PDB-1k4x: POTASSIUM FORM OF OXY-1.5 QUADRUPLEX DNA

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1k4x

タイトル

POTASSIUM FORM OF OXY-1.5 QUADRUPLEX DNA

要素

DNA (5'-D(*GP*GP*GP*GP*TP*TP*TP*TP*GP*GP*GP*G)-3')

キーワード

DNA / DEOXYRIBONUCLEIC ACID / QUADRUPLEX / POTASSIUM ION

機能・相同性

DNA / DNA (> 10)

機能・相同性情報

手法

溶液NMR / DISTANCE GEOMETRY, SIMULATED ANNEALING

データ登録者

Schultze, P. / Hud, N.V. / Smith, F.W. / Feigon, J.

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 1999
タイトル: The effect of sodium, potassium and ammonium ions on the conformation of the dimeric quadruplex formed by the Oxytricha nova telomere repeat oligonucleotide d(G(4)T(4)G(4)).
著者: Schultze, P. / Hud, N.V. / Smith, F.W. / Feigon, J.

履歴

登録	1999年6月8日	登録サイト: BNL / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	1999年6月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月26日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2022年2月23日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.4	2023年12月27日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1k4x.cif.gz	132.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1k4x.ent.gz	101.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1k4x.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k4/1k4x ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k4/1k4x	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	1t9o-3 1zrp-d 1fhh-d 1r0f-d 1r0g-d 1rdg-d 1rdv-d 1t9o-1 1irn-d 2rdv-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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「今月の分子」の関連する項目

#255 - 2021年3月
シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA)
類似性 (2)
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TATA結合タンパク質 (TATA-Binding Protein)
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インテグラーゼ (Integrase)
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スライディングクランプ (Sliding Clamps)
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TALエフェクター (TAL Effectors)
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テロメラーゼ (Telomerase)
類似性 (1)
#23 - 2001年11月
DNA (DNA)
類似性 (2)
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異化活性化タンパク質 (Catabolite Activator Protein)
類似性 (1)
#84 - 2006年12月
トランスポザーゼ (Transposase)
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#139 - 2011年7月
DNAメチルトランスフェラーゼ (DNA Methyltransferase)
類似性 (1)
#155 - 2012年11月
ビタミンD受容体 (Vitamin D Receptor)
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DNAポリメラーゼ (DNA Polymerase)
類似性 (1)
#40 - 2003年4月
RNAポリメラーゼ (RNA Polymerase)
類似性 (1)
#73 - 2006年1月
トポイソメラーゼ (Topoisomerase)
類似性 (1)
#87 - 2007年3月
ジンクフィンガー (Zinc Fingers)
類似性 (1)
#119 - 2009年11月
人工設計DNA結晶 (Designed DNA Crystal)
類似性 (1)
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#131 - 2010年11月
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アクチノマイシン (Actinomycin)
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エストロゲン受容体 (Estrogen Receptor)
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ヌクレオソーム (Nucleosome)
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20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
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登録構造単位

A: DNA (5'-D(*GP*GP*GP*GP*TP*TP*TP*TP*GP*GP*GP*G)-3')

B: DNA (5'-D(*GP*GP*GP*GP*TP*TP*TP*TP*GP*GP*GP*G)-3')

7.61 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	8 / 20	LEAST OVERALL ENERGY
代表モデル	モデル #1

#1: DNA鎖	DNA (5'-D(GPGPGPGPTPTPTPTPGPGPGPG)-3') 分子量: 3805.460 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: SEQUENCE FROM OXYTRICHA NOVA

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実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	NOESY
1	2	1	P.COSY

-
試料調製

詳細	内容: 90% H2O/10% D2O
試料状態	pH: 6 / 圧: 1 atm / 温度: 278 K
結晶化	*PLUS 手法: other / 詳細: NMR

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker DMX / 製造業者: Bruker / モデル: DMX / 磁場強度: 500 MHz

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
X-PLOR	3.1	BRUNGER	精密化
AURELIA			構造決定
X-PLOR	3.1		構造決定

精密化

手法: DISTANCE GEOMETRY, SIMULATED ANNEALING / ソフトェア番号: 1 / 詳細: DETAILS GIVEN IN PUBLICATION

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: LEAST OVERALL ENERGY / 計算したコンフォーマーの数: 20 / 登録したコンフォーマーの数: 8

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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