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- PDB-1kgd: Crystal Structure of the Guanylate Kinase-like Domain of Human CASK -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1kgd
タイトルCrystal Structure of the Guanylate Kinase-like Domain of Human CASK
要素PERIPHERAL PLASMA MEMBRANE CASK
キーワードPROTEIN BINDING / MAGUK / CASK / GUANYLATE KINASE LIKE DOMAIN
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of cellular response to growth factor stimulus / guanylate kinase activity / neurexin family protein binding / Dopamine Neurotransmitter Release Cycle / negative regulation of wound healing / regulation of neurotransmitter secretion / nuclear lamina / Assembly and cell surface presentation of NMDA receptors / calcium ion import / Nephrin family interactions ...negative regulation of cellular response to growth factor stimulus / guanylate kinase activity / neurexin family protein binding / Dopamine Neurotransmitter Release Cycle / negative regulation of wound healing / regulation of neurotransmitter secretion / nuclear lamina / Assembly and cell surface presentation of NMDA receptors / calcium ion import / Nephrin family interactions / Neurexins and neuroligins / Sensory processing of sound by outer hair cells of the cochlea / Sensory processing of sound by inner hair cells of the cochlea / ciliary membrane / regulation of synaptic vesicle exocytosis / Syndecan interactions / negative regulation of cell-matrix adhesion / positive regulation of calcium ion import / basement membrane / negative regulation of keratinocyte proliferation / establishment of localization in cell / Schaffer collateral - CA1 synapse / nuclear matrix / cell-cell junction / protein localization / actin cytoskeleton / presynaptic membrane / basolateral plasma membrane / vesicle / non-specific serine/threonine protein kinase / calmodulin binding / cell adhesion / signaling receptor binding / protein serine kinase activity / focal adhesion / protein serine/threonine kinase activity / nucleolus / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / ATP binding / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
CASK, SH3 domain / Guanylate Kinase phosphate binding domain / Guanylate Kinase phosphate binding domain / L27 domain, C-terminal / L27 domain / : / domain in receptor targeting proteins Lin-2 and Lin-7 / L27 domain / L27 domain profile. / L27 domain superfamily ...CASK, SH3 domain / Guanylate Kinase phosphate binding domain / Guanylate Kinase phosphate binding domain / L27 domain, C-terminal / L27 domain / : / domain in receptor targeting proteins Lin-2 and Lin-7 / L27 domain / L27 domain profile. / L27 domain superfamily / Guanylate kinase, conserved site / Guanylate kinase-like signature. / Guanylate kinase-like domain profile. / Guanylate kinase-like domain / Variant SH3 domain / Guanylate kinase/L-type calcium channel beta subunit / Guanylate kinase / Guanylate kinase homologues. / PDZ domain / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZ domain / PDZ superfamily / Src homology 3 domains / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Protein kinase domain / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FORMIC ACID / Peripheral plasma membrane protein CASK
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.314 Å
データ登録者Li, Y. / Spangenberg, O. / Paarmann, I. / Konrad, M. / Lavie, A.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2002
タイトル: Structural basis for nucleotide-dependent regulation of membrane-associated guanylate kinase-like domains.
著者: Li, Y. / Spangenberg, O. / Paarmann, I. / Konrad, M. / Lavie, A.
履歴
登録2001年11月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年12月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PERIPHERAL PLASMA MEMBRANE CASK
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,9856
ポリマ－20,7551
非ポリマー2305
水3,927218
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)70.341, 70.341, 74.861
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 PERIPHERAL PLASMA MEMBRANE CASK / CASK


分子量: 20754.535 Da / 分子数: 1 / 断片: guanylate kinase like domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O14936
#2: 化合物
ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 218 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.23 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: sodium formate, potassium chloride, magnesium chloride, Tris, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
14 Msodium formate1reservoir
215 mg/mlprotein1drop
350 mMTris-HCl1droppH7.5
4200 mM1dropKCl
55 mM1dropMgCl2
61 mMEDTA1drop
710 mMdithiothreitol1drop

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-BM-D
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年3月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 1.31→50 Å / Num. obs: 48853 / % possible obs: 94.2 % / 冗長度: 6.7 % / Rsym value: 0.034 / Net I/σ(I): 20.9
反射 シェル解像度: 1.31→1.4 Å / 冗長度: 5.2 % / Mean I/σ(I) obs: 8.31 / Rsym value: 0.145 / % possible all: 81
反射
*PLUS
Num. measured all: 327011 / Rmerge(I) obs: 0.034
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 81 % / Rmerge(I) obs: 0.145

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SOLVE位相決定
REFMAC5精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.314→12 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.94 / SU B: 2.232 / SU ML: 0.04 / Isotropic thermal model: BABINET MODEL WITH MASK / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.07 / ESU R Free: 0.064 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21244 4927 10.1 %RANDOM
Rwork0.18552 ---
obs0.18818 43926 95.06 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å
原子変位パラメータBiso mean: 25.768 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.49 Å20.24 Å20 Å2
2--0.49 Å20 Å2
3----0.73 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.314→12 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1466 0 0 233 1699
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0211466
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2621.9521978
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.2383173
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.33615268
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.090.2221
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.021112
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2490.3715
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.3690.5204
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2710.355
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1970.522
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9371.5885
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.66821424
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.1973581
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.5594.5554
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.10421466
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free1.3152219
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded1.58921440
LS精密化 シェル解像度: 1.314→1.348 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数
Rfree0.236 281
Rwork0.209 2433
obs-48853
ソフトウェア
*PLUS
名称: REFMAC / バージョン: 5 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
% reflection Rfree: 10.1 % / Rfactor obs: 0.186
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0055
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d2.371
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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