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- PDB-1k8i: CRYSTAL STRUCTURE OF MOUSE H2-DM -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1k8i
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF MOUSE H2-DM
要素
  • MHC class II H2-M alpha chain
  • MHC class II H2-M beta 2 chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / MHC
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of humoral immune response / positive regulation of germinal center formation / MHC class II antigen presentation / positive thymic T cell selection / positive regulation of T cell differentiation / antigen processing and presentation / inner ear development / immunoglobulin mediated immune response / : / multivesicular body ...positive regulation of humoral immune response / positive regulation of germinal center formation / MHC class II antigen presentation / positive thymic T cell selection / positive regulation of T cell differentiation / antigen processing and presentation / inner ear development / immunoglobulin mediated immune response / : / multivesicular body / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / MHC class II protein complex / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / positive regulation of immune response / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / late endosome / protein transport / protein-containing complex assembly / adaptive immune response / lysosome / endosome membrane / lysosomal membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1 / Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1 / MHC class II, beta chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, beta domain / Class II histocompatibility antigen, beta domain / MHC class II, alpha chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / MHC class II, alpha/beta chain, N-terminal / MHC classes I/II-like antigen recognition protein ...Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1 / Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1 / MHC class II, beta chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, beta domain / Class II histocompatibility antigen, beta domain / MHC class II, alpha chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / MHC class II, alpha/beta chain, N-terminal / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Roll / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Class II histocompatibility antigen, M alpha chain / H2-M beta 2
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / molecular replacement,MIR / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Fremont, D.H. / Crawford, F. / Marrack, P. / Hendrickson, W. / Kappler, J.
引用ジャーナル: Immunity / 年: 1998
タイトル: Crystal structure of mouse H2-M.
著者: Fremont, D.H. / Crawford, F. / Marrack, P. / Hendrickson, W.A. / Kappler, J.
履歴
登録2001年10月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年12月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42024年11月13日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MHC class II H2-M alpha chain
B: MHC class II H2-M beta 2 chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,2394
ポリマ－42,7972
非ポリマー4422
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5700 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area18140 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)142.700, 142.700, 76.900
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number79
Space group name H-MI4

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要素

#1: タンパク質 MHC class II H2-M alpha chain


分子量: 21466.945 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: H2-DM / 細胞株 (発現宿主): high-five / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P28078
#2: タンパク質 MHC class II H2-M beta 2 chain


分子量: 21329.883 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: H2-DM / 細胞株 (発現宿主): high-five / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q31099
#3: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 4

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 73.09 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.1 M lithium sulfate, 0.1M MES, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃ / 詳細: used microseeding
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
1400 mMammonium sulfate1reservoir
20.1 MMES1reservoirpH6.5
35-7 mg/mlprotein1drop
450 mM1dropLi2SO4
550 mMMES1droppH5.5

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年4月1日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Yale mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→20 Å / Num. all: 13888 / Num. obs: 13711 / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.56 % / Biso Wilson estimate: 74.5 Å2 / Rsym value: 0.091 / Net I/σ(I): 16.2
反射 シェル解像度: 3.1→3.2 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.71 / Num. unique all: 1303 / Rsym value: 0.482 / % possible all: 95.2
反射
*PLUS
最低解像度: 20 Å / Num. obs: 13888 / Num. measured all: 63314 / Rmerge(I) obs: 0.091
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 95.2 % / Rmerge(I) obs: 0.482

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
X-PLORモデル構築
X-PLOR3.851精密化
X-PLOR位相決定
精密化構造決定の手法: molecular replacement,MIR / 解像度: 3.1→12 Å / Rfactor Rfree error: 0.01 / Data cutoff high absF: 100000 / Data cutoff low absF: 0.01 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.256 690 5 %RANDOM
Rwork0.205 ---
obs0.205 13711 98.5 %-
all-13888 --
原子変位パラメータBiso mean: 64.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.46 Å20 Å20 Å2
2---1.46 Å20 Å2
3---2.92 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.45 Å0.37 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.79 Å0.67 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1→12 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2934 0 28 0 2962
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.9
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d25.7
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.26
LS精密化 シェル解像度: 3.1→3.21 Å / Rfactor Rfree error: 0.038 / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.345 78 6 %
Rwork0.334 1225 -
obs--95.6 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARHCSDX.PROTOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2PARAM3_MOD.CHOTOPH3.CHO
X-RAY DIFFRACTION3PARAMCSDX.MISC
精密化
*PLUS
最高解像度: 3.1 Å / 最低解像度: 12 Å / % reflection Rfree: 5 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg25.7
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.26
LS精密化 シェル
*PLUS
最高解像度: 3.1 Å / 最低解像度: 3.2 Å / Rfactor Rfree: 0.334 / Rfactor Rwork: 0.345 / Num. reflection obs: 1303 / Rfactor obs: 0.345

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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