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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1k2z | ||||||||||||||||||
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タイトル | The Crystal Structure of d(GGCCAATTGG) Complexed with Distamycin. | ||||||||||||||||||
要素 | 5'-D(*キーワード | DNA / B-DNA double helix / base triplets / minor groove binding / drug / distamycin | 機能・相同性 | DISTAMYCIN A / DNA | 機能・相同性情報 手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.38 Å | データ登録者 | Uytterhoeven, K. / Van Meervelt, L. | 引用 | ジャーナル: Eur.J.Biochem. / 年: 2002 | タイトル: Two 1 : 1 binding modes for distamycin in the minor groove of d(GGCCAATTGG). 著者: Uytterhoeven, K. / Sponer, J. / Van Meervelt, L. 履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1k2z.cif.gz | 23.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1k2z.ent.gz | 14.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1k2z.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1k2z_validation.pdf.gz | 574 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1k2z_full_validation.pdf.gz | 582.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1k2z_validation.xml.gz | 4.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1k2z_validation.cif.gz | 5.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k2/1k2z ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k2/1k2z | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 1jtlC C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | |
その他のデータベース |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 3085.029 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 詳細: This sequence is synthesized by Oswell DNA Service (Southampton, UK). #2: 化合物 | ChemComp-DMY / | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.31 % | ||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 詳細: MPD, magnesium chloride, cacodylate, spermine, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K | ||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X11 / 波長: 0.9116 Å |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年4月9日 |
放射 | モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9116 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.38→50 Å / Num. all: 2538 / Num. obs: 2351 / % possible obs: 92.7 % / Observed criterion σ(F): 2.5 / Observed criterion σ(I): 5 / 冗長度: 5.5 % / Biso Wilson estimate: 80.64 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.041 / Net I/σ(I): 22.6 |
反射 シェル | 解像度: 2.38→2.42 Å / 冗長度: 3.8 % / Mean I/σ(I) obs: 5.8 / Num. unique all: 113 / Rsym value: 0.251 / % possible all: 93.4 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: NDB entry DD0002 解像度: 2.38→100 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: user defined
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原子変位パラメータ | Biso mean: 72.9 Å2 | ||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.38→100 Å
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拘束条件 |
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