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万見
- PDB-1kgk: Direct Observation of a Cytosine Analog that Forms Five Hydrogen ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1kgk
タイトルDirect Observation of a Cytosine Analog that Forms Five Hydrogen Bonds to Guanosine; Guanyl G-Clamp
要素5'-D(*GP*(GCK)P*GP*TP*AP*TP*AP*CP*GP*C)-3'
キーワードDNA / A-form Double Helix / cytosine analogue
機能・相同性METHOXY-ETHOXYL / SPERMINE (FULLY PROTONATED FORM) / DNA
機能・相同性情報
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1 Å
データ登録者Wilds, C.J. / Maier, M.A. / Tereshko, V. / Manoharan, M. / Egli, M.
引用ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2002
タイトル: Direct Observation of a Cytosine Analogue that Forms Five Hydrogen Bonds to Guanosine: Guanidino G-Clamp
著者: Wilds, C.J. / Maier, M.A. / Tereshko, V. / Manoharan, M. / Egli, M.
履歴
登録2001年11月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年12月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5'-D(*GP*(GCK)P*GP*TP*AP*TP*AP*CP*GP*C)-3'
B: 5'-D(*GP*(GCK)P*GP*TP*AP*TP*AP*CP*GP*C)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,8315
ポリマ－6,4742
非ポリマー3573
水2,792155
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)24.520, 43.020, 46.680
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: DNA鎖 5'-D(*GP*(GCK)P*GP*TP*AP*TP*AP*CP*GP*C)-3'


分子量: 3237.199 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Solid phase chemical synthesis.
#2: 化合物 ChemComp-MOE / METHOXY-ETHOXYL / 2-メトキシエタノ-ルアニオン


分子量: 75.086 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H7O2
#3: 化合物 ChemComp-SPK / SPERMINE (FULLY PROTONATED FORM) / 1,5,10,14-テトラアゾニアテトラデカン


分子量: 206.372 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H30N4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 155 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 33.07 %
結晶化温度: 298 K / 手法: ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 1.2 mM DNA, 5% MPD, 20 mM Sodium Cacodylate, 40 mM sodium chloride, 6 mM potassium chloride, 10 mM magnesium chloride; equilibrated against 35% MPD, pH 6.0, Hanging Drop, temperature 298K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1MPD11
2Sodium Cacodylate11
3NaCl11
4KCl11
5MgCl211
6MPD11
7NaCl12
8KCl12
9MgCl212
10MPD12
11Sodium Cacodylate12
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
11.2 mMDNA1drop
25 %MPD1drop
320 mMsodium cacodylate1droppH6.0
46 mMspermine 4HCl1drop
540 mM1dropNaCl
66 mM1dropKCl
710 mM1dropMgCl2
835 %(v/v)MPD1reservoir
91
101
111

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データ収集

回折平均測定温度: 120 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 5ID-B / 波長: 0.978 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2000年4月29日 / 詳細: mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.978 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1→10 Å / Num. all: 27320 / Num. obs: 27320 / % possible obs: 99.6 % / Rmerge(I) obs: 0.047
反射 シェル解像度: 1→1.1 Å / % possible all: 99.6
反射
*PLUS
最低解像度: 20 Å

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解析

ソフトウェア
名称分類
AMoRE位相決定
SHELXL-97精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1→10 Å / Num. parameters: 5528 / Num. restraintsaints: 26595 /
Rfactor反射数%反射
all0.128 27320 -
obs-27320 99.6 %
Refine analyzeOccupancy sum hydrogen: 283.5 / Occupancy sum non hydrogen: 608
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 686 68 155 909
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.015
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.021
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.222
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol0
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0.055
ソフトウェア
*PLUS
名称: SHELXL-97 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 1 Å / 最低解像度: 10 Å / % reflection Rfree: 10 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
LS精密化 シェル
*PLUS
最高解像度: 1 Å / 最低解像度: 1.1 Å / Num. reflection obs: 6666 / Rfactor all: 0.13

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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