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- PDB-1k4j: Crystal Structure of the Acyl-homoserinelactone Synthase EsaI Com... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1k4j
タイトルCrystal Structure of the Acyl-homoserinelactone Synthase EsaI Complexed with Rhenate
要素acyl-homoserinelactone synthase EsaI
キーワードLIGASE / acyl-homoserinelactone synthase / mixed alpha beta / enzyme / GNAT similarity / quorum sensing / autoinducer synthase
機能・相同性
機能・相同性情報


acyl-homoserine-lactone synthase / N-acyl homoserine lactone synthase activity / quorum sensing / signal transduction
類似検索 - 分子機能
Autoinducer synthesis, conserved site / Autoinducer synthase family signature. / Autoinducer synthase / Autoinducer synthase / Autoinducer synthase family profile. / Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) / Acyl-CoA N-acyltransferase / Aminopeptidase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PERRHENATE / Acyl-homoserine-lactone synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Pantoea stewartii subsp. stewartii (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Watson, W.T. / Minogue, T.D. / Val, D.L. / Beck von Bodman, S. / Churchill, M.E.A.
引用
ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2002
タイトル: Structural basis and specificity of acyl-homoserine lactone signal production in bacterial quorum sensing.
著者: Watson, W.T. / Minogue, T.D. / Val, D.L. / von Bodman, S.B. / Churchill, M.E.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2001
タイトル: Crystallization and Rhenium MAD Phasing of the Acyl-homoserinelactone Synthase EsaI
著者: Watson, W.T. / Murphy, F.V. / Gould, T.A. / Jambeck, P. / Val, D.L. / Cronan, J.E. / Beck von Bodman, S. / Churchill, M.E.A.
履歴
登録2001年10月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年4月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: acyl-homoserinelactone synthase EsaI
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,7928
ポリマ－26,0411
非ポリマー1,7517
水37821
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)66.390, 66.390, 47.325
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number78
Space group name H-MP43

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要素

#1: タンパク質 acyl-homoserinelactone synthase EsaI


分子量: 26040.727 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pantoea stewartii subsp. stewartii (バクテリア)
生物種: Pantoea stewartii / 株: subsp. stewartii / 遺伝子: esaI/esaR cluster / プラスミド: pET14b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P54656
#2: 化合物
ChemComp-REO / PERRHENATE / メタ過レニウム酸アニオン


分子量: 250.205 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: O4Re
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.55 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.1
詳細: PEG 4000, 2-propanol, MES, EDTA, beta-mercaptoethanol, NaN3, pH 6.1, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
16 mg/mlprotein1drop
20.1 MMES1reservoirpH6.1
314 %PEG40001reservoir
46 %isopropanol1reservoir
50.03 %beta-mercaptoethanol1reservoir
610 mMEDTA1reservoir
70.5 %1reservoirNaN3

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データ収集

回折平均測定温度: 113 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X12C / 波長: 1.14, 1.1724, 1.1719, 1.19
検出器タイプ: BRANDEIS - B4 / 検出器: CCD / 日付: 1999年11月13日 / 詳細: monochromator
放射モノクロメーター: parallel silicon crystal pair / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.141
21.17241
31.17191
41.191
反射解像度: 2.5→30 Å / Num. all: 7168 / Num. obs: 7101 / % possible obs: 97 % / Observed criterion σ(F): 4 / Observed criterion σ(I): 7.3 / 冗長度: 4.5 % / Biso Wilson estimate: 54.4 Å2 / Rsym value: 0.042 / Net I/σ(I): 20.9
反射 シェル解像度: 2.5→2.6 Å / 冗長度: 2.4 % / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / Num. unique all: 1373 / Rsym value: 0.175 / % possible all: 98.1
反射
*PLUS
最低解像度: 30 Å / Num. obs: 7283 / Num. measured all: 32922 / Rmerge(I) obs: 0.042
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 98.1 % / Rmerge(I) obs: 0.175 / Mean I/σ(I) obs: 4.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SOLVE位相決定
RESOLVEモデル構築
CNS精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CCP4(TRUNCATE)データスケーリング
RESOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散
開始モデル: none

解像度: 2.5→30 Å / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.275 777 11 %RANDOM
Rwork0.216 ---
all0.222 7263 --
obs0.22 7101 97 %-
原子変位パラメータBiso mean: 50.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.9 Å20 Å20 Å2
2---0.9 Å20 Å2
3---1.81 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.44 Å0.3 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.37 Å0.22 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1515 0 35 21 1571
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.98
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.8
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.83
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / Rfactor Rfree error: 0.038
Rfactor反射数%反射
Rfree0.291 68 -
Rwork0.253 --
obs-719 98.7 %
精密化
*PLUS
% reflection Rfree: 11 % / Rfactor all: 0.222 / Rfactor obs: 0.216 / Rfactor Rfree: 0.275 / Rfactor Rwork: 0.216
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg23.8
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.83
LS精密化 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.5 Å / Rfactor Rfree: 0.291 / Rfactor Rwork: 0.253

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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