PDB-1kd0: Crystal Structure of beta-methylaspartase from Clostridium tetano...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1kd0

タイトル

Crystal Structure of beta-methylaspartase from Clostridium tetanomorphum. Apo-structure.

要素

beta-methylaspartase

キーワード

LYASE / beta zigzag / alpha/beta-barrel

機能・相同性

機能・相同性情報

methylaspartate ammonia-lyase / methylaspartate ammonia-lyase activity / L-glutamate catabolic process via L-citramalate / cobalamin binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Clostridium tetanomorphum (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Asuncion, M. / Blankenfeldt, W. / Barlow, J.N. / Gani, D. / Naismith, J.H.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2002
タイトル: The structure of 3-methylaspartase from Clostridium tetanomorphum functions via the common enolase chemical step.
著者: Asuncion, M. / Blankenfeldt, W. / Barlow, J.N. / Gani, D. / Naismith, J.H.

履歴

登録	2001年11月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2001年12月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月27日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.3	2024年10月16日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / software / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1kd0.cif.gz	187.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1kd0.ent.gz	149.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1kd0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1kd0_validation.pdf.gz	454.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1kd0_full_validation.pdf.gz	472.8 KB	表示
XML形式データ	1kd0_validation.xml.gz	45.7 KB	表示
CIF形式データ	1kd0_validation.cif.gz	63.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kd/1kd0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kd/1kd0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1kczC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3e37-d 3r25-2 1ogp-2 6nbm-d 5hru-d 3ksl-d 1ogp-3 4gtm-d 6bfz-1 1iyx-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (2)

登録構造単位

A: beta-methylaspartase

B: beta-methylaspartase

ヘテロ分子

92.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	67.281, 109.260, 108.991
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

詳細

The biological assembly is a homodimer.

#1: タンパク質	beta-methylaspartase / METHYLASPARTATE AMMONIA-LYASE 分子量: 46389.391 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Clostridium tetanomorphum (バクテリア) プラスミド: pGetita / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834 / 参照: UniProt: Q05514, methylaspartate ammonia-lyase
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL 分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 659 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 2.16 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.01 %

結晶化

温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: Tris-HCl, NaCl, PEG6000, ethylene glycol, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K

結晶化

*PLUS

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	Sol-ID	詳細
1	20-25 %(w/v)	PEG6000	1	reservoir
2	100 mM	sodium acetate	1	reservoir	pH7.0
3	25 mM	Tris-HCl	1	reservoir	pH7.0
4	16-22 %	ethylene glycol	1	reservoir

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.946439 Å
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2001年6月12日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.946439 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→30.86 Å / Num. all: 64042 / Num. obs: 63750 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 1.9 / R_merge(I) obs: 0.094 / Net I/σ(I): 6.1
反射シェル	解像度: 1.9→1.95 Å / 冗長度: 3.7 % / R_merge(I) obs: 0.398 / Mean I/σ(I) obs: 0.019 / % possible all: 99.9
反射	PLUS 冗長度: 3.9 % / Num. measured all*: 249409
反射シェル	PLUS % possible obs: 99.9 % / Mean I/σ(I) obs*: 1.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SnB		位相決定
REFMAC	5	精密化
MOSFLM		データ削減
CCP4	(SCALA)	データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.9→57.74 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.958 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.937 / SU B: 5.2 / SU ML: 0.16 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.16 / ESU R Free: 0.15 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: TLS-option in REFMAC5 with 3 TLS groups for protein chains and water molecules. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.222	3228	5 %	RANDOM
R_work	0.175	-	-	-
all	0.178	60746	-	-
obs	0.178	60746	99.89 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å
溶媒モデル: BABINET model with mask parameters for mask calculation

原子変位パラメータ

B_iso mean: 33.12 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.05 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.04 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.08 Å²

Refine analyze

	Free	Obs
Luzzati coordinate error	0.148 Å	0.161 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→57.74 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6374	0	8	659	7041

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.031	0.022	6582
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	6071
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.052	1.959	8924
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.976	3	14126
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.837	3	868
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.966	15	1229
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.137	0.2	988
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	7430
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.003	0.02	1288
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.238	0.3	1539
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.209	0.3	6110
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.214	0.5	603
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.089	0.5	10
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.3	0.3	17
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.295	0.3	36
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.546	0.5	17
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.184	1.5	4144
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.984	2	6708
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.636	3	2438
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.266	4.5	2216
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.9→1.95 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.29	227	-
R_work	0.251	-	-
obs	-	4709	99.9 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.4717	0.0924	-0.0265	0.3026	0.1487	0.1893	0.0117	-0.0715	0.0974	0.0049	-0.0091	0.0563	-0.0346	-0.1485	-0.0027	0.0335	-0.0048	0.0007	0.0802	0.0153	0.0233	9.065	12.727	24.344
2	0.7744	-0.0419	-0.1945	0.2592	-0.0483	0.499	-0.0492	-0.1329	-0.0506	-0.0228	0.0246	-0.017	0.0192	0.061	0.0247	0.0268	-0.0106	0.0024	0.0228	0.0109	0.0144	38.354	-0.059	24.344
3	0.5024	0.174	-0.1711	0.2204	0.0588	0.4233	-0.0127	-0.0937	-0.139	0.0145	0.0228	-0.1304	0.1406	0.1099	-0.0101	0.0875	-0.0347	0.0029	0.0206	0.0003	0.0388	25.666	4.659	24.335

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 413
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	1 - 413
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	702 - 1016
4	X-RAY DIFFRACTION	3	B	703 - 1046

精密化

*PLUS

σ(F): 0 / % reflection R_free: 5 % / R_factor R_free: 0.223 / R_factor R_work: 0.176

溶媒の処理

*PLUS

原子変位パラメータ

*PLUS

拘束条件

*PLUS

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_d	0.031
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_deg	2.052

LS精密化シェル

*PLUS

R_factor R_free: 0.29 / R_factor obs: 0.251

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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