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- PDB-1kdx: KIX DOMAIN OF MOUSE CBP (CREB BINDING PROTEIN) IN COMPLEX WITH PH... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1kdx
タイトルKIX DOMAIN OF MOUSE CBP (CREB BINDING PROTEIN) IN COMPLEX WITH PHOSPHORYLATED KINASE INDUCIBLE DOMAIN (PKID) OF RAT CREB (CYCLIC AMP RESPONSE ELEMENT BINDING PROTEIN), NMR 17 STRUCTURES
要素
  • CBP
  • CREB
キーワードTRANSCRIPTION REGULATION COMPLEX / COMPLEX (TRANSCRIPTION ACTIVATOR-CO-ACTIVATOR) / PROTEIN-PROTEIN INTERACTION / PHOSPHOSERINE RECOGNITION
機能・相同性
機能・相同性情報


CREB phosphorylation / CREB1 phosphorylation through NMDA receptor-mediated activation of RAS signaling / NGF-stimulated transcription / AKT phosphorylates targets in the nucleus / chemotaxis to arachidonate / positive regulation of membrane depolarization / response to erythropoietin / ATF4-CREB1 transcription factor complex / positive regulation of transforming growth factor beta3 production / lung saccule development ...CREB phosphorylation / CREB1 phosphorylation through NMDA receptor-mediated activation of RAS signaling / NGF-stimulated transcription / AKT phosphorylates targets in the nucleus / chemotaxis to arachidonate / positive regulation of membrane depolarization / response to erythropoietin / ATF4-CREB1 transcription factor complex / positive regulation of transforming growth factor beta3 production / lung saccule development / response to dehydroepiandrosterone / cAMP response element binding / response to hypobaric hypoxia / secretory granule organization / positive regulation of cardiac muscle tissue development / Activation of the TFAP2 (AP-2) family of transcription factors / Regulation of FOXO transcriptional activity by acetylation / TRAF6 mediated IRF7 activation / Nuclear events mediated by NFE2L2 / Attenuation phase / LRR FLII-interacting protein 1 (LRRFIP1) activates type I IFN production / regulation of glial cell proliferation / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of myeloid cells / Formation of the beta-catenin:TCF transactivating complex / NOTCH1 Intracellular Domain Regulates Transcription / RUNX3 regulates NOTCH signaling / Regulation of gene expression by Hypoxia-inducible Factor / cAMP response element binding protein binding / Notch-HLH transcription pathway / lung epithelium development / Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity / Gastrin-CREB signalling pathway via PKC and MAPK / Estrogen-dependent nuclear events downstream of ESR-membrane signaling / NCAM signaling for neurite out-growth / pituitary gland development / regulation of fibroblast proliferation / regulation of testosterone biosynthetic process / germ-line stem cell population maintenance / negative regulation of viral process / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / Cytoprotection by HMOX1 / response to purine-containing compound / Estrogen-dependent gene expression / CD209 (DC-SIGN) signaling / peptide lactyltransferase (CoA-dependent) activity / negative regulation of transcription by competitive promoter binding / outer kinetochore / hormone secretion / positive regulation of hormone secretion / negative regulation of interferon-beta production / histone H3K18 acetyltransferase activity / N-terminal peptidyl-lysine acetylation / mammary gland development / histone H3K27 acetyltransferase activity / positive regulation of multicellular organism growth / positive regulation of osteoclast differentiation / arrestin family protein binding / cellular response to fatty acid / MRF binding / response to L-glutamate / face morphogenesis / response to glucagon / negative regulation of transcription by RNA polymerase I / response to morphine / protein-lysine-acetyltransferase activity / cellular response to hepatocyte growth factor stimulus / cellular response to insulin-like growth factor stimulus / histone acetyltransferase binding / acetyltransferase activity / regulation of cell size / cellular response to zinc ion / type I pneumocyte differentiation / TFIIB-class transcription factor binding / cAMP/PKA signal transduction / histone acetyltransferase complex / positive regulation of RNA polymerase II transcription preinitiation complex assembly / positive regulation of fat cell differentiation / cellular response to transforming growth factor beta stimulus / positive regulation of lipid biosynthetic process / histone acetyltransferase activity / : / histone acetyltransferase / positive regulation of double-strand break repair via homologous recombination / cellular response to platelet-derived growth factor stimulus / cellular response to retinoic acid / lactation / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの / Hsp70 protein binding / transforming growth factor beta receptor signaling pathway / cellular response to forskolin / axonogenesis / osteoclast differentiation / cellular response to leukemia inhibitory factor / positive regulation of long-term synaptic potentiation / response to activity / response to nicotine / response to cocaine / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / mRNA transcription by RNA polymerase II / euchromatin
類似検索 - 分子機能
cAMP response element binding (CREB) protein / Coactivator CBP, pKID / pKID domain / KID domain profile. / Coactivator CBP, KIX domain / bZIP transcription factor / Nuclear receptor coactivator, CREB-bp-like, interlocking / Nuclear receptor coactivator, CREB-bp-like, interlocking domain superfamily / Creb binding / Zinc finger, TAZ-type ...cAMP response element binding (CREB) protein / Coactivator CBP, pKID / pKID domain / KID domain profile. / Coactivator CBP, KIX domain / bZIP transcription factor / Nuclear receptor coactivator, CREB-bp-like, interlocking / Nuclear receptor coactivator, CREB-bp-like, interlocking domain superfamily / Creb binding / Zinc finger, TAZ-type / TAZ domain superfamily / TAZ zinc finger / Zinc finger TAZ-type profile. / TAZ zinc finger, present in p300 and CBP / : / Histone acetyltransferase p300-like, PHD domain / Coactivator CBP, KIX domain / CREB-binding protein/p300, atypical RING domain / CBP/p300-type histone acetyltransferase domain / CBP/p300, atypical RING domain superfamily / KIX domain / CREB-binding protein/p300, atypical RING domain / KIX domain profile. / CBP/p300-type histone acetyltransferase (HAT) domain profile. / Basic-leucine zipper (bZIP) domain signature. / Histone acetyltransferase Rtt109/CBP / Histone acetylation protein / Histone acetylation protein / Basic-leucine zipper (bZIP) domain profile. / basic region leucin zipper / Coactivator CBP, KIX domain superfamily / Basic-leucine zipper domain / Serum Albumin; Chain A, Domain 1 / Basic-leucine zipper domain superfamily / Zinc finger ZZ-type signature. / Zinc finger, ZZ type / Zinc-binding domain, present in Dystrophin, CREB-binding protein. / Zinc finger, ZZ-type / Zinc finger, ZZ-type superfamily / Zinc finger ZZ-type profile. / Nuclear receptor coactivator, interlocking / Bromodomain, conserved site / Bromodomain signature. / Bromodomain / bromo domain / Bromodomain / Bromodomain (BrD) profile. / Bromodomain-like superfamily / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Cyclic AMP-responsive element-binding protein 1 / Histone lysine acetyltransferase CREBBP
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法溶液NMR / DG, SA
データ登録者Radhakrishnan, I. / Perez-Alvarado, G.C. / Dyson, H.J. / Wright, P.E.
引用ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 1997
タイトル: Solution structure of the KIX domain of CBP bound to the transactivation domain of CREB: a model for activator:coactivator interactions.
著者: Radhakrishnan, I. / Perez-Alvarado, G.C. / Parker, D. / Dyson, H.J. / Montminy, M.R. / Wright, P.E.
履歴
登録1997年9月16日処理サイト: BNL
改定 1.01998年11月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年11月3日Group: Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年11月6日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CBP
B: CREB


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,9432
ポリマ－12,9432
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)17 / 40LOWEST CONSTRAINT ENERGIES
代表モデルモデル #1

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要素

#1: タンパク質 CBP / CREB-BINDING PROTEIN


分子量: 9552.860 Da / 分子数: 1 / 断片: KIX, RESIDUES 586-666 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: PHOSPHORYLATED AT SER 133 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞株: BL21 / プラスミド: PET21A(+) / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P45481
#2: タンパク質・ペプチド CREB / CAMP-RESPONSE ELEMENT BINDING PROTEIN / CREB


分子量: 3389.695 Da / 分子数: 1 / 断片: KID, RESIDUES 101-160 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: PHOSPHORYLATED AT SER 133 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 細胞株: BL21 / プラスミド: PET24A(+) / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P15337
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
111TRIPLE-RESONANCE EXPERIMENTS: HNCA
121HN(CO)CA
131CBCA(CO)NH
141HN(CA)CB; DOUBLE-RESONANCE: 15N-EDITED TOCSY
151(H)CCH-TOCSY
161(H)CCH-COSY; FOR RESTRAINT GENERATION: 15N- AND 13C-EDITED NOESYS
171SELECT-FILTERED NOESY
181DOUBLE HALF-FILTERED NOESY
191HNHA
1101CONSTANT-TIME SPIN-ECHO DIFFERENCE EXPERIMENTS
NMR実験の詳細Text: THE STRUCTURE WAS DETERMINED USING RESTRAINTS DERIVED FROM 15N- AND 13C-EDITED NOESYS, SELECT-FILTERED NOESY, DOUBLE HALF-FILTERED NOESY, HNHA AND CONSTANT TIME SPIN-ECHO-DIFFERENCE EXPERIMENTS.

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試料調製

詳細内容: H2O OR D2O
試料状態イオン強度: 0.07 / pH: 5.5 / 圧: 1 atm / 温度: 315 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AMXBrukerAMX5001
Bruker DMXBrukerDMX6002
Bruker DRXBrukerDRX7503

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解析

ソフトウェア名称: AMBER / 分類: 精密化
NMR software
名称バージョン開発者分類
DIANAWUTHRICH PROGRAM 2 : AMBER 4.1 AUTHORS 2 : PEARLMAN,CASE,CALDWELL,ROSS,CHEATHAM, FERGUSON,SEIBEL,SINGH,WEINER,KOLLMAN精密化
MSI FELIX95FELIX95構造決定
精密化手法: DG, SA / ソフトェア番号: 1
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: LOWEST CONSTRAINT ENERGIES
計算したコンフォーマーの数: 40 / 登録したコンフォーマーの数: 17

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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