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- PDB-1kj3: Mhc Class I H-2Kb molecule complexed with pKB1 peptide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1kj3
タイトルMhc Class I H-2Kb molecule complexed with pKB1 peptide
要素
  • BETA-2 MICROGLOBULIN
  • H-2KB MHC CLASS I MOLECULE ALPHA CHAIN
  • NATURALLY PROCESSED OCTAPEPTIDE PKB1
キーワードIMMUNE SYSTEM / MHC CLASS I / H-2KB / PMHC COMPLEX / ALLOGENEIC
機能・相同性
機能・相同性情報


alpha-aminoacyl-tRNA binding / cytoplasmic exosome (RNase complex) / positive regulation of mRNA catabolic process / Endosomal/Vacuolar pathway / DAP12 interactions / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / GTP metabolic process / ER-Phagosome pathway / DAP12 signaling / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell ...alpha-aminoacyl-tRNA binding / cytoplasmic exosome (RNase complex) / positive regulation of mRNA catabolic process / Endosomal/Vacuolar pathway / DAP12 interactions / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / GTP metabolic process / ER-Phagosome pathway / DAP12 signaling / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class I / inner ear development / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-dependent / translation elongation factor activity / cellular defense response / Neutrophil degranulation / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / cellular response to iron(III) ion / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / negative regulation of forebrain neuron differentiation / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of erythrocyte differentiation / regulation of iron ion transport / MHC class I peptide loading complex / response to molecule of bacterial origin / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / MHC class I protein complex / peptide antigen binding / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / cellular response to nicotine / phagocytic vesicle membrane / positive regulation of cellular senescence / negative regulation of epithelial cell proliferation / sensory perception of smell / negative regulation of neuron projection development / iron ion transport / T cell differentiation in thymus / protein refolding / protein homotetramerization / amyloid fibril formation / intracellular iron ion homeostasis / cytoplasmic translation / tRNA binding / learning or memory / defense response to bacterium / external side of plasma membrane / GTPase activity / GTP binding / structural molecule activity / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / extracellular space / cytosol
類似検索 - 分子機能
GTP binding protein 1-like, GTP-binding domain / : / Translation elongation factor EF1A/initiation factor IF2gamma, C-terminal / Translation elongation factor EFTu-like, domain 2 / Elongation factor Tu domain 2 / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / Translational (tr)-type GTP-binding domain / Elongation factor Tu GTP binding domain / Translational (tr)-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. ...GTP binding protein 1-like, GTP-binding domain / : / Translation elongation factor EF1A/initiation factor IF2gamma, C-terminal / Translation elongation factor EFTu-like, domain 2 / Elongation factor Tu domain 2 / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / Translational (tr)-type GTP-binding domain / Elongation factor Tu GTP binding domain / Translational (tr)-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Translation protein, beta-barrel domain superfamily / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GTP-binding protein 1 / Beta-2-microglobulin / H-2 class I histocompatibility antigen, K-B alpha chain
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Reiser, J.-B. / Gregoire, C. / Darnault, C. / Mosser, T. / Guimezanes, A. / Schmitt-Verhulst, A.-M. / Fontecilla-Camps, J.C. / Mazza, G. / Malissen, B. / Housset, D.
引用
ジャーナル: Immunity / 年: 2002
タイトル: A T cell receptor CDR3beta loop undergoes conformational changes of unprecedented magnitude upon binding to a peptide/MHC class I complex.
著者: Reiser, J.B. / Gregoire, C. / Darnault, C. / Mosser, T. / Guimezanes, A. / Schmitt-Verhulst, A.M. / Fontecilla-Camps, J.C. / Mazza, G. / Malissen, B. / Housset, D.
#1: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1995
タイトル: Crystal structure of an H-2Kb-ovalbumin peptide complex reveals the interplay of primary and secondary anchor positions in the major histocompatibility complex binding groove
著者: Fremont, D. / Stura, E. / Matsumura, M. / Peterson, P. / Wilson, I.
#2: ジャーナル: EUR.J.IMMUNOL. / 年: 2001
タイトル: IDENTIFICATION OF ENDOGENEOUS PEPTIDES RECOGNIZED BU IN VIVO OR IN VITRO GENERATED ALLOREACTIVE CTL: DISTINCT CHARACTERISTICS CORRELATED WITH CD-8 DEPENDENCE
著者: Guimezanes, A. / Barret-Wilt, G. / Gulden-Thompson, P. / Shabanowitz, J. / Hunt, D. / Schmitt-Verhulst, A.-M.
履歴
登録2001年12月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年3月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月16日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: H-2KB MHC CLASS I MOLECULE ALPHA CHAIN
P: NATURALLY PROCESSED OCTAPEPTIDE PKB1
L: BETA-2 MICROGLOBULIN
I: H-2KB MHC CLASS I MOLECULE ALPHA CHAIN
Q: NATURALLY PROCESSED OCTAPEPTIDE PKB1
M: BETA-2 MICROGLOBULIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,7076
ポリマ－89,7076
非ポリマー00
水6,774376
1
H: H-2KB MHC CLASS I MOLECULE ALPHA CHAIN
P: NATURALLY PROCESSED OCTAPEPTIDE PKB1
L: BETA-2 MICROGLOBULIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,8533
ポリマ－44,8533
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4250 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area19160 Å2
手法PISA
2
I: H-2KB MHC CLASS I MOLECULE ALPHA CHAIN
Q: NATURALLY PROCESSED OCTAPEPTIDE PKB1
M: BETA-2 MICROGLOBULIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,8533
ポリマ－44,8533
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4260 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area19210 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.240, 90.630, 89.580
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 111.51, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質 H-2KB MHC CLASS I MOLECULE ALPHA CHAIN / H-2KB MHC CLASS I MOLECULE heavy chain


分子量: 32199.971 Da / 分子数: 2 / 断片: EXTRACELLULAR DOMAINS (ALPHA1, ALPHA2, ALPHA3) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子 (発現宿主): H2-K / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P01901
#2: タンパク質・ペプチド NATURALLY PROCESSED OCTAPEPTIDE PKB1


分子量: 949.165 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: SEQUENCE NATURALLY OCCURS IN MUS MUCULUS / 参照: UniProt: O08582
#3: タンパク質 BETA-2 MICROGLOBULIN


分子量: 11704.359 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子 (発現宿主): B2M / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P01887
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 376 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.87 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 1.5M K2HPO4/N2HPO4, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
11.5 Msodium potassium phosphate1droppH6.5
24.0 mg/mlprotein1drop

-
データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-3 / 波長: 0.931 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 1999年2月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.931 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→22.53 Å / Num. all: 43653 / Num. obs: 43653 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.3 % / Rsym value: 0.046 / Net I/σ(I): 11.4
反射 シェル解像度: 2.3→2.42 Å / 冗長度: 2.5 % / Mean I/σ(I) obs: 4.2 / Num. unique all: 6306 / Rsym value: 0.161 / % possible all: 98.9
反射
*PLUS
最高解像度: 2.3 Å / Rmerge(I) obs: 0.046

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
AMoRE位相決定
REFMAC精密化
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1VAC

1vac


解像度: 2.3→12 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.259 4278 10 %RANDOM
Rwork0.207 ---
all0.211 42902 --
obs0.211 42902 --
原子変位パラメータBiso mean: 40.57 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.9 Å20 Å20.3 Å2
2--12.1 Å20 Å2
3----6.7 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→12 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6318 0 0 376 6694
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0090.02
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.0220.03
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.0270.05
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.011
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.140.2
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor2.27
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor17.915
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor24.220
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it1.112
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it2.023
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it2.033
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it3.174
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.4 Å /
Rfactor反射数
Rfree0.32 484
Rwork0.246 -
obs-4765
精密化
*PLUS
% reflection Rfree: 10 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it1.112
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it2.033
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it2.023
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it3.174

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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