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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1kfi | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of the Exocytosis-Sensitive Phosphoprotein, pp63/Parafusin (phosphoglucomutase) from Paramecium | ||||||
![]() | phosphoglucomutase 1 | ||||||
![]() | ISOMERASE / parafusin / phosphoprotein pp63 / exocytosis | ||||||
機能・相同性 | ![]() phosphoglucomutase (alpha-D-glucose-1,6-bisphosphate-dependent) / phosphoglucomutase activity / carbohydrate metabolic process / magnesium ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Mueller, S. / Diederichs, K. / Breed, J. / Kissmehl, R. / Hauser, K. / Plattner, H. / Welte, W. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure analysis of the exocytosis-sensitive phosphoprotein, pp63/parafusin (phosphoglucomutase), from Paramecium reveals significant conformational variability. 著者: Muller, S. / Diederichs, K. / Breed, J. / Kissmehl, R. / Hauser, K. / Plattner, H. / Welte, W. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 232 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 188.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 453.4 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 493.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 46.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 63 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 63881.820 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: P47244, phosphoglucomutase (alpha-D-glucose-1,6-bisphosphate-dependent) #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-SO4 / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.58 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 18 %PEG-MME 2000, 0.2M ammonium sulfate, 0.1M sodium acetate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 7.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年8月18日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.8345 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.4→30 Å / Num. obs: 50610 / % possible obs: 94.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.6 % |
反射 シェル | 解像度: 2.4→2.49 Å / 冗長度: 2.7 % / Num. unique all: 4304 / % possible all: 77.6 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 30 Å / Num. measured all: 180300 / Rmerge(I) obs: 0.041 |
反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 2.4 Å / % possible obs: 77.6 % / Num. unique obs: 4304 / Num. measured obs: 11572 / Rmerge(I) obs: 0.085 / Mean I/σ(I) obs: 11.9 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.4→30 Å
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拘束条件 | タイプ: c_bond_d / Dev ideal: 0.007 | ||||||||||||||||
ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / 分類: refinement | ||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.4 Å / 最低解像度: 30 Å / σ(F): 2.4 / Rfactor obs: 0.233 / Rfactor Rfree: 0.284 | ||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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