+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1kbl | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | PYRUVATE PHOSPHATE DIKINASE | ||||||
![]() | PYRUVATE PHOSPHATE DIKINASE | ||||||
![]() | TRANSFERASE / PHOSPHOTRANSFERASE / KINASE | ||||||
機能・相同性 | ![]() pyruvate, phosphate dikinase / pyruvate, phosphate dikinase activity / pyruvate metabolic process / kinase activity / ATP binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Herzberg, O. / Chen, C.C. / Liu, S. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Pyruvate site of pyruvate phosphate dikinase: crystal structure of the enzyme-phosphonopyruvate complex, and mutant analysis 著者: Herzberg, O. / Chen, C.C. / Liu, S. / Tempczyk, A. / Howard, A. / Wei, M. / Ye, D. / Dunaway-Mariano, D. #1: ![]() タイトル: Swiveling-Domain Mechanism for Enzymatic Phosphotransfer between Remote Reaction Sites 著者: Herzberg, O. / Chen, C.C. / Kapadia, G. / Mcguire, M. / Carroll, L.J. / Noh, S.J. / Dunaway-Mariano, D. #2: ![]() タイトル: Location of the Phosphate Binding Site within Clostridium Symbiosum Pyruvate Phosphate Dikinase 著者: Mcguire, M. / Huang, K. / Kapadia, G. / Herzberg, O. / Dunaway-Mariano, D. #3: ![]() タイトル: Identification of Domain-Domain Docking Sites within Clostridium Symbiosum Pyruvate Phosphate Dikinase by Amino Acid Replacement 著者: Wei, M. / Li, Z. / Ye, D. / Herzberg, O. / Dunaway-Mariano, D. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 203.1 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 158 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 448.9 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 465.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 42.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 65.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | ![]()
| |||||||||
2 | ![]()
| |||||||||
単位格子 |
| |||||||||
Components on special symmetry positions |
| |||||||||
詳細 | A dimer generated by a crystallographic 2-fold axis: -1.0 0.0 0.0 89.837 0.0 1.0 0.0 0.0 0.0 0.0 -1.0 0.0 |
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 96640.148 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: PPDK / プラスミド: PACYC184-D12 / 遺伝子 (発現宿主): PPDK / 発現宿主: ![]() ![]() | ||
---|---|---|---|
#2: 化合物 | ChemComp-NH4 / | ||
#3: 化合物 | ChemComp-SO4 / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.6 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
結晶化 | 温度: 303 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 50-54% saturated ammonium sulfate, 10 mg/ml protein solution in 100mM KCl and 20mM imidazole buffer (pH 6.5), 100 mM Hepes buffer (pH 7.0), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 303K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 30 ℃詳細: Herzberg, O., (1996) Proc.Natl.Acad.Sci.USA, 93, 2652. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
|
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1995年6月10日 |
放射 | モノクロメーター: toroidal mirror / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.3 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→20 Å / Num. all: 79262 / Num. obs: 79262 / % possible obs: 93.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Rmerge(I) obs: 0.051 / Rsym value: 0.051 / Net I/σ(I): 23.7 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→1.97 Å / Rmerge(I) obs: 0.405 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Num. unique all: 6736 / % possible all: 80.1 |
反射 | *PLUS |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 80.1 % / Num. unique obs: 6736 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 |
-
解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PPDK + phosphonopyruvate (PDB entry 1KC7) 解像度: 1.94→20 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2.2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 37.9 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.94→20 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Num. reflection obs: 67245 / Num. reflection Rfree: 5139 / % reflection Rfree: 6.5 % / Rfactor Rwork: 0.194 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 37.9 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
|