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- PDB-1ken: INFLUENZA VIRUS HEMAGGLUTININ COMPLEXED WITH AN ANTIBODY THAT PRE... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ken
タイトルINFLUENZA VIRUS HEMAGGLUTININ COMPLEXED WITH AN ANTIBODY THAT PREVENTS THE HEMAGGLUTININ LOW PH FUSOGENIC TRANSITION
要素
  • hemagglutinin HA1
  • hemagglutinin HA2
  • influenza virus infectivity neutralizing antibody (heavy chain)
  • influenza virus infectivity neutralizing antibody (light chain)
キーワードViral protein/Immune system / HEMAGGLUTININ / ENVELOPE PROTEIN / GLYCOPROTEIN / Viral protein-Immune system COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


Initial triggering of complement / Classical antibody-mediated complement activation / FCGR activation / Role of phospholipids in phagocytosis / Regulation of Complement cascade / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / humoral immune response mediated by circulating immunoglobulin / phagocytosis, recognition / positive regulation of type IIa hypersensitivity / positive regulation of type I hypersensitivity ...Initial triggering of complement / Classical antibody-mediated complement activation / FCGR activation / Role of phospholipids in phagocytosis / Regulation of Complement cascade / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / humoral immune response mediated by circulating immunoglobulin / phagocytosis, recognition / positive regulation of type IIa hypersensitivity / positive regulation of type I hypersensitivity / antibody-dependent cellular cytotoxicity / phagocytosis, engulfment / immunoglobulin mediated immune response / positive regulation of phagocytosis / immunoglobulin complex, circulating / immunoglobulin receptor binding / B cell differentiation / viral budding from plasma membrane / complement activation, classical pathway / antigen binding / positive regulation of immune response / antibacterial humoral response / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / blood microparticle / host cell surface receptor binding / defense response to bacterium / fusion of virus membrane with host plasma membrane / external side of plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / membrane / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Hemagglutinin Ectodomain; Chain B - #10 / Hemagglutinin Ectodomain; Chain B / Hemagglutinin (Ha1 Chain); Chain: A; domain 1 / Haemagglutinin, alpha/beta domain, HA1 chain / Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / Haemagglutinin / Haemagglutinin, influenzavirus A/B / Viral capsid/haemagglutinin protein / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site ...Hemagglutinin Ectodomain; Chain B - #10 / Hemagglutinin Ectodomain; Chain B / Hemagglutinin (Ha1 Chain); Chain: A; domain 1 / Haemagglutinin, alpha/beta domain, HA1 chain / Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / Haemagglutinin / Haemagglutinin, influenzavirus A/B / Viral capsid/haemagglutinin protein / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Alpha-Beta Complex / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / : / : / Immunoglobulin kappa constant / Ig gamma-1 chain C region, membrane-bound form / Hemagglutinin / Hemagglutinin
類似検索 - 構成要素
生物種Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Barbey-Martin, C. / Gigant, B. / Bizebard, T. / Calder, L.J. / Wharto, S.A. / Skehel, J.J. / Knossow, M.
引用
ジャーナル: VIROLOGY / 年: 2002
タイトル: An Antibody that Prevents the Hemagglutinin Low pH Fusogenic Transition
著者: Barbey-Martin, C. / Gigant, B. / Bizebard, T. / Calder, L.J. / Wharton, S.A. / Skehel, J.J. / Knossow, M.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2000
タイトル: A Neutralizing Antibody Fab-Influenza Haemagglutinin Complex with an Unprecedented 2:1 Stoichiometry:Characterization and Crystallization
著者: Gigant, B. / Barbey-Martin, C. / Bizebard, T. / Fleury, D. / Daniels, R. / Skehel, J.J. / Knossow, M.
履歴
登録2001年11月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年4月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_validate_chiral / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id ..._atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_entity_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_validate_chiral.auth_asym_id / _pdbx_validate_chiral.auth_seq_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: hemagglutinin HA1
B: hemagglutinin HA2
C: hemagglutinin HA1
D: hemagglutinin HA2
E: hemagglutinin HA1
F: hemagglutinin HA2
L: influenza virus infectivity neutralizing antibody (light chain)
H: influenza virus infectivity neutralizing antibody (heavy chain)
U: influenza virus infectivity neutralizing antibody (light chain)
T: influenza virus infectivity neutralizing antibody (heavy chain)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)265,84913
ポリマ－264,08910
非ポリマー1,7603
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area48270 Å2
ΔGint-182 kcal/mol
Surface area92230 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)143.041, 315.588, 97.029
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 hemagglutinin HA1


分子量: 36065.457 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Influenza A virus (A/X-31(H3N2)) (A型インフルエンザウイルス)
属: Influenzavirus A / 生物種: Influenza A virus / 株: X31 / 参照: GenBank: 324239, UniProt: P03438*PLUS
#2: タンパク質 hemagglutinin HA2


分子量: 20212.350 Da / 分子数: 3 / Fragment: FAB fragment of antibody / 由来タイプ: 天然 / 詳細: BROMELAIN DIGESTED
由来: (天然) Influenza A virus (A/X-31(H3N2)) (A型インフルエンザウイルス)
属: Influenzavirus A / 生物種: Influenza A virus / 株: X31 / 参照: UniProt: P03437
#3: 抗体 influenza virus infectivity neutralizing antibody (light chain)


分子量: 23275.768 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: GenBank: 7209188, UniProt: P01837*PLUS
#4: 抗体 influenza virus infectivity neutralizing antibody (heavy chain)


分子量: 24352.047 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: GenBank: 17977852, UniProt: P01869*PLUS
#5: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1a_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.32 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: peg 20000, calcium chloride, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
結晶化
*PLUS
温度: 291 K
詳細: Gigant, B., (2000) Acta Crystallogr., Sect.D, 56, 1067.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式詳細
10.010-0.015 mg/mlprotein1drop
20.15 M1dropNaCl
30.04 %(w/v)1dropNaN3
413-15 %PEG200001reservoir
550 mMTris-HCl1reservoirpH8.0
620 mM1reservoirCaCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 5.2R / 波長: 1
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.5→25 Å / Num. obs: 54923 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 3.9 % / Rsym value: 0.128 / Net I/σ(I): 5.3
反射 シェル解像度: 3.5→3.7 Å / 冗長度: 2.9 % / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Rsym value: 0.42 / % possible all: 98.2
反射
*PLUS
Rmerge(I) obs: 0.128
反射 シェル
*PLUS
最低解像度: 3.69 Å / % possible obs: 98.2 % / Rmerge(I) obs: 0.423

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
AMoRE位相決定
CNS1精密化
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.5→25 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2.5
詳細: CARE SHOULD BE EXERCISED IN INTERPRETING THE CURRENT MODEL, DUE TO THE LIMITED (3.5 ANGSTROMS) RESOLUTION. THE OVERALL COORDINATE ERROR IS ESTIMATED TO BE APPROXIMATELY 0.45-0.60 ANGSTROMS, ...詳細: CARE SHOULD BE EXERCISED IN INTERPRETING THE CURRENT MODEL, DUE TO THE LIMITED (3.5 ANGSTROMS) RESOLUTION. THE OVERALL COORDINATE ERROR IS ESTIMATED TO BE APPROXIMATELY 0.45-0.60 ANGSTROMS, BUT THE ERROR IS HIGHER IN REGIONS HAVING HIGH TEMPERATURE FACTORS. PRECISE ASSIGNMENT OF HYDROGEN BONDS, OTHER CONTACTS AND SECONDARY STRUCTURAL ELEMENTS AT THIS RESOLUTION IS NOT POSSIBLE. ATOMS WITH TEMPERATURE FACTORS GREATER THAN 65 ANGSTROMS SQUARED SHOULD BE INTERPRETED WITH CAUTION. RESIDUES 1-8 OF HA1 ARE NOT VISIBLE IN THE ELECTRON DENSITY MAP.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.323 2607 5 %RANDOM
Rwork0.255 ---
obs-51566 91.8 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 28.7473 Å2 / ksol: 0.206359 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 47.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.67 Å20 Å20 Å2
2--5.79 Å20 Å2
3----11.46 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.58 Å0.43 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.82 Å0.61 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.5→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数18375 0 117 0 18492
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.016
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d25.7
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.29
Refine LS restraints NCSNCS model details: CONSTR
LS精密化 シェル解像度: 3.5→3.72 Å / Rfactor Rfree error: 0.018 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.368 404 5.3 %
Rwork0.295 7221 -
obs--82.8 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2CARBOHYDRATE.PARAMCARBOHYDRATE.TOP
精密化
*PLUS
最高解像度: 3.5 Å / 最低解像度: 25 Å / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor obs: 0.256 / Rfactor Rfree: 0.324 / Rfactor Rwork: 0.256
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg25.7
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg1.29
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor obs: 0.295

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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