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- PDB-1ka4: Structure of Pyrococcus furiosus carboxypeptidase Nat-Pb -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ka4
タイトルStructure of Pyrococcus furiosus carboxypeptidase Nat-Pb
要素M32 carboxypeptidase
キーワードcarboxypeptidase / HEXXH motif / M32 family / metallopeptidase
機能・相同性
機能・相同性情報


carboxypeptidase Taq / cobalt ion binding / metallocarboxypeptidase activity / proteolysis
類似検索 - 分子機能
Peptidase M32, carboxypeptidase Taq / Carboxypeptidase Taq (M32) metallopeptidase / Peptidase family M32 domain profile. / Neurolysin; domain 3 - #30 / Neurolysin; domain 3 / Neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding region signature. / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
LEAD (II) ION / Thermostable carboxypeptidase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Pyrococcus furiosus (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Arndt, J.W. / Hao, B. / Ramakrishnan, V. / Cheng, T. / Chan, S.I. / Chan, M.K.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2002
タイトル: Crystal Structure of a Novel Carboxypeptidase from the Hyperthermophilic Archaeon Pyrococcus furiosus
著者: Arndt, J.W. / Hao, B. / Ramakrishnan, V. / Cheng, T. / Chan, S.I. / Chan, M.K.
履歴
登録2001年10月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年11月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 999SEQUENCE An appropriate sequence database reference was not available at the time of processing.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: M32 carboxypeptidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,3352
ポリマ－59,1281
非ポリマー2071
水1,49583
1
A: M32 carboxypeptidase
ヘテロ分子

A: M32 carboxypeptidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)118,6704
ポリマ－118,2552
非ポリマー4142
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_558-x,y,-z+31
単位格子
Length a, b, c (Å)132.300, 67.582, 67.185
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 95.20, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 M32 carboxypeptidase


分子量: 59127.664 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pyrococcus furiosus (古細菌) / 参照: UniProt: Q8U3L0
#2: 化合物 ChemComp-PB / LEAD (II) ION


分子量: 207.200 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Pb
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 83 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.35 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: PEG 4000, TRIS, magnesium chloride, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / pH: 8
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
119 mg/mlprotein1drop
250 mMTris1droppH8.0
310 %glycerol1drop
425-30 %PEG40001reservoir
5100 mMTris1reservoirpH8.5
620-40 mM1reservoirMgCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2000年1月1日
放射モノクロメーター: KOHZU double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→20 Å / Num. all: 14993 / Num. obs: 14993 / % possible obs: 95 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / Rmerge(I) obs: 0.051 / Net I/σ(I): 22
反射 シェル解像度: 3→3.19 Å / % possible all: 89.4
反射
*PLUS
最高解像度: 3 Å / Num. measured all: 164344 / Rmerge(I) obs: 0.051
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 89.4 % / Rmerge(I) obs: 0.217

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3→19.75 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / Data cutoff high absF: 434319.68 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2764 1499 10.3 %RANDOM
Rwork0.2363 ---
all0.2363 14993 --
obs0.2363 14993 95.4 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 30.5303 Å2 / ksol: 0.335892 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 58.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-13.59 Å20 Å2-8.15 Å2
2---3.29 Å20 Å2
3----10.3 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.52 Å0.46 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.55 Å0.51 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→19.75 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4163 0 1 83 4247
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d20.2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.87
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.191.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.062
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.652
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.662.5
LS精密化 シェル解像度: 3→3.19 Å / Rfactor Rfree error: 0.029 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.391 178 10.3 %
Rwork0.354 1551 -
obs--87.2 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER_REP.TOP
X-RAY DIFFRACTION3ION.PARAMION.TOP
精密化
*PLUS
最高解像度: 3 Å / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor obs: 0.2363 / Rfactor Rfree: 0.276 / Rfactor Rwork: 0.236
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.329
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg20.2
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.87
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.391 / Rfactor Rwork: 0.354

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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