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- PDB-1k43: 10 Structure Ensemble of the 14-residue peptide RG-KWTY-NG-ITYE-G... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1k43
タイトル10 Structure Ensemble of the 14-residue peptide RG-KWTY-NG-ITYE-GR (MBH12)
要素MBH12
キーワードDE NOVO PROTEIN / beta-hairpin
手法溶液NMR / simulated annealing, torsion angle dynamics (DYANA)
データ登録者Pastor, M.T. / Lopez de la Paz, M. / Lacroix, E. / Serrano, L. / Perez-Paya, E.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2002
タイトル: Combinatorial approaches: a new tool to search for highly structured beta-hairpin peptides.
著者: Pastor, M.T. / Lopez de la Paz, M. / Lacroix, E. / Serrano, L. / Perez-Paya, E.
履歴
登録2001年10月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年10月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月23日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MBH12


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,7041
ポリマ－1,7041
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 50structures with the lowest energy
代表モデルモデル #6lower rmsd with respect to mean

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要素

#1: タンパク質・ペプチド MBH12


分子量: 1703.877 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: The peptide was chemically synthesized using Fmoc chemistry.

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D ROESY
1222D NOESY
1332D NOESY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11 mM Peptide MBH1290% H2O/10% D2O
21 mM Peptide MBH12100% D2O
31 mM Peptide MBH1240% CD3OD, 60% H2O
試料状態イオン強度: 0 / pH: 5 / 圧: ambient / 温度: 283 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメータータイプ: Bruker DRX / 製造業者: Bruker / モデル: DRX / 磁場強度: 500 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
XwinNMR2.6Brukercollection
XwinNMR2.6Brukerデータ解析
DYANA1.5Guntert, P. et al.構造決定
GROMOS96van Gunsteren精密化
精密化手法: simulated annealing, torsion angle dynamics (DYANA) / ソフトェア番号: 1
詳細: The structures are based on a total of 70 restraints, 60 are NOE-derived distance constraints and 10 dihedral angle restraints. The pairwise RMSD for residues 3-12 was 0.38 +/- 0.21 A for the ...詳細: The structures are based on a total of 70 restraints, 60 are NOE-derived distance constraints and 10 dihedral angle restraints. The pairwise RMSD for residues 3-12 was 0.38 +/- 0.21 A for the backbone and 1.36 +/- 0.35 A for all heavy atoms. The estimated beta-hairpin population of this peptide is 66 +/- 4%. The first and last two residues (RG) are disordered, because they were added just to avoid aggregation. The side chains of Trp4, Tyr6, Ile9 and Tyr11 are interacting in one side of the beta hairpin, forming a hydrophobic cluster. Asn7 at position L1 of the beta-turn is directed outwards from the beta-hairpin, as expected for a type I' beta-turn.
代表構造選択基準: lower rmsd with respect to mean
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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