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- PDB-1kcd: Endopolygalacturonase I from Stereum purpureum complexed with two... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1kcd
タイトルEndopolygalacturonase I from Stereum purpureum complexed with two galacturonate at 1.15 A resolution.
要素ENDOPOLYGALACTURONASE
キーワードHYDROLASE / BETA HELICAL STRUCTURE / GLYCOSIDE HYDROLASE / SILVER-LEAF INDUCING SUBSTANCE
機能・相同性
機能・相同性情報


endo-polygalacturonase / polygalacturonase activity / pectin catabolic process / cell wall organization / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Polygalacturonase active site. / Glycoside hydrolase, family 28 / Glycosyl hydrolases family 28 / Parallel beta-helix repeat / Parallel beta-helix repeats / Single-stranded right-handed beta-helix, Pectin lyase-like / Pectate Lyase C-like / Pectin lyase fold / Pectin lyase fold/virulence factor / 3 Solenoid / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
beta-D-galactofuranuronic acid / beta-D-galactopyranuronic acid / endo-polygalacturonase
類似検索 - 構成要素
生物種Chondrostereum purpureum (ムラサキウロコタケ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.15 Å
データ登録者Shimizu, T. / Nakatsu, T. / Miyairi, K. / Okuno, T. / Kato, H.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 2002
タイトル: Active-site architecture of endopolygalacturonase I from Stereum purpureum revealed by crystal structures in native and ligand-bound forms at atomic resolution.
著者: Shimizu, T. / Nakatsu, T. / Miyairi, K. / Okuno, T. / Kato, H.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2001
タイトル: Crystallization and preliminary X-ray study of endopolygalacturonase from the pathogenic fungus Stereum purpureum
著者: Shimizu, T. / Nakatsu, T. / Miyairi, K. / Okuno, T. / Kato, H.
#2: ジャーナル: Eur.J.Biochem. / 年: 2000
タイトル: Determination of glycosylation sites, disulfide bridges, and the C-terminus of Stereum purpureum mature endopolygalacturonase I by electrospray ionization mass spectrometry
著者: Shimizu, T. / Miyairi, K. / Okuno, T.
#3: ジャーナル: BIOSCI.BIOTECHNOL.BIOCHEM. / 年: 1998
タイトル: Isolation, characterization, and sugar chain structure of endoPG Ia, Ib and Ic from Stereum purpureum
著者: Hasui, Y. / Fukui, Y. / Kikuchi, J. / Kato, N. / Miyairi, K. / Okuno, T.
履歴
登録2001年11月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02002年6月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32011年8月24日Group: Non-polymer description
改定 1.42015年10月14日Group: Non-polymer description
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年10月25日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 3.02023年11月15日Group: Atomic model / カテゴリ: atom_site / Item: _atom_site.occupancy

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ENDOPOLYGALACTURONASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,5196
ポリマ－34,6521
非ポリマー8665
水9,368520
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.500, 52.070, 37.230
Angle α, β, γ (deg.)72.39, 69.50, 70.54
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 ENDOPOLYGALACTURONASE


分子量: 34652.363 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 1-335 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chondrostereum purpureum (ムラサキウロコタケ)
株: ASP-4B / 参照: UniProt: P79074, endo-polygalacturonase

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糖 , 3種, 4分子

#2: 糖 ChemComp-GTK / beta-D-galactofuranuronic acid / beta-D-galacturonic acid / D-galacturonic acid / galacturonic acid


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 194.139 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H10O7
識別子タイププログラム
DGalfAbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
b-D-galactofuranuronic acidCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GalfAIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GalASNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 糖 ChemComp-GTR / beta-D-galactopyranuronic acid / beta-D-galacturonic acid / D-galacturonic acid / galacturonic acid / β-D-ガラクトピラヌロン酸


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 194.139 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H10O7
識別子タイププログラム
DGalpAbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
b-D-galactopyranuronic acidCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GalpAIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GalASNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#4: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 2種, 521分子

#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 520 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.22 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: PEG 4000, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
結晶化
*PLUS
詳細: Shimizu, T., (2001) Acta Crystallogr., Sect.D, 57, 1171.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
150 mMsodium acetate1droppH5.0
210 mg/mlprotein1drop
350 mMsodium acetate1reservoirpH5.0
40.2 M1reservoirNaCl
512-17.5 %PEG40001reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 90 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44B2 / 波長: 0.6 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2001年9月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.6 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.15→12.1 Å / Num. all: 104270 / Num. obs: 104270 / % possible obs: 97.3 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 2.2 % / Biso Wilson estimate: 5.6 Å2 / Rsym value: 0.071 / Net I/σ(I): 6.5
反射 シェル解像度: 1.15→1.21 Å / 冗長度: 2.2 % / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Num. unique all: 15075 / Rsym value: 0.251 / % possible all: 96.2
反射
*PLUS
Num. measured all: 230114 / Rmerge(I) obs: 0.071
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 96.2 % / Rmerge(I) obs: 0.251

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
REFMAC精密化
SHELXL-97精密化
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1K5C

1k5c


解像度: 1.15→10 Å / Num. parameters: 27121 / Num. restraintsaints: 32146 / 交差検証法: FREE R / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1635 5171 4.96 %RANDOM
Rwork0.1257 ---
obs0.1276 104207 92.6 %-
all-99036 --
Refine analyzeNum. disordered residues: 11 / Occupancy sum hydrogen: 0 / Occupancy sum non hydrogen: 2925.52
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.15→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2411 0 55 520 2986
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.014
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.03
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist0
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.0331
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol0.077
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0.09
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt0.005
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt0.039
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps0.072
ソフトウェア
*PLUS
名称: SHELXL / バージョン: 97 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最低解像度: 10 Å / Rfactor all: 0.135 / Rfactor obs: 0.126 / Rfactor Rfree: 0.164 / Rfactor Rwork: 0.126
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_plane_restr0.033
X-RAY DIFFRACTIONs_chiral_restr0.09

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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