PDB-1kcz: Crystal Structure of beta-methylaspartase from Clostridium tetano...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1kcz

タイトル

Crystal Structure of beta-methylaspartase from Clostridium tetanomorphum. Mg-complex.

要素

beta-methylaspartase

キーワード

LYASE / beta zigzag / alpha/beta-barrel

機能・相同性

機能・相同性情報

methylaspartate ammonia-lyase / methylaspartate ammonia-lyase activity / glutamate catabolic process via L-citramalate / cobalamin binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Clostridium tetanomorphum (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Asuncion, M. / Blankenfeldt, W. / Barlow, J.N. / Gani, D. / Naismith, J.H.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2002
タイトル: The structure of 3-methylaspartase from Clostridium tetanomorphum functions via the common enolase chemical step.
著者: Asuncion, M. / Blankenfeldt, W. / Barlow, J.N. / Gani, D. / Naismith, J.H.

履歴

登録	2001年11月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2001年12月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月27日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1kcz.cif.gz	185.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1kcz.ent.gz	153.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1kcz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1kcz_validation.pdf.gz	454.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1kcz_full_validation.pdf.gz	464.9 KB	表示
XML形式データ	1kcz_validation.xml.gz	40.6 KB	表示
CIF形式データ	1kcz_validation.cif.gz	61.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kc/1kcz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kc/1kcz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1kd0C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3k3w-d 3r25-2 5t8u-d 3bfj-5 1kd0-d 3zvi-d 6o38-4 1ogp-3 3bfj-3 5ox4-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (2)

登録構造単位

A: beta-methylaspartase

B: beta-methylaspartase

ヘテロ分子

91.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	67.016, 108.783, 109.557
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

詳細

The biological assembly is a homodimer.

#1: タンパク質	beta-methylaspartase / METHYLASPARTATE AMMONIA-LYASE 分子量: 45640.184 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Clostridium tetanomorphum (バクテリア) プラスミド: pJGetita / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(lambda DE3)pLysS / 参照: UniProt: Q05514, methylaspartate ammonia-lyase
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 847 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 2.19 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.75 %

結晶化

温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: Tris-HCl, NaCl, ethylene glycol, PEG 6000, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K

結晶化

*PLUS

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	Sol-ID	詳細
1	20-25 %(w/v)	PEG6000	1	reservoir
2	100 mM	sodium acetate	1	reservoir	pH7.0
3	25 mM	Tris-HCl	1	reservoir	pH7.0
4	16-22 %	ethylene glycol	1	reservoir

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.934 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年9月17日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.934 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→55.05 Å / Num. all: 63850 / Num. obs: 63452 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 4.3 / 冗長度: 11.4 % / B_iso Wilson estimate: 15 Å² / R_merge(I) obs: 0.114 / Net I/σ(I): 9
反射シェル	解像度: 1.9→1.95 Å / 冗長度: 9 % / R_merge(I) obs: 0.264 / Mean I/σ(I) obs: 4.3 / % possible all: 95.1
反射	PLUS 冗長度: 11.5 % / Num. measured all*: 731140
反射シェル	PLUS % possible obs*: 95.1 %

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SnB		位相決定
REFMAC	5	精密化
MOSFLM		データ削減
CCP4	(SCALA)	データスケーリング
SHAKE-N-BAKE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.9→76.7 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.971 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.957 / SU B: 3.782 / SU ML: 0.114 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: isotropic temperature factors / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.127 / ESU R Free: 0.118 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: TLS-option in REFMAC5 with 3 TLS groups for protein chains and water molecules. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.17459	3210	5.1 %	RANDOM
R_work	0.13498	-	-	-
all	0.13699	60342	-	-
obs	0.13699	60342	99.53 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 8.67 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.66 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.29 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.95 Å²

Refine analyze

	Free	Obs
Luzzati coordinate error	0.118 Å	0.127 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→76.7 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6381	0	10	847	7238

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.021	0.022	6543
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	6033
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.743	1.96	8848
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.827	3	14033
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.507	3	848
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.412	15	1217
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.114	0.2	982
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	7352
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	1278
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.234	0.3	1492
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.199	0.3	6096
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.224	0.5	709
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.149	0.5	6
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.552	0.3	18
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.303	0.3	36
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.48	0.5	33
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.972	1.5	4113
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.734	2	6630
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.095	3	2430
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.938	4.5	2218
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.9→1.95 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.206	209	-
R_work	0.145	-	-
obs	-	4411	95.1 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.2605	0.0277	0.0372	0.268	0.0292	0.2435	-0.0031	0.0461	-0.0262	-0.0325	0.011	-0.0932	0.0095	0.0631	-0.0079	0.0493	0.0039	0.0105	0.0529	0.0074	0.0764	41.176	2.431	14.294
2	0.57	-0.0655	-0.1047	0.465	-0.0347	0.2699	-0.0313	-0.0152	-0.0822	0.0181	0.0073	0.0278	0.0195	-0.0319	0.024	0.0492	0.0004	0.0007	0.0411	-0.0054	0.0499	12.031	2.474	27.195
3	0.4428	-0.0848	-0.0499	0.2924	0.0378	0.2627	-0.0081	-0.0023	-0.0438	-0.0016	-0.0169	-0.0093	0.0113	0.0084	0.0249	0.0143	-0.0046	-0.0045	0.0025	-0.0003	0.0048	25.881	2.399	21.065

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 413
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	901
3	X-RAY DIFFRACTION	1	A	903
4	X-RAY DIFFRACTION	2	B	1 - 413
5	X-RAY DIFFRACTION	2	B	902
6	X-RAY DIFFRACTION	2	B	904
7	X-RAY DIFFRACTION	3	A	904 - 1302
8	X-RAY DIFFRACTION	3	B	905 - 1352

精密化

*PLUS

最高解像度: 1.9 Å / 最低解像度: 76.7 Å / σ(F): 0 / % reflection R_free: 5.1 %

溶媒の処理

*PLUS

原子変位パラメータ

*PLUS

拘束条件

*PLUS

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_d	0.021
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_deg	1.743

LS精密化シェル

*PLUS

R_factor R_free: 0.206 / R_factor R_work: 0.145 / R_factor obs: 0.145

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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