+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1k9h | ||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | NMR structure of DNA TGTGAGCGCTCACA | ||||||||||||||||||
要素 | 5'-D(*キーワード | DNA / Lac operator / Double helix | 機能・相同性 | DNA / DNA (> 10) | 機能・相同性情報 手法 | 溶液NMR / molecular dynamics, matrix relaxation, simulated annealing | データ登録者 | Kaluarachchi, K. / Gorenstein, D.G. / Luxon, B.A. | 引用 | ジャーナル: J.Biomol.Struct.Dyn. / 年: 2000 | タイトル: How Do Proteins Recognize DNA? Solution Structure and Local Conformational Dynamics of Lac Operators by 2D NMR 著者: Kaluarachchi, K. / Gorenstein, D.G. / Luxon, B.A. 履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1k9h.cif.gz | 27 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb1k9h.ent.gz | 17.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1k9h.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1k9h_validation.pdf.gz | 237.1 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 1k9h_full_validation.pdf.gz | 236.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1k9h_validation.xml.gz | 2.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1k9h_validation.cif.gz | 2.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k9/1k9h ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k9/1k9h | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | |
---|---|
類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| |||||||||
NMR アンサンブル |
|
-要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 4280.792 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 詳細: This sequence has been derived from the natural Lac Operator sequence by symmetrizing the minimum required length for lac repressor binding. |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
NMR実験 |
| ||||||||||||
NMR実験の詳細 | Text: This structure was determined using standard homonuclear techniques. |
-試料調製
詳細 | 内容: 3.6 mM oligonucleotide, 55 mM potassium phosphate, 150 mM KCl, 0.1mM NaN3 溶媒系: 99.96% D2O |
---|---|
試料状態 | イオン強度: 150 mM KCl / pH: 7.4 / 圧: ambient / 温度: 298 K |
-NMR測定
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M | |||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
放射波長 | 相対比: 1 | |||||||||||||||
NMRスペクトロメーター |
|
-解析
NMR software |
| ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 手法: molecular dynamics, matrix relaxation, simulated annealing ソフトェア番号: 1 | ||||||||||||
代表構造 | 選択基準: closest to the average | ||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: back calculated data agree with experimental NOESY spectrum,structures with the lowest energy 計算したコンフォーマーの数: 2 / 登録したコンフォーマーの数: 1 |