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- PDB-1keq: Crystal Structure of F65A/Y131C Carbonic Anhydrase V, covalently ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1keq
タイトルCrystal Structure of F65A/Y131C Carbonic Anhydrase V, covalently modified with 4-chloromethylimidazole
要素F65A/Y131C-MI Carbonic Anhydrase V
キーワードLYASE / PROTON TRANSFER / ENGINEERED RESIDUE
機能・相同性
機能・相同性情報


Reversible hydration of carbon dioxide / gluconeogenesis / carbonic anhydrase / carbonate dehydratase activity / mitochondrion / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Carbonic Anhydrase II / Alpha carbonic anhydrase / Carbonic anhydrase, alpha-class, conserved site / Alpha-carbonic anhydrases signature. / Carbonic anhydrase, alpha-class / Alpha carbonic anhydrase domain / Alpha carbonic anhydrase domain superfamily / Eukaryotic-type carbonic anhydrase / Alpha-carbonic anhydrases profile. / Eukaryotic-type carbonic anhydrase ...Carbonic Anhydrase II / Alpha carbonic anhydrase / Carbonic anhydrase, alpha-class, conserved site / Alpha-carbonic anhydrases signature. / Carbonic anhydrase, alpha-class / Alpha carbonic anhydrase domain / Alpha carbonic anhydrase domain superfamily / Eukaryotic-type carbonic anhydrase / Alpha-carbonic anhydrases profile. / Eukaryotic-type carbonic anhydrase / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
4-METHYLIMIDAZOLE / ACETIC ACID / : / Carbonic anhydrase 5A, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.88 Å
データ登録者Jude, K.M. / Wright, S.K. / Tu, C. / Silverman, D.N. / Viola, R.E. / Christianson, D.W.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 2002
タイトル: Crystal structure of F65A/Y131C-methylimidazole carbonic anhydrase V reveals architectural features of an engineered proton shuttle.
著者: Jude, K.M. / Wright, S.K. / Tu, C. / Silverman, D.N. / Viola, R.E. / Christianson, D.W.
#1: ジャーナル: Arch.Biochem.Biophys. / 年: 1999
タイトル: Introduction of Histidine Analogs Leads to Enhanced Proton Transfer in Carbonic Anhydrase V
著者: Earnhardt, J.N. / Wright, S.K. / Qian, M. / Tu, C. / Laipis, P.J. / Viola, R.E. / Silverman, D.N.
#2: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1995
タイトル: Structure determination of murine mitochondrial carbonic anhydrase V at 2.45-A resolution: implications for catalytic proton transfer and inhibitor design.
著者: Boriack-Sjodin, P.A. / Heck, R.W. / Laipis, P.J. / Silverman, D.N. / Christianson, D.W.
履歴
登録2001年11月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年3月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年12月25日Group: Advisory / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_struct_assembly ...pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn
Item: _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.42021年10月27日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52023年8月16日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.62024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: F65A/Y131C-MI Carbonic Anhydrase V
B: F65A/Y131C-MI Carbonic Anhydrase V
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,04013
ポリマ－56,2792
非ポリマー76111
水8,485471
1
A: F65A/Y131C-MI Carbonic Anhydrase V
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,6118
ポリマ－28,1401
非ポリマー4717
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: F65A/Y131C-MI Carbonic Anhydrase V
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,4295
ポリマ－28,1401
非ポリマー2904
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)99.299, 66.703, 92.563
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 105.70, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 F65A/Y131C-MI Carbonic Anhydrase V


分子量: 28139.725 Da / 分子数: 2 / 断片: Carbonic Anhydrase Vc
変異: Truncation of mitochondrial leader sequence and first 21 residues, F65A/Y131C
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: MCA5C / プラスミド: PET31 T7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) PLYSS / 参照: UniProt: P23589, carbonic anhydrase

-
非ポリマー , 5種, 482分子

#2: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物
ChemComp-4MZ / 4-METHYLIMIDAZOLE / 4-メチル-1H-イミダゾ-ル


分子量: 82.104 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6N2
#5: 化合物 ChemComp-ACY / ACETIC ACID / 酢酸


分子量: 60.052 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H4O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 471 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.45 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.7
詳細: PEG 8000, sodium acetate, DTT, sucrose monolaurate, MES, pH 6.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
結晶化
*PLUS
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
16 mg/mlprotein1drop
21.2 mMsucrose monolaurate1drop
312 %PEG80001reservoir
4100 mMMES1reservoirpH6.7
5100 mMsodium acetate1reservoir
61 mMdithiothreitol1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X12B / 波長: 0.9796 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年4月17日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Double-crystal, fixed-exit Si-III / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9796 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→25 Å / Num. obs: 46338 / % possible obs: 97.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3 % / Biso Wilson estimate: 16.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.051 / Net I/σ(I): 13.1
反射 シェル解像度: 1.85→1.92 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.217 / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique all: 4557 / % possible all: 96.4
反射
*PLUS
最高解像度: 1.88 Å / 最低解像度: 25 Å / Num. obs: 46312 / % possible obs: 96.8 % / Num. measured all: 141410
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 87.9 %

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
AMoRE位相決定
CNS1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1DMX

1dmx


解像度: 1.88→24.56 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 253283.34 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
立体化学のターゲット値: Examples of Stereochemistry target values (mmCIF item _refine.ndb_stereochemistry_target_values) Example 1: Engh & Huber
詳細: Maximum likelihood
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.217 1808 4 %RANDOM
Rwork0.185 ---
obs0.185 45225 94.4 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 50.0435 Å2 / ksol: 0.362292 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 18 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.38 Å20 Å2-1.16 Å2
2---3.52 Å20 Å2
3---3.9 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.23 Å0.19 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.13 Å0.13 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.88→24.56 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3804 0 31 481 4316
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d24.9
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.81
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.251.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.862
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.852
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.632.5
LS精密化 シェル解像度: 1.88→1.99 Å / Rfactor Rfree error: 0.014 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.234 273 3.9 %
Rwork0.22 6651 -
obs--87.2 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMMYTOPPAR:ACY.TOP
X-RAY DIFFRACTION3ION.PARAMMYTOPPAR:CMI.TOP
X-RAY DIFFRACTION4MYTOPPAR:ACY.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION5MYTOPPAR:CMI.PARAMION.TOP
精密化
*PLUS
最低解像度: 25 Å / Num. reflection obs: 44468 / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 4 % / Rfactor obs: 0.191 / Rfactor Rfree: 0.222
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 18 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg25
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.8
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.251.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.852
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.862
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.632.5
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.234 / % reflection Rfree: 3.9 % / Rfactor Rwork: 0.22

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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