PDB-1kg1: NMR structure of the NIP1 elicitor protein from Rhynchosporium secalis

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1kg1

タイトル

NMR structure of the NIP1 elicitor protein from Rhynchosporium secalis

要素

Necrosis Inducing Protein 1

キーワード

TOXIN / antiparalel beta sheets

機能・相同性

機能・相同性情報

SH3 type barrels. - #460 / Rhinovirus 14, subunit 4 - #10 / Necrosis inducing protein-1 / Necrosis inducing protein-1 superfamily / Necrosis inducing protein-1 / Rhinovirus 14, subunit 4 / Other non-globular / Special / SH3 type barrels. / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Rhynchosporium secalis (菌類)

手法

溶液NMR / torsion angle dynamics

データ登録者

Van't Slot, K.A. / Van den Burg, H.A. / Kloks, C.P. / Hilbers, C.W. / Knogge, W. / Papavoine, C.H.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2003
タイトル: Solution Structure of the Plant Disease Resistance-triggering Protein NIP1 from the Fungus Rhynchosporium secalis Shows a Novel beta-Sheet Fold.
著者: Van't Slot, K.A. / Van Den Burg, H.A. / Kloks, C.P. / Hilbers, C.W. / Knogge, W. / Papavoine, C.H.

履歴

登録	2001年11月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2003年11月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月27日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2022年2月23日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1kg1.cif.gz	408.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1kg1.ent.gz	353.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1kg1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kg/1kg1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kg/1kg1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2nld-d 4a3n-d 3m86-2 2lpd-d 7cyu-d 5yuh-d 1wr0-d 2vql-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 51995199 contains NIP1 WITH CHEMICAL SHIFT VALUES AND TORSION ANGLES.

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Necrosis Inducing Protein 1

6.45 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	25 / 100	target function
代表モデル	モデル #1	closest to the average

#1: タンパク質	Necrosis Inducing Protein 1 / NIP1 分子量: 6451.364 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rhynchosporium secalis (菌類) / 遺伝子: Nip1 / プラスミド: pQE30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): AD494 / 参照: UniProt: Q02039

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	3D 15N-separated NOESY
1	2	1	HNHA
1	3	1	HNHB
1	4	2	2D NOESY
1	5	3	2D NOESY
1	6	2	DQF-COSY
1	7	1	HMQC-NOESY-HMQC
1	8	1	HMQC-NOESY-HMQC
1	9	1	2D HMQC-J
1	10	3	DQF-COSY

NMR実験の詳細

Text: Disulfide bond pattern was determined independently

-
試料調製

詳細

Solution-ID	内容	溶媒系
1	2.0mM NIP1, 97% 15N incorporation	H2O
2	2.0mM NIP1, unlabeled	H2O
3	2.0mM NIP1, unlabeled	D2O

試料状態

pH: 6 / 圧: ambient / 温度: 298 K

結晶化

*PLUS

手法: other / 詳細: NMR

-
NMR測定

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M

放射波長

相対比: 1

NMRスペクトロメーター

タイプ	製造業者	モデル	磁場強度 (MHz)	Spectrometer-ID
Bruker DMX	Bruker	DMX	600	1
Varian INOVA	Varian	INOVA	500	2
Varian INOVA	Varian	INOVA	800	3

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
DYANA	1.5	Guntert	構造決定
NMRPipe	version 1.8 Rev 2001.030.21.27	Delaglio	解析
XEASY	1.3.13	Bartels	データ解析
DYANA	1.5	Guntert	精密化

精密化

手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
詳細: The structures are besed on a total of 785 restraints: 740 NOE restraints and 45, 40 torsion angle restraints and 5 disulfide bonds

代表構造

選択基準: closest to the average

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 25

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関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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