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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1kd8 | ||||||
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タイトル | X-RAY STRUCTURE OF THE COILED COIL GCN4 ACID BASE HETERODIMER ACID-d12Ia16V BASE-d12La16L | ||||||
要素 |
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キーワード | DE NOVO PROTEIN / coiled coil heterodimer | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å | ||||||
データ登録者 | Keating, A.E. / Malashkevich, V.N. / Tidor, B. / Kim, P.S. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2001 タイトル: Side-chain repacking calculations for predicting structures and stabilities of heterodimeric coiled coils. 著者: Keating, A.E. / Malashkevich, V.N. / Tidor, B. / Kim, P.S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1kd8.cif.gz | 57 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1kd8.ent.gz | 44.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1kd8.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kd/1kd8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kd/1kd8 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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3 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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詳細 | The assembly is a dimer. There are three copies of the dimer intact in the asymmetric unit. |
-要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4142.462 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: The peptide was chemically synthesized. #2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4157.150 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: The peptide was chemically synthesized. #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.1 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.7 詳細: PEG 4000, Na Hepes, 2-propanol, pH 7.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.9763 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2000年10月19日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9763 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.85→35 Å / Num. all: 25471 / Num. obs: 25471 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 20.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 |
反射 シェル | 解像度: 1.85→1.92 Å / Rmerge(I) obs: 0.413 / % possible all: 99 |
反射 | *PLUS Rmerge(I) obs: 0.06 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: calculated structure 解像度: 1.9→28.97 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Isotropic thermal model: restrained / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: flat model / Bsol: 62.63 Å2 / ksol: 0.386808 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 35.8 Å2 | |||||||||||||||||||||||||
Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→28.97 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.9→2.02 Å / Rfactor Rfree error: 0.017 / Total num. of bins used: 6
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最低解像度: 30 Å / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor obs: 0.232 / Rfactor Rfree: 0.276 | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 35.8 Å2 | |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.328 / % reflection Rfree: 9.9 % / Rfactor Rwork: 0.263 |