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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1kdn | ||||||
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タイトル | STRUCTURE OF NUCLEOSIDE DIPHOSPHATE KINASE | ||||||
要素 | NUCLEOSIDE DIPHOSPHATE KINASE | ||||||
キーワード | PHOSPHOTRANSFERASE / TRANSFERASE / KINASE / ATP-BINDING | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 dGTP biosynthetic process from dGDP / Azathioprine ADME / Ribavirin ADME / asexual reproduction / Interconversion of nucleotide di- and triphosphates / Neutrophil degranulation / nucleoside triphosphate biosynthetic process / negative regulation of pinocytosis / nucleoside-diphosphate kinase / CTP biosynthetic process ...dGTP biosynthetic process from dGDP / Azathioprine ADME / Ribavirin ADME / asexual reproduction / Interconversion of nucleotide di- and triphosphates / Neutrophil degranulation / nucleoside triphosphate biosynthetic process / negative regulation of pinocytosis / nucleoside-diphosphate kinase / CTP biosynthetic process / UTP biosynthetic process / negative regulation of exocytosis / negative regulation of phagocytosis / GTP biosynthetic process / nucleoside diphosphate kinase activity / translational elongation / phagocytic vesicle / secretory granule / response to bacterium / actin cytoskeleton organization / cytoskeleton / ribosome / G protein-coupled receptor signaling pathway / phosphorylation / ATP binding / metal ion binding / plasma membrane / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Dictyostelium discoideum (キイロタマホコリカビ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Cherfils, J. / Xu, Y.W. / Morera, S. / Janin, J. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1997 タイトル: AlF3 mimics the transition state of protein phosphorylation in the crystal structure of nucleoside diphosphate kinase and MgADP. 著者: Xu, Y.W. / Morera, S. / Janin, J. / Cherfils, J. #1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1995 タイトル: Mechanism of Phosphate Transfer by Nucleoside Diphosphate Kinase: X-Ray Structures of the Phosphohistidine Intermediate of the Enzymes from Drosophila and Dictyostelium 著者: Morera, S. / Chiadmi, M. / Lebras, G. / Lascu, I. / Janin, J. #2: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1994 タイトル: Adenosine 5'-Diphosphate Binding and the Active Site of Nucleoside Diphosphate Kinase 著者: Morera, S. / Lascu, I. / Dumas, C. / Lebras, G. / Briozzo, P. / Veron, M. / Janin, J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1kdn.cif.gz | 108.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1kdn.ent.gz | 83.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1kdn.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1kdn_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1kdn_full_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | 1kdn_validation.xml.gz | 22.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1kdn_validation.cif.gz | 32.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kd/1kdn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kd/1kdn | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 16816.336 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Dictyostelium discoideum (キイロタマホコリカビ) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P22887, nucleoside-diphosphate kinase #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 37 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 20 ℃ / pH: 7.4 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: LURE / ビームライン: DW32 / 波長: 0.906 |
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検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1995年7月1日 |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.906 Å / 相対比: 1 |
反射 | Num. obs: 30088 / % possible obs: 96.3 % / Observed criterion σ(I): 3 / Rmerge(I) obs: 0.059 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2 Å / Num. measured all: 118259 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 最高解像度: 2 Å / σ(F): 2 /
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原子変位パラメータ | Biso mean: 18 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.17 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 最高解像度: 2 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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