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- PDB-1k8p: Structure of the Human G-quadruplex reveals a novel topology -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1k8p
タイトルStructure of the Human G-quadruplex reveals a novel topology
要素5'-D(*(BRU)P*AP*GP*GP*GP*(BRU)P*TP*AP*GP*GP*GP*T)-3'
キーワードDNA / quadruplex DNA / double chain reversal loop / dimeric quadruplex / Human telomere sequence / G(anti).G(anti).G(anti).G(anti) / parallel stranded
機能・相同性: / DNA / DNA (> 10)
機能・相同性情報
手法X線回折 / 多波長異常分散 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Parkinson, G.N. / Lee, M.P.H. / Neidle, S.
引用
ジャーナル: Nature / 年: 2002
タイトル: Crystal structure of parallel quadruplexes from human telomeric DNA.
著者: Parkinson, G.N. / Lee, M.P. / Neidle, S.
#1: ジャーナル: PATENT / 年: 2002
タイトル: Crystal Structure of G-quadruplex
著者: Parkinson, G.N. / Lee, M.P.H. / Neidle, S.
履歴
登録2001年10月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年5月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年7月24日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues ...pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / software / struct_conn
Item: _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.42021年2月3日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / pdbx_struct_conn_angle ...citation / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_site
Item: _citation.country / _citation.pdbx_database_id_patent ..._citation.country / _citation.pdbx_database_id_patent / _citation.title / _citation.year / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年2月7日Group: Advisory / Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5'-D(*(BRU)P*AP*GP*GP*GP*(BRU)P*TP*AP*GP*GP*GP*T)-3'
B: 5'-D(*(BRU)P*AP*GP*GP*GP*(BRU)P*TP*AP*GP*GP*GP*T)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,9085
ポリマ－7,8062
非ポリマー1013
水90150
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)56.607, 56.607, 40.546
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: DNA鎖 5'-D(*(BRU)P*AP*GP*GP*GP*(BRU)P*TP*AP*GP*GP*GP*T)-3'


分子量: 3903.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: This sequence occurs naturally in humans
#2: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION


分子量: 39.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 50 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.77 %
結晶化温度: 286 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: MPD, KCl, LiCl, MgCl2, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 286K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1MPD11
2KCl11
3LiCl11
4MgCl211
5MPD12
結晶化
*PLUS
温度: 285 K / pH: 6.5
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式詳細
150 %ammonium sulfate gradient1reservoir
2500 mMammonium sulfate1drop
350 mM1dropNaCl
450 mM1dropKCl
550 mM1dropLi2SO4
60.5 mMDNA1drop
750 mMpotassium cacodylate1droppH6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 103 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2001年5月1日 / 詳細: Osmic mirror
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→26 Å / Num. all: 3130 / Num. obs: 2870 / % possible obs: 90.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 10 % / Rmerge(I) obs: 0.068 / Net I/σ(I): 15
反射 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / 冗長度: 10 % / Rmerge(I) obs: 0.28 / Mean I/σ(I) obs: 9.6 / Num. unique all: 294 / % possible all: 99.7
反射
*PLUS
最高解像度: 2.4 Å / Num. obs: 3130 / % possible obs: 99.2 % / Num. measured all: 64877

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解析

ソフトウェア
名称分類
SHELXL-97精密化
CNS精密化
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.4→10 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Parkinson et al.
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.28 286 Random
Rwork0.189 --
all0.197 3029 -
obs0.193 2572 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 498 7 50 555
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.016
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0.004
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.012
ソフトウェア
*PLUS
名称: SHELXL / バージョン: 97 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最低解像度: 10 Å / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor obs: 0.186 / Rfactor Rfree: 0.261 / Rfactor Rwork: 0.186
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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