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- PDB-1kf5: Atomic Resolution Structure of RNase A at pH 7.1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1kf5
タイトルAtomic Resolution Structure of RNase A at pH 7.1
要素pancreatic ribonuclease
キーワードHYDROLASE / RNase A / titration / pH / crystal / soaking
機能・相同性
機能・相同性情報


pancreatic ribonuclease / ribonuclease A activity / RNA nuclease activity / nucleic acid binding / defense response to Gram-positive bacterium / lyase activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能
P-30 Protein / Ribonuclease A-like domain / Pancreatic ribonuclease / Ribonuclease A, active site / Ribonuclease A-domain / Ribonuclease A-like domain superfamily / Pancreatic ribonuclease / Pancreatic ribonuclease family signature. / Pancreatic ribonuclease / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Ribonuclease pancreatic
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.15 Å
データ登録者Berisio, R. / Sica, F. / Lamzin, V.S. / Wilson, K.S. / Zagari, A. / Mazzarella, L.
引用
ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2002
タイトル: Atomic resolution structures of ribonuclease A at six pH values.
著者: Berisio, R. / Sica, F. / Lamzin, V.S. / Wilson, K.S. / Zagari, A. / Mazzarella, L.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1999
タイトル: Protein titration in the crystal state
著者: Berisio, R. / Lamzin, V.S. / Sica, F. / Wilson, K.S. / Zagari, A. / Mazzarella, L.
履歴
登録2001年11月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年12月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月16日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model / software
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _software.name
改定 1.42024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: pancreatic ribonuclease


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,7081
ポリマ－13,7081
非ポリマー00
水4,125229
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)30.440, 38.380, 53.320
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 105.74, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 pancreatic ribonuclease / RNASE A


分子量: 13708.326 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 器官: pancreas / 参照: UniProt: P61823, EC: 3.1.27.5
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 229 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.74 %
結晶化温度: 298 K / 手法: liquid diffusion / pH: 7.1
詳細: 2-propanol, pH 7.1, LIQUID DIFFUSION, temperature 298.0K
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃ / 手法: batch method / 詳細: Tilton Jr., R.F., (1992) Biochemistry, 31, 2469.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
112 mg/mlprotein11
20.2 M11NaOH
350 %(v/v)methanol11

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X11
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: AREA DETECTOR
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 1.15→30 Å / Num. all: 42236 / Num. obs: 42236 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.4 % / Biso Wilson estimate: 12.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.043 / Net I/σ(I): 12.1
反射 シェル解像度: 1.15→1.17 Å / Rmerge(I) obs: 0.307 / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / % possible all: 98
反射
*PLUS
最低解像度: 30 Å / Num. obs: 42235

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
SHELXL精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7rsa

7rsa


解像度: 1.15→30 Å / Num. parameters: 11414 / Num. restraintsaints: 14207 / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER
詳細: PLEASE NOTE: CHOH 215 IS ALTERNATIVE ONLY TO THE A CONFORMER OF GLN 101. CHOH 216 IS ALTERNATIVE ONLY TO THE A CONFORMER OF GLN 101.
Rfactor反射数%反射
all0.106 42225 -
obs0.106 42225 99.9 %
溶媒の処理溶媒モデル: MOEWS & KRETSINGER, J.MOL.BIOL.91(1973)201-22
Refine analyzeNum. disordered residues: 25 / Occupancy sum hydrogen: 892.25 / Occupancy sum non hydrogen: 1139.69
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.15→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1055 0 0 237 1292
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.015
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.033
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol0.14
LS精密化 シェル解像度: 1.15→1.19 Å /
Rfactor反射数
Rwork0.148 -
obs-4431
ソフトウェア
*PLUS
名称: SHELXL-96 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
σ(F): 0 / Rfactor Rwork: 0.106
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
タイプ: s_chiral_restr / Dev ideal: 0.14

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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