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- PDB-1kga: STRUCTURE OF 2-KETO-3-DEOXY-6-PHOSPHOGLUCONATE ALDOLASE AT 2.8 AN... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1kga
タイトルSTRUCTURE OF 2-KETO-3-DEOXY-6-PHOSPHOGLUCONATE ALDOLASE AT 2.8 ANGSTROMS RESOLUTION
要素2-KETO-3-DEOXY-6-PHOSPHOGLUCONATE ALDOLASE
キーワードLYASE / LYASE (ALDEHYDE)
生物種Pseudomonas putida (バクテリア)
手法X線回折 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Tulinsky, A.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1982
タイトル: Structure of 2-keto-3-deoxy-6-phosphogluconate aldolase at 2 . 8 A resolution.
著者: Mavridis, I.M. / Hatada, M.H. / Tulinsky, A. / Lebioda, L.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1982
タイトル: Comparison of the Folding of 2-Keto-3-Deoxy-6-Phosphogluconate Aldolase, Triosephosphate Isomerase and Pyruvate Kinase. Implications in Molecular Evolution
著者: Lebioda, L. / Hatada, M.H. / Tulinsky, A. / Mavridis, I.M.
#2: ジャーナル: Am.Cryst.Assoc.,Abstr.Papers (Winter Meeting)
年: 1978
タイトル: The Folding and Structure of 2-Keto-3-Deoxy-6-Phosphogluconic Aldolase (Kdpg Aldolase) from Pseudomonas Putida, Interpreted in Light of the Amino Acid Sequence
著者: Frentup, M. / Weber, L.D. / Tulinsky, A.
#3: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1976
タイトル: The Folding and Quaternary Structure of Trimeric 2-Keto-3-Deoxy-6-Phosphogluconic Aldolase at 3.5-Angstroms Resolution
著者: Mavridis, I.M. / Tulinsky, A.
#4: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1973
タイトル: Confirmation of a Trimeric Subunit Arrangement for 2-Keto-3-Deoxy-6-Phosphogluconic Aldolase Using X-Ray Crystallographic Methods
著者: Vandlen, R.L. / Ersfeld, D.L. / Tulinsky, A. / Wood, W.A.
履歴
登録1978年8月21日処理サイト: BNL
改定 1.01978年10月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 2-KETO-3-DEOXY-6-PHOSPHOGLUCONATE ALDOLASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,6561
ポリマ－18,6561
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)103.400, 103.400, 103.400
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number198
Space group name H-MP213
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1generate(-0.5, 0.866025), (-0.866025, -0.5), (1)118.94435, -21.68138
2generate(-0.5, -0.866025), (0.866025, -0.5), (1)40.65565, -113.87255

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要素

#1: タンパク質 2-KETO-3-DEOXY-6-PHOSPHOGLUCONATE ALDOLASE / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 18655.930 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas putida (バクテリア) / 参照: 2-dehydro-3-deoxy-phosphogluconate aldolase
配列の詳細RECENT SEQUENCE INFORMATION FROM W.A.WOOD AND CO-WORKERS IMPLIES THE PRESENCE OF ABOUT 20 AMINO ...RECENT SEQUENCE INFORMATION FROM W.A.WOOD AND CO-WORKERS IMPLIES THE PRESENCE OF ABOUT 20 AMINO ACIDS IN ADDITION TO THOSE FOR WHICH COORDINATES ARE GIVEN IN THIS ENTRY. THESE RESIDUES MAY BE PRESENT AT THE CARBOXY TERMINUS OF THE CHAIN AS PRESENTED HERE.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 75.09 %
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: Vandlen, R.L., (1973) J. Biol. Chem., 248, 2251.

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データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1

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解析

精密化最高解像度: 3.5 Å
詳細: THE ORTHOGONAL AXIAL SYSTEM OF THIS ENTRY IS NOT THAT OF THE STANDARD REPRESENTATION OF THE SPACE GROUP P 21 3. THE *Z* AXIS OF THIS ENTRY IS PARALLEL TO A THREE-FOLD AXIS OF THE SPACE GROUP ...詳細: THE ORTHOGONAL AXIAL SYSTEM OF THIS ENTRY IS NOT THAT OF THE STANDARD REPRESENTATION OF THE SPACE GROUP P 21 3. THE *Z* AXIS OF THIS ENTRY IS PARALLEL TO A THREE-FOLD AXIS OF THE SPACE GROUP AND CORRESPONDS TO A DIRECTION ALIGNED WITH A BODY DIAGONAL OF THE CONVENTIONAL CUBIC UNIT CELL. THIS TRIMER-FORMING AXIS PASSES THROUGH THE POINT X=53.2, Y=-45.2. THE TWO TRANSFORMATIONS GIVEN IN THE *MTRIX* RECORDS BELOW MAY BE USED TO GENERATE COORDINATES FOR THE REMAINING TWO SUBUNITS OF THE TRIMER IN THE COORDINATE SYSTEM OF THIS ENTRY. NOTE THAT THE THREE-FOLD AXIS INDICATED HERE IS A TRUE CRYSTALLOGRAPHIC SYMMETRY ELEMENT BUT IT IS EXPRESSED WITH RESPECT TO THE NON-STANDARD AXIAL SYSTEM.
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 3.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数173 0 0 0 173

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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