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- PDB-1k7h: CRYSTAL STRUCTURE OF SHRIMP ALKALINE PHOSPHATASE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1k7h
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF SHRIMP ALKALINE PHOSPHATASE
要素ALKALINE PHOSPHATASE
キーワードHYDROLASE / TRANSFERASE / PHOSPHOMONOESTER / EXTENDED BETA SHEET / ZINC TRIAD / METAL TRIAD
機能・相同性
機能・相同性情報


alkaline phosphatase / alkaline phosphatase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Alkaline phosphatase, active site / Alkaline phosphatase active site. / Alkaline phosphatase / Alkaline phosphatase / Alkaline phosphatase homologues / Alkaline Phosphatase, subunit A / Alkaline Phosphatase, subunit A / Alkaline-phosphatase-like, core domain superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
MALEIC ACID / Alkaline phosphatase
類似検索 - 構成要素
生物種Pandalus borealis (ほっこくあかえび)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.92 Å
データ登録者De Backer, M.E. / Mc Sweeney, S. / Rasmussen, H.B. / Riise, B.W. / Lindley, P. / Hough, E.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2002
タイトル: The 1.9 A Crystal Structure of Heat-Labile Shrimp Alkaline Phosphatase
著者: De Backer, M.E. / Mc Sweeney, S. / Rasmussen, H.B. / Riise, B.W. / Lindley, P. / Hough, E.
#1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2001
タイトル: Crystal Structure of Alkaline Phosphatase from Huma at 1.8 A Resolution. Implication for a Substrate Specificity
著者: Le Du, M.H. / Stigbrand, T. / Taussig, M.J. / Menez, A. / Stura, E.A.
#2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1991
タイトル: Reaction Mechanism of Alkaline Phosphatase Based on Crystal Structures. Two-Metal Ion Catalysis
著者: Kim, E.E. / Wyckoff, H.W.
履歴
登録2001年10月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年7月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42024年11月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ncs_dom_lim
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ALKALINE PHOSPHATASE
B: ALKALINE PHOSPHATASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)107,82419
ポリマ－106,0652
非ポリマー1,75917
水9,872548
1
B: ALKALINE PHOSPHATASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,8549
ポリマ－53,0321
非ポリマー8228
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: ALKALINE PHOSPHATASE
ヘテロ分子

B: ALKALINE PHOSPHATASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)107,82419
ポリマ－106,0652
非ポリマー1,75917
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555-x+1/2,y+1/2,-z+3/41
Buried area10880 Å2
ΔGint-198 kcal/mol
Surface area31520 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)171.169, 171.169, 84.332
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 4分子 AB

#1: タンパク質 ALKALINE PHOSPHATASE


分子量: 53032.336 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Pandalus borealis (ほっこくあかえび)
参照: UniProt: Q9BHT8, alkaline phosphatase
#2: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 4種, 563分子

#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-MAE / MALEIC ACID / マレイン酸


分子量: 116.072 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H4O4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 548 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 47 %
結晶化pH: 5.6 / 詳細: pH 5.60
結晶化
*PLUS
pH: 5.6 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
111 mg/mlprotein1drop
20.1 mMZn2+1drop
31.0 mMMg2+1drop
442.5 %(w/v)ammonium sulfate1reservoir
510 %(v/v)glycerol1reservoir
6100 mMTris-maleate1reservoirpH5.6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.9310,1.2820,1.2825,0.933
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4r / 検出器: CCD / 日付: 2000年6月1日 / 詳細: TOROIDAL MIRROR
放射モノクロメーター: DIAMOND(111) DIAMOND(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.9311
21.2821
31.28251
40.9331
反射解像度: 1.85→99 Å / Num. obs: 95547 / % possible obs: 96.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.6 % / Biso Wilson estimate: 24.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.076 / Rsym value: 0.176 / Net I/σ(I): 11.8
反射 シェル解像度: 1.92→1.99 Å / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.465 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Rsym value: 0.597 / % possible all: 99.2
反射
*PLUS
Num. obs: 103370 / 冗長度: 2.6 % / Num. measured all: 1131014
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 99.2 % / Mean I/σ(I) obs: 2.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLOMON位相決定
REFMAC5精密化
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.92→119.5 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.942 / SU B: 4.79 / SU ML: 0.14 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.149 / ESU R Free: 0.136 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.227 4581 4.9 %RANDOM
Rwork0.198 ---
obs0.2 88009 96.9 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 25.99 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.52 Å20 Å20 Å2
2---1.52 Å20 Å2
3---3.04 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.92→119.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7464 0 88 548 8100
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0240.0217701
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0080.026636
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9071.94510456
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.451315424
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.6253950
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.109151295
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1120.21144
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.028726
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0080.021576
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2380.31827
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2190.37052
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.1160.52
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1530.5609
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.1110.58
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.130.519
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1920.344
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.1730.3152
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1960.532
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other0.0880.51
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8851.54710
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.52827562
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.62632991
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.0944.52894
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free8.74326
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.92→1.97 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.317 327
Rwork0.272 6631
精密化
*PLUS
% reflection Rfree: 4.9 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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