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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1ki9 | ||||||
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タイトル | Adenylate kinase from Methanococcus thermolithotrophicus | ||||||
要素 | adenylate kinase | ||||||
キーワード | SIGNALING PROTEIN / TRANSFERASE / kinase / phosphotransferase | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Methanothermococcus thermolithotrophicus (古細菌) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.76 Å | ||||||
データ登録者 | Criswell, A.R. / Konisky, J. / Phillips Jr., G.N. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2003 タイトル: Structures of thermophilic and mesophilic adenylate kinases from the genus Methanococcus 著者: Criswell, A.R. / Bae, E. / Stec, B. / Konisky, J. / Phillips Jr., G.N. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1ki9.cif.gz | 122.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1ki9.ent.gz | 97.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1ki9.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ki/1ki9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ki/1ki9 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 21486.764 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Methanothermococcus thermolithotrophicus (古細菌) 遺伝子: adk / プラスミド: pET11a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P43410, adenylate kinase #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.7 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: PEG 6000, MPD, HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP at 298K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 4.6 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年2月14日 / 詳細: confocal |
放射 | モノクロメーター: mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.5→50 Å / Num. all: 27043 / Num. obs: 25623 / % possible obs: 94.7 % / Biso Wilson estimate: 32.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.068 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.76 Å / % possible obs: 95.1 % / Rmerge(I) obs: 0.06 |
反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 2.76 Å / 最低解像度: 2.95 Å / % possible obs: 94.4 % / Rmerge(I) obs: 0.175 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB entry 1NKS 解像度: 2.76→30.78 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Data cutoff high absF: 157151.63 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 32.3445 Å2 / ksol: 0.33371 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 43 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.76→30.78 Å
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拘束条件 |
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Xplor file |
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精密化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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