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万見
- PDB-1k9g: Crystal Structure of the Complex of Cryptolepine-d(CCTAGG)2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1k9g
タイトルCrystal Structure of the Complex of Cryptolepine-d(CCTAGG)2
要素5'-D(*CP*CP*TP*AP*GP*G)-3'
キーワードDNA / DNA intercalator complex
機能・相同性5-METHYL-5H-INDOLO[3,2-B]QUINOLINE / DNA
機能・相同性情報
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Lisgarten, J.N. / Coll, M. / Portugal, J. / Wright, C.W. / Aymami, J.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 2002
タイトル: The antimalarial and cytotoxic drug cryptolepine intercalates into DNA at cytosine-cytosine sites.
著者: Lisgarten, J.N. / Coll, M. / Portugal, J. / Wright, C.W. / Aymami, J.
履歴
登録2001年10月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年11月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / software / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _software.classification / _software.name / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5'-D(*CP*CP*TP*AP*GP*G)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,2743
ポリマ－1,8091
非ポリマー4652
水66737
1
A: 5'-D(*CP*CP*TP*AP*GP*G)-3'
ヘテロ分子

A: 5'-D(*CP*CP*TP*AP*GP*G)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,5486
ポリマ－3,6182
非ポリマー9294
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_675-x+1,-y+2,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)29.960, 29.960, 39.650
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number172
Space group name H-MP64
詳細The double helix is generated by the operation -x,-y+2,z.

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要素

#1: DNA鎖 5'-D(*CP*CP*TP*AP*GP*G)-3'


分子量: 1809.217 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: 化合物 ChemComp-DR1 / 5-METHYL-5H-INDOLO[3,2-B]QUINOLINE / CRYPTOLEPINE / クリプトレピン


分子量: 232.280 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H12N2 / コメント: alkaloid*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 37 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.76 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: Magnesium acetate, MES, Ammonium sulfate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
結晶化
*PLUS
手法: unknown
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
15 mMmagnesium acetate11
225 mMMES11pH6.5
31.25 Mammonium sulfate11

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データ収集

回折平均測定温度: 120 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW7A / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年5月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→20 Å / Num. all: 3543 / Num. obs: 3356 / % possible obs: 87.3 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 1 / Biso Wilson estimate: 17.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.038 / Net I/σ(I): 29.1
反射 シェル解像度: 1.4→1.45 Å / Rmerge(I) obs: 0.33 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique all: 292 / % possible all: 73.2
反射
*PLUS
最低解像度: 20 Å
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 1.4 Å / % possible obs: 73.2 % / Mean I/σ(I) obs: 2.5

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解析

ソフトウェア
名称分類
AMoRE位相決定
SHELXL-97精密化
MAR345データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.4→10 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.227 167 RANDOM
Rwork0.208 --
all0.209 3356 -
obs0.209 3356 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.4→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 120 36 37 193
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.023
ソフトウェア
*PLUS
名称: SHELXL-97 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.4 Å / 最低解像度: 10 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor obs: 0.208
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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