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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1kdo | |||||||||
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タイトル | CYTIDINE MONOPHOSPHATE KINASE FROM E. COLI IN COMPLEX WITH CYTIDINE MONOPHOSPHATE | |||||||||
要素 | CYTIDYLATE KINASE | |||||||||
キーワード | TRANSFERASE / NUCLEOTIDE MONOPHOSPHATE KINASE | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 (d)CMP kinase / CMP kinase activity / dCMP kinase activity / (d)CMP kinase activity / : / pyrimidine nucleotide metabolic process / nucleobase-containing small molecule interconversion / guanosine tetraphosphate binding / response to X-ray / ATP binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å | |||||||||
データ登録者 | Bertrand, T. / Briozzo, P. / Assairi, L. / Ofiteru, A. / Bucurenci, N. / Munier-Lehmann, H. / Golinelli-Pimpaneau, B. / Barzu, O. / Gilles, A.M. | |||||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2002 タイトル: Sugar specificity of bacterial CMP kinases as revealed by crystal structures and mutagenesis of Escherichia coli enzyme. 著者: Bertrand, T. / Briozzo, P. / Assairi, L. / Ofiteru, A. / Bucurenci, N. / Munier-Lehmann, H. / Golinelli-Pimpaneau, B. / Barzu, O. / Gilles, A.M. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1kdo.cif.gz | 108.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1kdo.ent.gz | 81.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1kdo.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kd/1kdo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kd/1kdo | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 24778.334 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: cmk / プラスミド: pHSP210 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P0A6I0, UMP/CMP kinase #2: 化合物 | ChemComp-SO4 / #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.26 % | ||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4 詳細: Ammonium Sulphate, TRIS-HCl, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP at 293K | ||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 20 ℃ | ||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM30A / 波長: 0.987 Å |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年2月15日 |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.987 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→20 Å / Num. all: 35160 / Num. obs: 33009 / % possible obs: 94 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 9.6 % / Rsym value: 0.071 / Net I/σ(I): 12.7 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→1.99 Å / Mean I/σ(I) obs: 7.68 / Rsym value: 0.121 / % possible all: 96.4 |
反射 | *PLUS Num. obs: 35160 / Num. measured all: 336628 / Rmerge(I) obs: 0.071 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 96.4 % / Rmerge(I) obs: 0.121 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 2CMK 解像度: 1.9→20 Å / Isotropic thermal model: OVERALL ANISOTROPIC B VALUE / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER 詳細: DISORDERED RESIDUES (A 1, A 2, A 226, A 227, B 1, B 2, B 226, B 227) AND DISORDERED SIDE-CHAINS (A 23, A 70, A 95, A 152, A 161, A 218, B 23, B 115, B 152, B 161, B 223) WERE NOT INCLUDED IN MODEL
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原子変位パラメータ | Biso mean: 20.3 Å2 | |||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→20 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 1.9 Å / 最低解像度: 20 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 10 % | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 20.3 Å2 |