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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1kdt | ||||||
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タイトル | CYTIDINE MONOPHOSPHATE KINASE FROM E.COLI IN COMPLEX WITH 2',3'-DIDEOXY-CYTIDINE MONOPHOSPHATE | ||||||
![]() | CYTIDYLATE KINASE | ||||||
![]() | TRANSFERASE / NUCLEOTIDE MONOPHOSPHATE KINASE | ||||||
機能・相同性 | ![]() (d)CMP kinase / CMP kinase activity / dCMP kinase activity / (d)CMP kinase activity / pyrimidine nucleotide metabolic process / nucleobase-containing small molecule interconversion / guanosine tetraphosphate binding / response to X-ray / phosphorylation / ATP binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Bertrand, T. / Briozzo, P. / Assairi, L. / Ofiteru, A. / Bucurenci, N. / Munier-Lehmann, H. / Golinelli-Pimpaneau, B. / Barzu, O. / Gilles, A.M. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Sugar specificity of bacterial CMP kinases as revealed by crystal structures and mutagenesis of Escherichia coli enzyme. 著者: Bertrand, T. / Briozzo, P. / Assairi, L. / Ofiteru, A. / Bucurenci, N. / Munier-Lehmann, H. / Golinelli-Pimpaneau, B. / Barzu, O. / Gilles, A.M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 109 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 82.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 508.1 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 501 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 12.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 19.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 24778.334 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.87 % | ||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4 詳細: Ammonium Sulphate, TRIS-HCl, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP at 293K | ||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 20 ℃ | ||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2000年9月22日 |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.933 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.95→35 Å / Num. all: 32964 / Num. obs: 30638 / % possible obs: 93 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 15.3 % / Rsym value: 7.3 / Net I/σ(I): 9.9 |
反射 シェル | 解像度: 1.95→2.02 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.61 / Rsym value: 39.6 / % possible all: 96.1 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 35 Å / Num. obs: 32964 / Num. measured all: 503844 / Rmerge(I) obs: 0.073 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 96.1 % / Rmerge(I) obs: 0.396 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 2CMK 解像度: 1.95→35 Å / Isotropic thermal model: OVERALL ANISOTROPIC B / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER 詳細: DISORDERED RESIDUES (A 1, A 2, A 226, A 227, B 1, B 2, B 226, B 227) AND DISORDERED SIDE-CHAINS (A 27, A 95, A 172, A 179, A 210, B 23, B 161) WERE NOT INCLUDED IN MODEL
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原子変位パラメータ | Biso mean: 34.7 Å2 | |||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.95→35 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最低解像度: 35 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor obs: 0.221 | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 34.7 Å2 |