ソフトウェア 名称 分類 DENZOデータ削減 SCALEPACKデータスケーリング CNS精密化 CNS位相決定
精密化 構造決定の手法 : 分子置換開始モデル : metal free r(GGUCACAGCCC)2
解像度 : 1.8→21.72 Å / Rfactor Rfree error : 0.008 / Data cutoff high absF : 1381692.88 / Data cutoff low absF : 0 / Isotropic thermal model : RESTRAINED / 交差検証法 : THROUGHOUT / σ(F) : 2 Rfactor 反射数 %反射 Selection details Rfree 0.241 911 10.4 % RANDOM Rwork 0.215 - - - obs 0.215 8800 97.9 % -
溶媒の処理 溶媒モデル : FLAT MODEL / Bsol : 74.6805 Å2 / ksol : 0.573747 e/Å3 原子変位パラメータ Biso mean : 24.8 Å2 Baniso -1 Baniso -2 Baniso -3 1- 0.88 Å2 0 Å2 0 Å2 2- - 0.88 Å2 0 Å2 3- - - -1.76 Å2
Refine analyze Free Obs Luzzati coordinate error 0.27 Å 0.22 Å Luzzati d res low - 5 Å Luzzati sigma a 0.22 Å 0.17 Å
精密化ステップ サイクル : LAST / 解像度 : 1.8→21.72 Åタンパク質 核酸 リガンド 溶媒 全体 原子数 0 460 2 74 536
拘束条件 大きな表を表示 (3 x 19) 大きな表を隠す Refine-ID タイプ Dev ideal X-RAY DIFFRACTION c_bond_d0.004 X-RAY DIFFRACTION c_bond_d_naX-RAY DIFFRACTION c_bond_d_protX-RAY DIFFRACTION c_angle_dX-RAY DIFFRACTION c_angle_d_naX-RAY DIFFRACTION c_angle_d_protX-RAY DIFFRACTION c_angle_deg0.8 X-RAY DIFFRACTION c_angle_deg_naX-RAY DIFFRACTION c_angle_deg_protX-RAY DIFFRACTION c_dihedral_angle_d11.1 X-RAY DIFFRACTION c_dihedral_angle_d_naX-RAY DIFFRACTION c_dihedral_angle_d_protX-RAY DIFFRACTION c_improper_angle_d1.18 X-RAY DIFFRACTION c_improper_angle_d_naX-RAY DIFFRACTION c_improper_angle_d_protX-RAY DIFFRACTION c_mcbond_itX-RAY DIFFRACTION c_mcangle_itX-RAY DIFFRACTION c_scbond_itX-RAY DIFFRACTION c_scangle_it
LS精密化 シェル 解像度 : 1.8→1.91 Å / Rfactor Rfree error : 0.026 / Total num. of bins used : 6 Rfactor 反射数 %反射 Rfree 0.3 136 9.6 % Rwork 0.266 1288 - obs - - 96 %
Xplor file Refine-ID Serial no Param file Topol file X-RAY DIFFRACTION 1 DNA-RNA_REP.PARAM DNA-RNA.TOP X-RAY DIFFRACTION 2 WATER_REP.PARAMWATER.TOPX-RAY DIFFRACTION 3 ION.PARAMION.TOP
精密化 *PLUS
Rfactor Rwork : 0.227 溶媒の処理 *PLUS
原子変位パラメータ *PLUS
拘束条件 *PLUS
Refine-ID タイプ Dev ideal X-RAY DIFFRACTION c_dihedral_angle_dX-RAY DIFFRACTION c_dihedral_angle_deg11.1 X-RAY DIFFRACTION c_improper_angle_dX-RAY DIFFRACTION c_improper_angle_deg1.18
LS精密化 シェル *PLUS
Rfactor Rfree : 0.3