タンパク質 | 分子量: 11783.478 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 21-119, numbered 1-99 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
#3: タンパク質・ペプチド | 分子量: 924.979 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 詳細: The peptide was chemically synthesized. The sequence of the peptide was derived from biochemical binding data. |
#4: 化合物 | ChemComp-SO4 / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.51 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 2M (NH4)2SO4, 1% glycerol, 0.1 M Tris/HCl, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 290K | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 17 ℃ | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年4月4日 |
放射 | モノクロメーター: Cyclindrically bent triangular Si(111) asymmetric cut, horizontal monochromator プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.08 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.35→19.8 Å / Num. obs: 22313 / % possible obs: 94.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.76 % / Biso Wilson estimate: 32.7 Å2 / Rsym value: 0.08 / Net I/σ(I): 12.7 |
反射 シェル | 解像度: 2.35→2.43 Å / 冗長度: 2.38 % / Mean I/σ(I) obs: 1.86 / Num. unique all: 2120 / Rsym value: 0.423 / % possible all: 92 |
反射 | *PLUS 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.08 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 92 % / 冗長度: 2.4 % / Num. unique obs: 2120 / Rmerge(I) obs: 0.423 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1ED3 MOLECULE 1 解像度: 2.35→19.8 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.91 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.894 / SU B: 12.91 / SU ML: 0.307 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.44 / ESU R Free: 0.271 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 11.686 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.35→19.8 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.35→2.412 Å / Total num. of bins used: 20 /
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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精密化 | *PLUS 最低解像度: 19.8 Å / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor Rfree: 0.268 / Rfactor Rwork: 0.246 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS 最低解像度: 2.41 Å / Rfactor Rfree: 0.345 / Rfactor Rwork: 0.359 |