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万見
- PDB-1kc6: HincII Bound to Cognate DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1kc6
タイトルHincII Bound to Cognate DNA
要素
  • 5'-D(P*CP*CP*GP*GP*TP*CP*GP*AP*CP*CP*GP*G)-3'
  • TYPE II RESTRICTION ENZYME HINCII
キーワードHYDROLASE/DNA / restriction endonuclease / blunt cutting / protein-dna / indirect readout / dna bending / HYDROLASE-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


type II site-specific deoxyribonuclease / type II site-specific deoxyribonuclease activity / DNA restriction-modification system / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Restriction endonuclease, type II, HincII / Restriction endonuclease HincII / DNA mismatch repair MutH/Restriction endonuclease, type II / DNA mismatch repair MutH/Type II restriction endonuclease superfamily / ECO RV Endonuclease; Chain A / Restriction endonuclease type II-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Type II restriction enzyme HincII
類似検索 - 構成要素
生物種Haemophilus influenzae (インフルエンザ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Horton, N.C. / Dorner, L.F. / Perona, J.J.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 2002
タイトル: Sequence selectivity and degeneracy of a restriction endonuclease mediated by DNA intercalation.
著者: Horton, N.C. / Dorner, L.F. / Perona, J.J.
履歴
登録2001年11月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年12月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月5日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 999sequence The authors maintain that residues THR 130 and TRP 173 are correct.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
E: 5'-D(P*CP*CP*GP*GP*TP*CP*GP*AP*CP*CP*GP*G)-3'
F: 5'-D(P*CP*CP*GP*GP*TP*CP*GP*AP*CP*CP*GP*G)-3'
G: 5'-D(P*CP*CP*GP*GP*TP*CP*GP*AP*CP*CP*GP*G)-3'
H: 5'-D(P*CP*CP*GP*GP*TP*CP*GP*AP*CP*CP*GP*G)-3'
A: TYPE II RESTRICTION ENZYME HINCII
B: TYPE II RESTRICTION ENZYME HINCII
C: TYPE II RESTRICTION ENZYME HINCII
D: TYPE II RESTRICTION ENZYME HINCII
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)133,98410
ポリマ－133,9388
非ポリマー462
水9,350519
1
E: 5'-D(P*CP*CP*GP*GP*TP*CP*GP*AP*CP*CP*GP*G)-3'
F: 5'-D(P*CP*CP*GP*GP*TP*CP*GP*AP*CP*CP*GP*G)-3'
A: TYPE II RESTRICTION ENZYME HINCII
B: TYPE II RESTRICTION ENZYME HINCII
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,0156
ポリマ－66,9694
非ポリマー462
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
G: 5'-D(P*CP*CP*GP*GP*TP*CP*GP*AP*CP*CP*GP*G)-3'
H: 5'-D(P*CP*CP*GP*GP*TP*CP*GP*AP*CP*CP*GP*G)-3'
C: TYPE II RESTRICTION ENZYME HINCII
D: TYPE II RESTRICTION ENZYME HINCII


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,9694
ポリマ－66,9694
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)67.120, 177.670, 256.360
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number24
Space group name H-MI212121

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要素

#1: DNA鎖
5'-D(P*CP*CP*GP*GP*TP*CP*GP*AP*CP*CP*GP*G)-3'


分子量: 3664.380 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成
#2: タンパク質
TYPE II RESTRICTION ENZYME HINCII / ENDONUCLEASE HINCII


分子量: 29820.066 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Haemophilus influenzae (インフルエンザ菌)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P17743, type II site-specific deoxyribonuclease
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 519 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.3 %
結晶化pH: 5.5 / 詳細: 0.1M sodium citrate, 0.15M NaCl, 20% PEG 4K, pH 5.5
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1sodium citrate11
2NaCl11
3PEG 4K11
結晶化
*PLUS
温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Horton, N.C., (1999) Acta Crystallogr., D55, 1943.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
17.2 mg/mlHincII-DNA complex1drop
220 %PEG40001reservoir
30.1 Msodium citrate1reservoirpH5.5
40.12 M1reservoirNaCl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL1-5
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 2.6→20 Å / Num. obs: 42701 / % possible obs: 87.3 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.047 / Rsym value: 0.047 / Net I/σ(I): 16.6
反射 シェル解像度: 2.6→2.69 Å / 冗長度: 1.8 % / Rmerge(I) obs: 0.191 / Mean I/σ(I) obs: 4.2 / Rsym value: 0.191 / % possible all: 76
反射
*PLUS
最高解像度: 2.56 Å / 最低解像度: 20 Å / Num. measured all: 91893
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 76 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SOLVE位相決定
CNS精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.6→20 Å / 交差検証法: free R / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.285 2071 4.3 %random
Rwork0.219 ---
obs-41613 87.2 %-
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.403 Å20 Å20 Å2
2---0.537 Å20 Å2
3----2.866 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.44 Å0.32 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.44 Å0.32 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7626 984 2 519 9131
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.29
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.5
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.088
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.245
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.104
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.842
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.747
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.69 Å / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3892 171 3.6 %
Rwork0.2965 3405 -
obs--75.5 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.parmprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2dna-rna_rep.parmdna-rna.top
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.parmwater.top
X-RAY DIFFRACTION4ion.parmion.top
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.6 Å / 最低解像度: 20 Å / Num. reflection obs: 34951 / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor all: 0.284 / Rfactor obs: 0.219
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg22.5
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg1.088
LS精密化 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.6 Å / Rfactor Rfree: 0.384 / % reflection Rfree: 3.6 % / Rfactor obs: 0.286

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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