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- PDB-1kd6: Solution structure of the eukaryotic pore-forming cytolysin equin... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1kd6
タイトルSolution structure of the eukaryotic pore-forming cytolysin equinatoxin II
要素EQUINATOXIN II
キーワードMEMBRANE PROTEIN / cytolysin / pore formation / beta sandwich / toxin / sea anemone
機能・相同性
機能・相同性情報


nematocyst / pore complex assembly / cytolysis in another organism / other organism cell membrane / pore complex / monoatomic cation transport / channel activity / toxin activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Sea anemone actinoporin-like / : / Sea anemone cytotoxic protein / Cytolysin/lectin / Cytolysin/lectin / Mutm (Fpg) Protein; Chain: A, domain 2 / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DELTA-actitoxin-Aeq1a
類似検索 - 構成要素
生物種Actinia equina (ウメボシイソギンチャク)
手法溶液NMR / torsion angle dyanamics distance geometry simulated annealing
データ登録者Hinds, M.G. / Zhang, W. / Anderluh, G. / Hansen, P.E. / Norton, R.S.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2002
タイトル: Solution structure of the eukaryotic pore-forming cytolysin equinatoxin II: implications for pore formation.
著者: Hinds, M.G. / Zhang, W. / Anderluh, G. / Hansen, P.E. / Norton, R.S.
#1: ジャーナル: J.Biomol.NMR / 年: 2000
タイトル: Sequence-specific resonance assignments of the potent cytolysin equinatoxin II
著者: Zhang, W. / Hinds, M.G. / Anderluh, G. / Hansen, P.E. / Norton, R.S.
履歴
登録2001年11月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年2月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月23日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
Remark 999SEQUENCE THERE ARE TWO NATURALLY OCCURING SEQUENCE VARIANTS P116D AND T212S FOR EQUINATOXIN II ...SEQUENCE THERE ARE TWO NATURALLY OCCURING SEQUENCE VARIANTS P116D AND T212S FOR EQUINATOXIN II P116D VARIANT OCCURS IN 50% OF MOLECULES FROM ACTINIA EQUINA AND THE T212S VARIANT IN ACTINA TENEBROSA.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: EQUINATOXIN II


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,8591
ポリマ－19,8591
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 250structures with acceptable covalent geometry,structures with the least restraint violations
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質 EQUINATOXIN II / EqtII / Tenebrosin C


分子量: 19859.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Actinia equina (ウメボシイソギンチャク)
プラスミド: pAG2.1 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P61914

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 13C-separated NOESY
1223D 15N-separated NOESY
132HNHA
143NOESY
NMR実験の詳細Text: The structure was determined using triple resonance spectroscopy

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11mM 13C, 15N Equinatoxin II pH 3.990% H2O, 10% H2O
21mM 15N Equinatoxin II pH 3.990% H2O, 10% H2O
31mM unlabelled Equinatoxin II pH 3.990% H2O, 10% H2O
試料状態pH: 3.9 / 圧: ambient / 温度: 303 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA6001
Varian INOVAVarianINOVA7502
Varian INOVAVarianINOVA8003
Bruker DRXBrukerDRX6004

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
VNMR6Varian Associatescollection
XwinNMR2.6Bruker AG解析
XEASY1.3.13Bartels, C., Xia, T.H., Guntert, P., Wuthrich K. J Biomol NMR. 1995, 6, 1-10.データ解析
DYANA1.5Guntert, P., Mumenthaler, C., Wuthrich, K.J. Mol. Biol. 1997, 273, 283-298.構造決定
CNS1Brunger, A.T., Adams, P.D., Clore, G.M., Delano, W.L., Gros, P., Grosse-Kunstleve, R.W., Jiang, J.S., Kuszewski, J., Nilges, M., Pannu, N.S, Read, R.J., Rice, L.M., Simonson, T., Warren, G.L. Acta Crystallogr. D Biol. Crystallogr. 1998, 54, 905-921.精密化
精密化手法: torsion angle dyanamics distance geometry simulated annealing
ソフトェア番号: 1
詳細: The structure is based on 3161 total restraints including 167 angle constraints, 42 hydrogen bonds, 534 sequential, 972 short range and 1346 long range distance constraints.
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with acceptable covalent geometry,structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 250 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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