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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1kgs | ||||||
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タイトル | Crystal Structure at 1.50 A of an OmpR/PhoB Homolog from Thermotoga maritima | ||||||
要素 | DNA BINDING RESPONSE REGULATOR D | ||||||
キーワード | DNA BINDING PROTEIN / DNA-binding protein / alph-beta sandwich / winged-helix / helix-turn-helix / response regulator | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 phosphorelay response regulator activity / protein-DNA complex / transcription cis-regulatory region binding / regulation of DNA-templated transcription / metal ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Thermotoga maritima (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.5 Å | ||||||
データ登録者 | Buckler, D.R. / Zhou, Y. / Stock, A.M. | ||||||
引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2002 タイトル: Evidence of intradomain and interdomain flexibility in an OmpR/PhoB homolog from Thermotoga maritima. 著者: Buckler, D.R. / Zhou, Y. / Stock, A.M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1kgs.cif.gz | 64.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1kgs.ent.gz | 47.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1kgs.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1kgs_validation.pdf.gz | 435.6 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1kgs_full_validation.pdf.gz | 438.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1kgs_validation.xml.gz | 14.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1kgs_validation.cif.gz | 20.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kg/1kgs ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kg/1kgs | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 26478.363 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア) 遺伝子: DRRD / プラスミド: pDrrD / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834 / 参照: UniProt: Q9WYN0 | ||||
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#2: 化合物 | ChemComp-SCN / #3: 水 | ChemComp-HOH / | Has protein modification | Y | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.48 % | ||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: Protein at 12-25 mg/ml in 0.0125 M tris(hydroxymethyl)amino methane (TRIS) pH 8.0, 0.50 M NaCl; precipitating solution: 20% (w/v) PEG 3350, 0.10 M 2-(N-Morpholino)ethanesulfonic acid (MES) pH ...詳細: Protein at 12-25 mg/ml in 0.0125 M tris(hydroxymethyl)amino methane (TRIS) pH 8.0, 0.50 M NaCl; precipitating solution: 20% (w/v) PEG 3350, 0.10 M 2-(N-Morpholino)ethanesulfonic acid (MES) pH 6.5, 0.20 M potassium thiocyanate (KSCN), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K | ||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: matrix screening kits | ||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X8C / 波長: 0.9640, 0.9796, 0.9797 | ||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年4月13日 / 詳細: parabolic collimating mirror | ||||||||||||
放射 | モノクロメーター: double-crystal / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 1.5→20 Å / Num. all: 40628 / Num. obs: 40466 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.4 % / Biso Wilson estimate: 14.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.052 / Rsym value: 0.052 / Net I/σ(I): 7.5 | ||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 1.5→1.57 Å / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.139 / Mean I/σ(I) obs: 5 / Num. unique all: 5891 / Rsym value: 0.139 / % possible all: 100 | ||||||||||||
反射 シェル | *PLUS 最低解像度: 1.58 Å / % possible obs: 100 % / Num. unique obs: 5891 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.5→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.941 / SU B: 1.612 / SU ML: 0.061 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: BABINET MODEL WITH MASK / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.069 / ESU R Free: 0.072 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber 詳細: Maximum likelihood target and experimental phases as Hendrickson-Lattman coefficients used throughout refinement. TLS refinement performed for last stages where each subdomain defined as ...詳細: Maximum likelihood target and experimental phases as Hendrickson-Lattman coefficients used throughout refinement. TLS refinement performed for last stages where each subdomain defined as separate group. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 13.834 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.5→20 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.5→1.539 Å / Total num. of bins used: 20 /
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: REFMAC / バージョン: 5 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS σ(F): 0 / % reflection Rfree: 5 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.227 / Rfactor Rwork: 0.19 |