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- PDB-1k27: Crystal Structure of 5'-Deoxy-5'-Methylthioadenosine Phosphorylas... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1k27
タイトルCrystal Structure of 5'-Deoxy-5'-Methylthioadenosine Phosphorylase in Complex with a Transition State Analogue
要素5'-Deoxy-5'-Methylthioadenosine Phosphorylase
キーワードTRANSFERASE / MTAP / methylthioadenosine phosphorylase / transition state analogue / phosphate
機能・相同性
機能・相同性情報


Methionine salvage pathway / S-methyl-5'-thioadenosine phosphorylase / 1,4-alpha-oligoglucan phosphorylase activity / S-methyl-5-thioadenosine phosphorylase activity / L-methionine salvage from methylthioadenosine / purine ribonucleoside salvage / nucleobase-containing compound metabolic process / response to testosterone / Gene and protein expression by JAK-STAT signaling after Interleukin-12 stimulation / methylation ...Methionine salvage pathway / S-methyl-5'-thioadenosine phosphorylase / 1,4-alpha-oligoglucan phosphorylase activity / S-methyl-5-thioadenosine phosphorylase activity / L-methionine salvage from methylthioadenosine / purine ribonucleoside salvage / nucleobase-containing compound metabolic process / response to testosterone / Gene and protein expression by JAK-STAT signaling after Interleukin-12 stimulation / methylation / extracellular exosome / nucleoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Methylthioadenosine phosphorylase (MTAP) / Purine phosphorylase, family 2, conserved site / Purine and other phosphorylases family 2 signature. / Nucleoside phosphorylase domain / Nucleoside phosphorylase domain / Phosphorylase superfamily / Nucleoside phosphorylase superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-MTM / PHOSPHATE ION / S-methyl-5'-thioadenosine phosphorylase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Shi, W. / Singh, V. / Tyler, P.C. / Furneaux, R.H. / Almo, S.C. / Schramm, V.L.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2004
タイトル: Picomolar transition state analogue inhibitors of human 5'-methylthioadenosine phosphorylase and X-ray structure with MT-immucillin-A
著者: Singh, V. / Shi, W. / Evans, G.B. / Tyler, P.C. / Furneaux, R.H. / Almo, S.C. / Schramm, V.L.
履歴
登録2001年9月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年9月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32023年8月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5'-Deoxy-5'-Methylthioadenosine Phosphorylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,6693
ポリマ－31,2771
非ポリマー3922
水2,486138
1
A: 5'-Deoxy-5'-Methylthioadenosine Phosphorylase
ヘテロ分子

A: 5'-Deoxy-5'-Methylthioadenosine Phosphorylase
ヘテロ分子

A: 5'-Deoxy-5'-Methylthioadenosine Phosphorylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,0089
ポリマ－93,8313
非ポリマー1,1776
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-y+1,x-y,z1
crystal symmetry operation3_665-x+y+1,-x+1,z1
Buried area9550 Å2
ΔGint-75 kcal/mol
Surface area29550 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)122.231, 122.231, 44.743
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 120
Int Tables number150
Space group name H-MP321
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-539-

HOH

詳細The other two monomers of the biological assembly is generated by the three fold axis, -Y, X-Y, Z; and -X+Y, -X, Z.

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要素

#1: タンパク質 5'-Deoxy-5'-Methylthioadenosine Phosphorylase / 5'-Methylthioadenosine Phosphorylase / MTAP


分子量: 31277.053 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: PET-28A / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q13126, S-methyl-5'-thioadenosine phosphorylase
#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 化合物 ChemComp-MTM / (3S,4R)-2-(4-AMINO-5H-PYRROLO[3,2-D]PYRIMIDIN-7-YL)-5-[(METHYLSULFANYL)METHYL]PYRROLIDINE-3,4-DIOL / (1S)-1-(9-DEAZAADENIN-9-YL)-1,4,5-TRIDEOXY-1,4-IMINO-5-METHYLTHIO-D-RIBITOL


分子量: 297.377 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H19N5O2S
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 138 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.13 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: PEG 6000, Spermidine, Tris, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
結晶化
*PLUS
温度: 18 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
115 mg/mlprotein1drop
2100 mMspermidine1drop
3100 mMTris1reservoirpH8.0
420 %PEG60001reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X9B / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年3月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→20 Å / Num. all: 28021 / Num. obs: 28021 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6 % / Biso Wilson estimate: 7.7 Å2 / Rsym value: 0.064 / Net I/σ(I): 14.6
反射 シェル解像度: 1.95→2.02 Å / 冗長度: 5.8 % / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / Num. unique all: 2794 / Rsym value: 0.387 / % possible all: 100
反射
*PLUS
最低解像度: 20 Å / Num. measured all: 167189 / Rmerge(I) obs: 0.064
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 100 % / Rmerge(I) obs: 0.386

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 1CG6

1cg6


解像度: 1.95→20 Å / Isotropic thermal model: Restrained / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.207 2676 10 %RANDOM
Rwork0.18 ---
obs0.183 26776 94.9 %-
all-28204 --
溶媒の処理溶媒モデル: flat model / Bsol: 44.3308 Å2 / ksol: 0.406563 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 19.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.24 Å20.86 Å20 Å2
2--0.24 Å20 Å2
3----0.48 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.22 Å0.2 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.13 Å0.09 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2084 0 25 138 2247
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.79
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.271.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.932
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.152
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.192.5
LS精密化 シェル解像度: 1.95→2.07 Å / Rfactor Rfree error: 0.011 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.224 418 10.1 %
Rwork0.196 3748 -
obs--89.7 %
精密化
*PLUS
最低解像度: 20 Å / Rfactor Rwork: 0.18
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg23
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.79

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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