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万見
- PDB-1kez: Crystal Structure of the Macrocycle-forming Thioesterase Domain o... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1kez
タイトルCrystal Structure of the Macrocycle-forming Thioesterase Domain of Erythromycin Polyketide Synthase (DEBS TE)
要素ERYTHRONOLIDE SYNTHASE
キーワードTRANSFERASE / polyketide synthase / 6-deoxyerythronolide synthase / modular polyketide synthase / thioesterase / 6-dEB / TE / DEBS / alpha / beta-hydrolase / macrocycle
機能・相同性
機能・相同性情報


erythronolide synthase activity / 6-deoxyerythronolide-B synthase / macrolide biosynthetic process / fatty acid synthase activity / phosphopantetheine binding / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / fatty acid biosynthetic process
類似検索 - 分子機能
Polyketide synthase, docking domain superfmaily / Polyketide synthase, thioesterase domain / Thioesterase / Polyketide synthase, docking domain / Erythronolide synthase docking domain / Thioesterase / Thioesterase domain / PKS_PP_betabranch / Polyketide synthase, C-terminal extension / Ketoacyl-synthetase C-terminal extension ...Polyketide synthase, docking domain superfmaily / Polyketide synthase, thioesterase domain / Thioesterase / Polyketide synthase, docking domain / Erythronolide synthase docking domain / Thioesterase / Thioesterase domain / PKS_PP_betabranch / Polyketide synthase, C-terminal extension / Ketoacyl-synthetase C-terminal extension / Polyketide synthase, ketoreductase domain / KR domain / Malonyl-CoA ACP transacylase, ACP-binding / : / Acyl transferase / Acyl transferase domain / Acyl transferase domain in polyketide synthase (PKS) enzymes. / Acyl transferase domain superfamily / Acyl transferase/acyl hydrolase/lysophospholipase / Polyketide synthase, phosphopantetheine-binding domain / Phosphopantetheine attachment site / PKS_KR / Beta-ketoacyl synthase, active site / Ketosynthase family 3 (KS3) active site signature. / Beta-ketoacyl synthase / Ketosynthase family 3 (KS3) domain profile. / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal / Polyketide synthase, beta-ketoacyl synthase domain / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal domain / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal domain / Thiolase-like / Phosphopantetheine attachment site / Phosphopantetheine attachment site. / Phosphopantetheine attachment site / ACP-like superfamily / Carrier protein (CP) domain profile. / Phosphopantetheine binding ACP domain / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Erythronolide synthase EryA3
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharopolyspora erythraea (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Tsai, S.-C. / Miercke, L.J.W. / Krucinski, J. / Gokhale, R. / Chen, J.C.-H. / Foster, P.G. / Cane, D.E. / Khosla, C. / Stroud, R.M.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2001
タイトル: Crystal structure of the macrocycle-forming thioesterase domain of the erythromycin polyketide synthase: versatility from a unique substrate channel.
著者: Tsai, S.C. / Miercke, L.J. / Krucinski, J. / Gokhale, R. / Chen, J.C. / Foster, P.G. / Cane, D.E. / Khosla, C. / Stroud, R.M.
履歴
登録2001年11月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年1月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年7月24日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42024年2月7日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ERYTHRONOLIDE SYNTHASE
B: ERYTHRONOLIDE SYNTHASE
C: ERYTHRONOLIDE SYNTHASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,3383
ポリマ－96,3383
非ポリマー00
水7,080393
1
A: ERYTHRONOLIDE SYNTHASE
B: ERYTHRONOLIDE SYNTHASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,2262
ポリマ－64,2262
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1760 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area29580 Å2
手法PISA
2
C: ERYTHRONOLIDE SYNTHASE

C: ERYTHRONOLIDE SYNTHASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,2262
ポリマ－64,2262
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555y,x,-z1
単位格子
Length a, b, c (Å)130.500, 130.500, 208.500
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
詳細DEBS TE is a homodimer: the deposited monomers A-B is related by NCS 2-fold, while monomers C-C' is related by crystallographic 2-fold

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要素

#1: タンパク質 ERYTHRONOLIDE SYNTHASE / 6-DEOXYERYTHRONOLIDE B SYNTHASE III


分子量: 32112.768 Da / 分子数: 3
断片: terminal thioesterase domain, module 6 (residues 2893-3172)
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharopolyspora erythraea (バクテリア)
プラスミド: pET21c / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q03133, 6-deoxyerythronolide-B synthase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 393 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 76.88 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 30% PEG400, 0.1 M MgCl2, HEPES 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
130 %PEG4001reservoir
2100 mMHEPES1reservoirpH7.5
32 mMdithiothreitol1reservoir
4100 mM1reservoirMgCl2
510 mg/mlprotein1drop
620 mMHEPES1droppH7.5
72 mMdithiothreitol1drop

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11031
21
31
41
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンALS 5.0.211
シンクロトロンSSRL BL7-121.08
シンクロトロンSSRL BL9-130.98
シンクロトロンSSRL BL9-240.96-1.2
検出器
タイプID検出器日付
MARRESEARCH1AREA DETECTOR1999年12月21日
ADSC QUANTUM 42CCD1998年5月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
111
21.081
30.981
40.961
51.21
反射解像度: 2.8→30 Å / Num. all: 51328 / Num. obs: 50859 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 4 % / Rsym value: 0.031 / Net I/σ(I): 22.4
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 4 % / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique all: 50859 / Rsym value: 0.617 / % possible all: 99.1
反射
*PLUS
Num. measured all: 190617 / Rmerge(I) obs: 0.031
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 93.1 % / Rmerge(I) obs: 0.617

-
解析

ソフトウェア
名称分類
CNS精密化
XTALVIEW精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 2.8→30 Å / σ(F): 1 / σ(I): 1 / 立体化学のターゲット値: CNS library
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.279 2542 -random
Rwork0.254 ---
all0.256 50859 --
obs0.256 45998 99.1 %-
原子変位パラメータBiso mean: 71.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.85 Å21.5 Å20 Å2
2---4.85 Å20 Å2
3---9.71 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.63 Å0.67 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.44 Å0.71 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6033 0 0 393 6426
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg3
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.034
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d24.7
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d2.33
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.9 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.251 2542 -
Rwork0.241 --
obs-50859 99.1 %
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.8 Å / 最低解像度: 30 Å / σ(F): 1 / Rfactor obs: 0.241 / Rfactor Rfree: 0.251
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 71.1 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg24.7
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg2.33
LS精密化 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.8 Å / 最低解像度: 2.9 Å / Rfactor Rfree: 0.251 / Rfactor Rwork: 0.241

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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