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万見
- PDB-1kdd: X-ray structure of the coiled coil GCN4 ACID BASE HETERODIMER ACI... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1kdd
タイトルX-ray structure of the coiled coil GCN4 ACID BASE HETERODIMER ACID-d12La16I BASE-d12La16L
要素
  • GCN4 ACID BASE HETERODIMER ACID-d12La16I
  • GCN4 ACID BASE HETERODIMER BASE-d12La16L
キーワードDE NOVO PROTEIN / coiled coil heterodimer
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.14 Å
データ登録者Keating, A.E. / Malashkevich, V.N. / Tidor, B. / Kim, P.S.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2001
タイトル: Side-chain repacking calculations for predicting structures and stabilities of heterodimeric coiled coils.
著者: Keating, A.E. / Malashkevich, V.N. / Tidor, B. / Kim, P.S.
履歴
登録2001年11月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年11月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年4月3日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: GCN4 ACID BASE HETERODIMER BASE-d12La16L
A: GCN4 ACID BASE HETERODIMER ACID-d12La16I
D: GCN4 ACID BASE HETERODIMER BASE-d12La16L
C: GCN4 ACID BASE HETERODIMER ACID-d12La16I
E: GCN4 ACID BASE HETERODIMER BASE-d12La16L
F: GCN4 ACID BASE HETERODIMER ACID-d12La16I


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,9416
ポリマ－24,9416
非ポリマー00
水2,036113
1
B: GCN4 ACID BASE HETERODIMER BASE-d12La16L
A: GCN4 ACID BASE HETERODIMER ACID-d12La16I


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,3142
ポリマ－8,3142
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2050 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area5100 Å2
手法PISA
2
D: GCN4 ACID BASE HETERODIMER BASE-d12La16L
C: GCN4 ACID BASE HETERODIMER ACID-d12La16I


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,3142
ポリマ－8,3142
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2060 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area4770 Å2
手法PISA
3
E: GCN4 ACID BASE HETERODIMER BASE-d12La16L
F: GCN4 ACID BASE HETERODIMER ACID-d12La16I


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,3142
ポリマ－8,3142
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2160 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area5110 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)86.278, 86.278, 78.864
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-56-

HOH

詳細The assembly is a dimer. There are three copies of the dimer intact in the asymmetric unit.

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要素

#1: タンパク質・ペプチド GCN4 ACID BASE HETERODIMER BASE-d12La16L / GABH BLL


分子量: 4157.150 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: The peptide was chemically synthesized.
#2: タンパク質・ペプチド GCN4 ACID BASE HETERODIMER ACID-d12La16I / GABH ALI


分子量: 4156.490 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: The peptide was chemically synthesized.
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 113 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.939 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.5 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.7
詳細: PEG 4000, Na Hepes, 2-propanol, pH 7.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
結晶化
*PLUS
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
110 mg/mlprotein1drop
218-20 %PEG40001reservoir
30.1 Msodium HEPES1reservoirpH7.7
410 %2-propanol1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 1.0093 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2000年7月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0093 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→35 Å / Num. all: 18925 / Num. obs: 18925 / % possible obs: 97.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 33.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06
反射 シェル解像度: 2.05→2.12 Å / Rmerge(I) obs: 0.257 / % possible all: 96.3
反射
*PLUS
最低解像度: 35 Å / Rmerge(I) obs: 0.06

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
CNS1精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: calculated structure

解像度: 2.14→19.91 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Isotropic thermal model: restrained / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3022 1682 10.1 %random
Rwork0.2523 ---
all-16580 --
obs-16580 97.8 %-
溶媒の処理溶媒モデル: flat model / Bsol: 52.247 Å2 / ksol: 0.341169 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 59.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.94 Å20 Å20 Å2
2--2.94 Å20 Å2
3----5.87 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.4 Å0.33 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.28 Å0.24 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.14→19.91 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1593 0 0 113 1706
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.004438
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg0.8315
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d13.1
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.62
LS精密化 シェル解像度: 2.14→2.27 Å / Rfactor Rfree error: 0.022 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.354 267 9.9 %
Rwork0.309 2437 -
obs--97.9 %
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最低解像度: 20 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 10.1 % / Rfactor obs: 0.252
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 59.1 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg13.1
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.62
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.354 / % reflection Rfree: 9.9 % / Rfactor Rwork: 0.309

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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