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万見
- PDB-1k9u: Crystal Structure of the Calcium-Binding Pollen Allergen Phl p 7 ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1k9u
タイトルCrystal Structure of the Calcium-Binding Pollen Allergen Phl p 7 (Polcalcin) at 1.75 Angstroem
要素Polcalcin Phl p 7
キーワードALLERGEN / pollen allergen / calcium-binding / EF-hand / cross-reactivity
機能・相同性
機能・相同性情報


calcium ion binding
類似検索 - 分子機能
EF-hand / Recoverin; domain 1 / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Phleum pratense (オオアワガエリ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Verdino, P. / Westritschnig, K. / Valenta, R. / Keller, W.
引用ジャーナル: EMBO J. / 年: 2002
タイトル: The cross-reactive calcium-binding pollen allergen, Phl p 7, reveals a novel dimer assembly
著者: Verdino, P. / Westritschnig, K. / Valenta, R. / Keller, W.
履歴
登録2001年10月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02003年4月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年3月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_struct_conn_angle / software / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 650HELIX determination method: author determined

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Polcalcin Phl p 7
B: Polcalcin Phl p 7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,8189
ポリマ－17,3692
非ポリマー4497
水2,828157
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5910 Å2
ΔGint-130 kcal/mol
Surface area7970 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)31.084, 56.205, 37.238
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.23, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Polcalcin Phl p 7 / Timothy Grass Pollen Allergen Phl p 7 / P7


分子量: 8684.694 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Phleum pratense (オオアワガエリ)
遺伝子: Phlpr / プラスミド: pET 17b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL 21 (DE 3) / 参照: UniProt: O82040
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 157 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.31 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 3.3
詳細: ammonium sulfate, PEG 4000, alanine/HCl, pH 3.3, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃ / PH range low: 3.4 / PH range high: 3.2
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
15.0 mg/mlprotein1drop
20.2 Mammonium sulfate1reservoir
324-28 %PEG40001reservoir
40.1 Malanine/HCl1reservoirpH3.2-3.4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X11 / 波長: 0.8482 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2001年6月8日
放射モノクロメーター: triangular monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8482 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→14 Å / Num. all: 13072 / Num. obs: 13072 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.7 % / Biso Wilson estimate: 26.5 Å2 / Rsym value: 0.047 / Net I/σ(I): 35.3
反射 シェル解像度: 1.75→1.78 Å / 冗長度: 3.7 % / Mean I/σ(I) obs: 7.9 / Num. unique all: 638 / Rsym value: 0.185 / % possible all: 99.8
反射
*PLUS
最低解像度: 14 Å / % possible obs: 100 % / Num. measured all: 122317 / Rmerge(I) obs: 0.047
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 100 % / Rmerge(I) obs: 0.185 / Mean I/σ(I) obs: 7.3

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解析

ソフトウェア
名称分類
MAR345データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
CNS精密化
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.75→13.92 Å / Isotropic thermal model: isotropic / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh and Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.223 664 5.1 %RANDOM
Rwork0.192 ---
all-12982 --
obs-12982 99.6 %-
原子変位パラメータBiso mean: 22.7 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.23 Å0.19 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.14 Å0.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.75→13.92 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1282 0 19 157 1458
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg0.97
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.0046
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d18.76
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.66
LS精密化 シェル解像度: 1.75→1.81 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.313 73 -
Rwork0.233 --
obs-1294 100 %
精密化
*PLUS
最低解像度: 14 Å / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rfree: 0.2252 / Rfactor Rwork: 0.1984
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg18.76
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.66

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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