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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1k7j | ||||||
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タイトル | Structural Genomics, protein TF1 | ||||||
要素 | Protein yciO | ||||||
キーワード | STRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / yciO / putative translation factor / PSI / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.4 Å | ||||||
データ登録者 | Zhang, R. / Dementieva, I. / Thorn, J. / Donnelly, M. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Structural Genomics, protein TF1 著者: Zhang, R. / Dementieva, I. / Thorn, J. / Donnelly, M. / Joachimiak, A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1k7j.cif.gz | 54.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1k7j.ent.gz | 42.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1k7j.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1k7j_validation.pdf.gz | 375.8 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1k7j_full_validation.pdf.gz | 377.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1k7j_validation.xml.gz | 5.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1k7j_validation.cif.gz | 9.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k7/1k7j ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k7/1k7j | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 23568.027 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MC1061 / 遺伝子: yciO / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: P45847, UniProt: P0AFR4*PLUS |
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#2: 化合物 | ChemComp-SO4 / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.07 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 詳細: 30% Ammonium sulfate, 0.1M Na citrate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9795, 0.9798, 0.94656 | ||||||||||||
検出器 | タイプ: SBC-2 / 検出器: CCD / 日付: 2001年8月22日 / 詳細: mirrors | ||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 1.4→50 Å / Num. all: 49767 / Num. obs: 49419 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 4 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 12.57 % / Biso Wilson estimate: 11.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.084 / Net I/σ(I): 27.03 | ||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 1.4→1.45 Å / 冗長度: 4.28 % / Rmerge(I) obs: 0.293 / Mean I/σ(I) obs: 2.63 / Num. unique all: 4679 / % possible all: 95.2 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.4→45.84 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Data cutoff high absF: 409500.45 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 詳細: Used mlhl:maximum likelihood target using amplitudes in CNS
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 45.435 Å2 / ksol: 0.394199 e/Å3 | ||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 15.2 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.4→45.84 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.4→1.49 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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