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- PDB-1kix: Dimeric Structure of the O. nova Telomere End Binding Protein Alp... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1kix
タイトルDimeric Structure of the O. nova Telomere End Binding Protein Alpha Subunit with Bound ssDNA
要素
  • 5'-D(*T*TP*TP*TP*GP*GP*GP*G)-3'
  • Telomere-Binding Protein alpha Subunit
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / TELOMERE BINDING PROTEIN / DNA-PROTEIN INTERACTIONS / SINGLE STRANDED DNA / ssDNA / DNA BINDING PROTEIN-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


telomere cap complex / telomerase inhibitor activity / regulation of telomere maintenance via telomerase / telomere capping / single-stranded telomeric DNA binding / nuclear telomere cap complex / G-rich strand telomeric DNA binding / protein-containing complex
類似検索 - 分子機能
Telomere-binding protein, alpha subunit, Spirotrichea / : / Telomere end-binding protein alpha subunit OB2 domain / Protection of telomeres protein 1 / Telomeric single stranded DNA binding POT1/Cdc13 / Telomeric single stranded DNA binding POT1/CDC13 / Telomeric single stranded DNA binding POT1/CDC13 / Nucleic acid-binding proteins / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Nucleic acid-binding, OB-fold ...Telomere-binding protein, alpha subunit, Spirotrichea / : / Telomere end-binding protein alpha subunit OB2 domain / Protection of telomeres protein 1 / Telomeric single stranded DNA binding POT1/Cdc13 / Telomeric single stranded DNA binding POT1/CDC13 / Telomeric single stranded DNA binding POT1/CDC13 / Nucleic acid-binding proteins / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Nucleic acid-binding, OB-fold / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / Telomere-binding protein subunit alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Sterkiella nova (真核生物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Peersen, O.B. / Ruggles, J.A. / Schultz, S.C.
引用
ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 2002
タイトル: Dimeric structure of the Oxytricha nova telomere end-binding protein alpha-subunit bound to ssDNA.
著者: Peersen, O.B. / Ruggles, J.A. / Schultz, S.C.
#1: ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 1998
タイトル: Crystal structure of the Oxytricha nova telomere end binding protein complexed with single strand DNA
著者: Horvath, M.P. / Schweiker, V.L. / Bevilacqua, J.M. / Ruggles, J.A. / Schultz, S.C.
#2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2001
タイトル: Crystal Structure of the N-terminal Domain of Oxytricha nova Telomere End-binding Protein alpha Subunit both Uncomplexed and Complexed with Telomeric ssDNA
著者: Classen, S. / Ruggles, J.A. / Schultz, S.C.
履歴
登録2001年12月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年2月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
D: 5'-D(*T*TP*TP*TP*GP*GP*GP*G)-3'
A: Telomere-Binding Protein alpha Subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,8494
ポリマ－58,6572
非ポリマー1922
水1,54986
1
D: 5'-D(*T*TP*TP*TP*GP*GP*GP*G)-3'
A: Telomere-Binding Protein alpha Subunit
ヘテロ分子

D: 5'-D(*T*TP*TP*TP*GP*GP*GP*G)-3'
A: Telomere-Binding Protein alpha Subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)117,6988
ポリマ－117,3144
非ポリマー3844
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation22_565z,-y+1,x1
単位格子
Length a, b, c (Å)284.000, 284.000, 284.000
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number209
Space group name H-MF432

-
要素

#1: DNA鎖 5'-D(*T*TP*TP*TP*GP*GP*GP*G)-3'


分子量: 2488.637 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: 3' Terminal Single Strand DNA Sequence of Macronuclear Telomeres
#2: タンパク質 Telomere-Binding Protein alpha Subunit / alpha / macronuclear alpha protein (alanine version) / MAC-56A


分子量: 56168.301 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: alanine version / 由来: (組換発現) Sterkiella nova (真核生物) / 遺伝子: MAC-56A / プラスミド: pKKT7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) pLysS / 参照: UniProt: P29549
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 86 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 82 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: Ammonium Sulfate, Xylitol, HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1Ammonium Sulfate11
2Xylitol11
3HEPES11
結晶化
*PLUS
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
114 mg/mlprotein1drop
220-50 %oligonucleotide1dropmolar excess
32.0-2.1 Mammonium sulfate1reservoir
45 %(w/v)xylitol1reservoir
550 mMHEPES1reservoirpH7.5
62 mMdithiothreitol1reservoir
70.02 %(w/v)sodium azide1reservoir

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-BM-C / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 1999年9月2日 / 詳細: BENY CONICAL SI MIRROR (RH COATING)
放射モノクロメーター: BENT CYLINDRICAL GE (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→35 Å / Num. obs: 27195 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 5 % / Biso Wilson estimate: 51.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.075 / Net I/σ(I): 16.1
反射 シェル解像度: 2.7→2.76 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.548 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 94.5
反射
*PLUS
最低解像度: 35 Å / Num. measured all: 135022
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.7 Å / % possible obs: 94.5 %

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLORモデル構築
CNS0.9精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLOR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Alpha N-terminal domains from alpha-beta-ssDNA complex (1OTC)

1otc


解像度: 2.7→29.77 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 253035.55 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD BASED ON REFLECTION INTENSITIES
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24 2687 9.9 %RANDOM
Rwork0.208 ---
obs0.208 27046 98.4 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 28.5108 Å2 / ksol: 0.367888 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 43.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.38 Å0.33 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.43 Å0.39 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→29.77 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3605 136 10 86 3837
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d25.1
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.78
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it2.191.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it3.882
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.862
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it4.452.5
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.87 Å / Rfactor Rfree error: 0.016 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.327 421 9.8 %
Rwork0.313 3885 -
obs--95.8 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2DNA-RNA_REP.PARAMDNA-RNA.TOP
X-RAY DIFFRACTION3WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION4ION.PARAMION.TOP
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 0.9 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最低解像度: 30 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor Rfree: 0.24
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 43.7 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.34
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg25.1
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.78
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it2.191.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.862
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it3.882
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it4.452.5
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.327 / % reflection Rfree: 9.8 % / Rfactor Rwork: 0.313

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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