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- PDB-1k7u: Crystal Structure Analysis of crosslinked-WGA3/GlcNAcbeta1,4GlcNA... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1k7u
タイトルCrystal Structure Analysis of crosslinked-WGA3/GlcNAcbeta1,4GlcNAc complex
要素agglutinin isolectin 3
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / Hevein-type fold
機能・相同性
機能・相同性情報


chitin binding / carbohydrate binding
類似検索 - 分子機能
Endochitinase-like / Chitin-binding, type 1, conserved site / Chitin recognition protein / Chitin recognition or binding domain signature. / Chitin-binding type-1 domain profile. / Chitin binding domain / Chitin-binding, type 1 / Endochitinase-like superfamily / Wheat Germ Agglutinin (Isolectin 2); domain 1 / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Agglutinin isolectin 3
類似検索 - 構成要素
生物種Triticum aestivum (コムギ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Muraki, M. / Ishimura, M. / Harata, K.
引用
ジャーナル: Biochim.Biophys.Acta / 年: 2002
タイトル: Interactions of wheat-germ agglutinin with GlcNAc beta 1,6Gal sequence
著者: Muraki, M. / Ishimura, M. / Harata, K.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1995
タイトル: X-ray structure of wheat germ agglutinin isolectin 3
著者: Harata, K. / Nagahora, H. / Jigami, Y.
#2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2000
タイトル: Crystal structures of Urtica dioica agglutinin and its complex with tri-N-acetylchitotriose
著者: Harata, K. / Muraki, M.
#3: ジャーナル: Protein Eng. / 年: 2000
タイトル: Chemically prepared hevein domains: effect of C-terminal truncation and the mutagenesis of aromatic residues on the affinity for chitin
著者: Muraki, M. / Morii, H. / Harata, K.
履歴
登録2001年10月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02002年4月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 2.02019年12月25日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Polymer sequence / Refinement description
カテゴリ: entity_poly / pdbx_struct_mod_residue ...entity_poly / pdbx_struct_mod_residue / software / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_struct_mod_residue.parent_comp_id / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 3.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 3.12024年4月3日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 3.22024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: agglutinin isolectin 3
B: agglutinin isolectin 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,3554
ポリマ－37,5062
非ポリマー8492
水1,60389
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4880 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area15810 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)44.72, 91.55, 44.76
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 110.13, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 agglutinin isolectin 3 / WGA3


分子量: 18752.932 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ) / 参照: UniProt: P10969
#2: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}LINUCSPDB-CARE
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 89 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.36 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.9
詳細: sodium acetate, Calcium Chloride, Ethanol, pH 4.9, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298.0K
結晶化
*PLUS
手法: unknown
詳細: Harata, K., (1995) Acta Crystallogr., Sect.D, 51, 1013.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
12.5 mgWGA311
210 mMacetate12pH4.9
36 mM12CaCl2
44 %(v/v)ethanol12

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データ収集

放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: ENRAF-NONIUS FR571 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: ENRAF-NONIUS FAST / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 2000年12月30日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→31 Å / Num. obs: 34763 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.19 % / Rmerge(I) obs: 0.101
反射 シェル解像度: 2.2→2.24 Å / Rmerge(I) obs: 0.217
反射
*PLUS
最高解像度: 2.2 Å / Num. obs: 15896 / % possible obs: 92.2 % / Num. measured all: 34763

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MADNESSデータ収集
X-PLORモデル構築
X-PLOR3.1精密化
MADNESSデータ削減
X-PLOR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Native WGA3

解像度: 2.2→8 Å / σ(F): 2 / 詳細: Average B-value are for protein atoms
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.306 1365 10 %random
Rwork0.242 ---
obs-13652 --
原子変位パラメータBiso mean: 24.78 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.25 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2346 0 58 89 2493
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.014
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.91
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d24
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.74
精密化
*PLUS
σ(F): 2 / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor obs: 0.242
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg24
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.74

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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