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- PDB-1kfo: CRYSTAL STRUCTURE OF AN RNA HELIX RECOGNIZED BY A ZINC-FINGER PRO... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1kfo
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF AN RNA HELIX RECOGNIZED BY A ZINC-FINGER PROTEIN: AN 18 BASE PAIR DUPLEX AT 1.6 RESOLUTION
要素5'-R(*GP*AP*AP*UP*GP*CP*CP*UP*GP*CP*GP*AP*GP*CP*AP*(5BU)P*CP*CP*C)-3'
キーワードRNA
機能・相同性RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
手法X線回折 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Lima, S. / Hildenbrand, J. / Korostelev, A. / Hattman, S. / Li, H.
引用ジャーナル: RNA / 年: 2002
タイトル: Crystal structure of an RNA helix recognized by a zinc-finger protein: an 18-bp duplex at 1.6 A resolution.
著者: Lima, S. / Hildenbrand, J. / Korostelev, A. / Hattman, S. / Li, H.
履歴
登録2001年11月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年12月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
Remark 99Short contacts exhibited by residue 19 are due to the fact that residue 19 was not included in ...Short contacts exhibited by residue 19 are due to the fact that residue 19 was not included in refinement and was left unrefined.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5'-R(*GP*AP*AP*UP*GP*CP*CP*UP*GP*CP*GP*AP*GP*CP*AP*(5BU)P*CP*CP*C)-3'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,1321
ポリマ－6,1321
非ポリマー00
水68538
1
A: 5'-R(*GP*AP*AP*UP*GP*CP*CP*UP*GP*CP*GP*AP*GP*CP*AP*(5BU)P*CP*CP*C)-3'

A: 5'-R(*GP*AP*AP*UP*GP*CP*CP*UP*GP*CP*GP*AP*GP*CP*AP*(5BU)P*CP*CP*C)-3'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,2632
ポリマ－12,2632
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_555x-y,-y,-z1
単位格子
Length a, b, c (Å)45.336, 45.336, 95.129
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number182
Space group name H-MP6322

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要素

#1: RNA鎖 5'-R(*GP*AP*AP*UP*GP*CP*CP*UP*GP*CP*GP*AP*GP*CP*AP*(5BU)P*CP*CP*C)-3'


分子量: 6131.561 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 38 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.55 %
結晶化
*PLUS
温度: 22 ℃ / 手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
15 mMRNA1drop
250 mMcacodylate acid1droppH6.5
35 mM1dropMgCl2
42.5-5 mM1dropor CrSO4CrCl2
50.8-1.1 M1dropLiSO4
6100 mMcacodylate acid1reservoirpH6.5
75 mM1reservoirMgCl2
81.9-2.2 mM1reservoirLiSO4

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データ収集

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射Biso Wilson estimate: 16.5 Å2
反射
*PLUS
最高解像度: 1.6 Å / 最低解像度: 50 Å / Rmerge(I) obs: 0.056

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解析

ソフトウェア名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: 精密化
精密化解像度: 1.6→16.69 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Data cutoff high absF: 635784.22 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.288 1346 9.8 %RANDOM
Rwork0.26 ---
obs0.26 13798 95.4 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 42.3081 Å2 / ksol: 0.456314 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 28.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.94 Å21.92 Å20 Å2
2--2.94 Å20 Å2
3----5.88 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.29 Å0.25 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.1 Å0.07 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→16.69 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 400 1 38 439
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d6
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.25
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.7 Å / Rfactor Rfree error: 0.022 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.317 215 9.8 %
Rwork0.286 1968 -
obs--90.8 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2DNA-RNA_REP.PARAM
X-RAY DIFFRACTION3WATER_REP.PARAM
ソフトウェア
*PLUS
バージョン: 1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最低解像度: 50 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 9.8 % / Rfactor obs: 0.26 / Rfactor Rwork: 0.26
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 28.8 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.211
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg6
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg1.25
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.317 / % reflection Rfree: 9.8 % / Rfactor Rwork: 0.286

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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