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万見
- PDB-1kbm: SOLUTION STRUCTURE OF AN 11-MER DNA DUPLEX CONTAINING 6-THIOGUANI... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1kbm
タイトルSOLUTION STRUCTURE OF AN 11-MER DNA DUPLEX CONTAINING 6-THIOGUANINE OPPOSITE THYMINE
要素
  • 5'-D(*CP*GP*TP*AP*CP*(S6G)P*CP*AP*TP*GP*C)-3'
  • 5'-D(*GP*CP*AP*TP*GP*TP*GP*TP*AP*CP*G)-3'
キーワードDNA / THIOGUANINE / 6-THIOGUANINE / TG / 6TG / S6G / THIOPURINE / DOUBLE HELIX / B-FORM DNA
機能・相同性DNA / DNA (> 10)
機能・相同性情報
手法溶液NMR / RESTRAINED MOLECULAR DYNAMICS SIMULATIONS
データ登録者Bohon, J. / De Los Santos, C.R.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2003
タイトル: Structural effect of the anticancer agent 6-thioguanine on duplex DNA.
著者: Bohon, J. / de los Santos, C.R.
履歴
登録2001年11月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年11月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月23日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5'-D(*CP*GP*TP*AP*CP*(S6G)P*CP*AP*TP*GP*C)-3'
B: 5'-D(*GP*CP*AP*TP*GP*TP*GP*TP*AP*CP*G)-3'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,7392
ポリマ－6,7392
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)1 / -
代表モデル

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要素

#1: DNA鎖 5'-D(*CP*GP*TP*AP*CP*(S6G)P*CP*AP*TP*GP*C)-3'


分子量: 3350.252 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: DNA鎖 5'-D(*GP*CP*AP*TP*GP*TP*GP*TP*AP*CP*G)-3'


分子量: 3389.221 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
111NOESY
121COSY
131DQFCOSY
141COSY45
151TOCSY
161HETCO
272NOESY
NMR実験の詳細Text: THE STRUCTURE WAS DETERMINED USING PROTON NMR FOLLOWED BY DISTANCE RESTRAINED MOLECULAR DYNAMICS SIMULATIONS, AND FURTHER REFINED BY THE FULL-RELAXATION MATRIX BACK-CALCULATION METHOD. 15 ...Text: THE STRUCTURE WAS DETERMINED USING PROTON NMR FOLLOWED BY DISTANCE RESTRAINED MOLECULAR DYNAMICS SIMULATIONS, AND FURTHER REFINED BY THE FULL-RELAXATION MATRIX BACK-CALCULATION METHOD. 15 STRUCTURES EACH WERE DETERMINED FROM A- AND B-FORM DNA STARTING STRUCTURES. FIVE DIFFERENT STARTING TEMPERATURES AND THREE DIFFERENT LENGTHS OF TIME SPENT AT THE HIGH-TEMPERATURE STEP MAKE UP THE 15 STRUCTURES. 29 OF THE 30 TOTAL STRUCTURES CONVERGED TO AN RMSD OF .52A OR LESS. THE AVERAGE OF THESE 29 STRUCTURES WAS CALCULATED AND UTILIZED IN THE FULL RELAXATION MATRIX BACK CALCULATIONS. THE MINIMIZED AVERAGE STRUCTURE FROM THIS LAST STEP IS THE FORM THAT IS DEPOSITED HERE.

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
12mM DNA, 25mM PHOSPHATE Buffer, 50mM NaCl, 0.5mM EDTA100% D2O
22mM DNA, 25mM PHOSPHATE Buffer, 50mM NaCl, 0.5mM EDTA10 % D2O, 90 % H20
試料状態
Conditions-IDイオン強度pH圧 (kPa)温度 (K)
125mM PHOSPHATE BUFFER, 50mM NaCl, 0.5mM EDTA 6.78AMBIENT 298 K
225mM PHOSPHATE BUFFER, 50mM NaCl, 0.5mM EDTA 6.78AMBIENT 276 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA6001
Varian INOVAVarianINOVA5002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
X-PLOR3.851BRUNGER精密化
Felix95 AND 98BIOSYM TECHNOLOGIES, INC.解析
精密化手法: RESTRAINED MOLECULAR DYNAMICS SIMULATIONS / ソフトェア番号: 1
NMRアンサンブル登録したコンフォーマーの数: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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