[日本語] English
万見
- PDB-1ka1: The PAPase Hal2p complexed with calcium and magnesium ions and re... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ka1
タイトルThe PAPase Hal2p complexed with calcium and magnesium ions and reaction substrate: PAP
要素Halotolerance protein HAL2
キーワードHYDROLASE / NUCLEOTIDASE / SALT TOLERANCE / INOSITOL
機能・相同性
機能・相同性情報


3'(2'),5'-bisphosphate nucleotidase / 3'(2'),5'-bisphosphate nucleotidase activity / hyperosmotic salinity response / sulfate assimilation / tRNA decay / methionine biosynthetic process / phosphatidylinositol phosphate biosynthetic process / nucleus / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
3(2),5 -bisphosphate nucleotidase HAL2 / : / Inositol monophosphatase, conserved site / Inositol monophosphatase family signature 2. / Inositol monophosphatase, metal-binding site / Inositol monophosphatase family signature 1. / Inositol monophosphatase-like / Inositol monophosphatase family / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 - #80 / Fructose-1,6-Bisphosphatase, subunit A, domain 1 ...3(2),5 -bisphosphate nucleotidase HAL2 / : / Inositol monophosphatase, conserved site / Inositol monophosphatase family signature 2. / Inositol monophosphatase, metal-binding site / Inositol monophosphatase family signature 1. / Inositol monophosphatase-like / Inositol monophosphatase family / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 - #80 / Fructose-1,6-Bisphosphatase, subunit A, domain 1 / Fructose-1,6-Bisphosphatase; Chain A, domain 1 / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-3'-5'-DIPHOSPHATE / BETA-MERCAPTOETHANOL / 3'(2'),5'-bisphosphate nucleotidase
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.3 Å
データ登録者Patel, S. / Albert, A. / Blundell, T.L.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2002
タイトル: Structural enzymology of Li(+)-sensitive/Mg(2+)-dependent phosphatases.
著者: Patel, S. / Martinez-Ripoll, M. / Blundell, T.L. / Albert, A.
履歴
登録2001年10月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年11月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Halotolerance protein HAL2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,7695
ポリマ－39,1991
非ポリマー5704
水8,035446
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)54.875, 44.968, 72.110
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 110.72, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細The biological assembly is a monomer

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Halotolerance protein HAL2 / HAL2p / 3'(2') / 5'-Bisphosphate nucleotidase / Phosphoadenylate 3'-nucleotidase / 3'- ...HAL2p / 3'(2') / 5'-Bisphosphate nucleotidase / Phosphoadenylate 3'-nucleotidase / 3'-Phosphoadenylylsulfate 3'-phosphatase


分子量: 39199.199 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: HAL2 / プラスミド: pRS-421-HAL2 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株 (発現宿主): RS1051
参照: UniProt: P32179, 3'(2'),5'-bisphosphate nucleotidase

-
非ポリマー , 5種, 450分子

#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-A3P / ADENOSINE-3'-5'-DIPHOSPHATE / アデノシン3′,5′-ビスりん酸


タイプ: RNA linking / 分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2
#5: 化合物 ChemComp-BME / BETA-MERCAPTOETHANOL / 2-メルカプトエタノ-ル


分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 446 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.06 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 30% PEG5000 MME, 0.1 M sodium acetate, 5 mM beta-mercaptoethanol, 0.1 M MES. (Crystals were soaked in mother liquor containing 0.5 M calcium chloride for 5 hours.) , pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, ...詳細: 30% PEG5000 MME, 0.1 M sodium acetate, 5 mM beta-mercaptoethanol, 0.1 M MES. (Crystals were soaked in mother liquor containing 0.5 M calcium chloride for 5 hours.) , pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
結晶化
*PLUS
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
10.1 Msodium acetate1drop
20.1 MMES1drop
35 mMbeta-mercaptoethanol1drop
430 %(w/v)PEG5000 MME1drop
50.56 mMprotein1drop
61 M1reservoiror 0.5M CaCl2MgCl2

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX9.6 / 波長: 0.87 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 1999年11月10日
放射モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.87 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.3→50.31 Å / Num. all: 73179 / Num. obs: 73179 / % possible obs: 90.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 16.4
反射 シェル解像度: 1.3→1.334 Å / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.45 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 77.1
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 77 %

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCcollection softwareデータ収集
SCALAデータスケーリング
REFMAC5精密化
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1QGX

1qgx


解像度: 1.3→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.978 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.969 / SU B: 2.072 / SU ML: 0.047
Isotropic thermal model: protein and ligands were treated anisotropically while the solvent was isotropic
交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.049 / ESU R Free: 0.05 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1693 3654 5 %RANDOM
Rwork0.13261 ---
obs0.13445 73179 90.28 %-
all-73179 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 12.132 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.04 Å20 Å20.27 Å2
2--0.22 Å20 Å2
3---0.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.3→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2719 0 33 448 3200
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0212797
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.022504
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7231.9533789
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2532.9955838
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1813353
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.12315494
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1130.2430
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.023124
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.02547
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2690.3596
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2250.32337
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.3830.56
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2670.5313
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.2960.53
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0870.57
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2590.314
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2740.353
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2540.528
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.3991.51748
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.21422807
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.39631049
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.1434.5982
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr2.63122797
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free6.22122
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded5.3622747
LS精密化 シェル解像度: 1.3→1.334 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.284 227
Rwork0.226 4201
ソフトウェア
*PLUS
名称: REFMAC / バージョン: 5 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
σ(F): 0 / % reflection Rfree: 5 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.016
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg1.7
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.008
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.284 / Rfactor Rwork: 0.226

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る