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- PDB-1k9b: Crystal structure of the bifunctional soybean Bowman-Birk inhibit... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1k9b
タイトルCrystal structure of the bifunctional soybean Bowman-Birk inhibitor at 0.28 nm resolution. Structural peculiarities in a folded protein conformation
要素BOWMAN-BIRK TYPE PROTEINASE INHIBITOR
キーワードHYDROLASE INHIBITOR / TRIPPLE-STRANDED BETA HAIRPIN / DOUBLE-HEADED
機能・相同性
機能・相同性情報


serine-type endopeptidase inhibitor activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Cysteine Protease (Bromelain) Inhibitor, subunit H / Cysteine Protease (Bromelain) Inhibitor, subunit H / Bowman-Birk serine protease inhibitor family / Bowman-Birk serine protease inhibitors family signature. / Proteinase inhibitor I12, Bowman-Birk / Bowman-Birk type proteinase inhibitor / Bowman-Birk type proteinase inhibitor / Ribbon / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Bowman-Birk type proteinase inhibitor
類似検索 - 構成要素
生物種Glycine max (ダイズ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Voss, R.H. / Ermler, U. / Essen, L.O. / Wenzl, G. / Kim, Y.M. / Flecker, P.
引用
ジャーナル: Eur.J.Biochem. / 年: 1996
タイトル: Crystal structure of the bifunctional soybean Bowman-Birk inhibitor at 0.28-nm resolution. Structural peculiarities in a folded protein conformation.
著者: Voss, R.H. / Ermler, U. / Essen, L.O. / Wenzl, G. / Kim, Y.M. / Flecker, P.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2000
タイトル: Crystal Structure of Cancer Chemopreventive Bowman-Birk Inhibitor in Ternary Complex with Bovine Trypsin at 2.3 Ao Resolution. Structural Basis of Janus-faced Serine Protease Inhibitor Specificity
著者: Koepke, J. / Ermler, U. / Warkentin, E. / Wenzl, G. / Flecker, P.
#2: ジャーナル: Eur.J.Biochem. / 年: 1987
タイトル: Chemical synthesis, molecular cloning and expression of gene coding for a Bowman-Birk-type proteinase inhibitor
著者: Flecker, P.
#3: ジャーナル: Eur.J.Biochem. / 年: 1998
タイトル: Mutational analysis of disulfide bonds in the trypsin-reactive subdomain of a Bowman-Birk-type inhibitor of trypsin and chymotrypsin. Cooperative versus autonomous refolding of subdomains
著者: Philipp, S. / Kim, Y.M. / Duerr, I. / Wenzl, G. / Vogt, M. / Flecker, P.
#4: ジャーナル: Eur.J.Biochem. / 年: 1995
タイトル: Template-directed protein folding into a metastable state of increased activity
著者: Flecker, P.
#5: ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 1989
タイトル: A new and general procedure for refolding mutant Bowman-Birk-type proteinase inhibitors on trypsin-Sepharose as a matrix with complementary structure.
著者: Flecker, P.
履歴
登録2001年10月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年11月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12007年10月21日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月16日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / software
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _software.classification / _software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BOWMAN-BIRK TYPE PROTEINASE INHIBITOR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,4321
ポリマ－6,4321
非ポリマー00
水30617
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)86.1, 86.1, 86.1
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number213
Cell settingtetragonal
Space group name H-MP4132

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要素

#1: タンパク質 BOWMAN-BIRK TYPE PROTEINASE INHIBITOR / BBI


分子量: 6431.538 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: free form / 由来: (天然) Glycine max (ダイズ) / 参照: UniProt: P01055
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.23 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.6
詳細: PEG 4000, ammonium sulfate, pH 7.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP at 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 277 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-6A / 波長: 1.04 Å
検出器タイプ: WEISSENBERG / 検出器: DIFFRACTOMETER / 日付: 1994年4月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.04 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→60.9 Å / Num. all: 3891 / Num. obs: 26756 / % possible obs: 96.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.88 % / Rmerge(I) obs: 0.058 / Rsym value: 0.058
反射 シェル解像度: 2.8→3 Å / Rmerge(I) obs: 0.3 / % possible all: 70

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
WEISデータスケーリング
ROTAVATAデータ削減
X-PLORモデル構築
X-PLOR3.1精密化
WEISデータ削減
CCP4(AGROVATAデータスケーリング
ROTAVATAデータスケーリング
X-PLOR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1PI2

1pi2


解像度: 2.8→8 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.308 272 11.1 %random
Rwork0.221 ---
all-2722 --
obs-2450 96.3 %-
原子変位パラメータBiso mean: 28.7 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.035 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数513 0 0 17 530
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.014
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.6
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d29.7
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d2.8

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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