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万見
- PDB-1k24: Crystal Structure of the OpcA Outer Membrane Adhesin/Invasin from... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1k24
タイトルCrystal Structure of the OpcA Outer Membrane Adhesin/Invasin from Neisseria meningitidis
要素outer membrane protein
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Adhesin / Invasin / Outer Membrane / Beta Barrel
機能・相同性
機能・相同性情報


aspartic-type endopeptidase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
OPCA outer membrane adhesin/invasin / Outer membrane adhesin OpcA / Outer membrane protein OpcA / Outer membrane adhesin/peptidase omptin / Lipocalin / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
OpcA protein / Outer membrane protein
類似検索 - 構成要素
生物種Neisseria meningitidis (髄膜炎菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 2.03 Å
データ登録者Prince, S.M. / Achtman, M. / Derrick, J.P.
引用
ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2002
タイトル: Crystal structure of the OpcA integral membrane adhesin from Neisseria meningitidis.
著者: Prince, S.M. / Achtman, M. / Derrick, J.P.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2001
タイトル: Expression, Refolding and Crystallization of the OpcA Invasin from Neisseria meningitidis
著者: Prince, S.M. / Feron, C. / Janssens, D. / Lobet, Y. / Achtman, M. / Kusecek, B. / Bullough, P.A. / Derrick, J.P.
#2: ジャーナル: J.EXP.MED. / 年: 1988
タイトル: Purification and Characterization of Eight Class 5 outer Membrane Protein Variants from a Clone of Neisseria meningitidis Serogroup A
著者: Achtman, M. / Neilbert, M. / Crowe, B.A. / Strittmatter, W. / Kusecek, B. / Weyse, E. / Walsh, M.J. / Slawig, B. / Morelli, G. / Moll, A. / Blake, M.
#3: ジャーナル: MOL.MICROBIOL. / 年: 1999
タイトル: Projection Structure of Reconstituted Opc Outer Membrane Protein from Neisseria meningitidis
著者: Collins, R. / Achtman, M. / Ford, R. / Bullough, P. / Derrick, J.
#4: ジャーナル: MOL.MICROBIOL. / 年: 1997
タイトル: Two-dimensional Structure of the Opc Invasin from Neisseria meningitidis
著者: Merker, P. / Tommassen, J. / Kusacek, B. / Virji, M. / Sesardic, D. / Achtman, M.
履歴
登録2001年9月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年3月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_special_symmetry / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: outer membrane protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,7656
ポリマ－28,0931
非ポリマー6735
水2,594144
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
A: outer membrane protein
ヘテロ分子

A: outer membrane protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,53112
ポリマ－56,1852
非ポリマー1,34610
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,-y,z1
Buried area3070 Å2
ΔGint-269 kcal/mol
Surface area27840 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)96.859, 46.346, 73.977
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-547-

HOH

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要素

#1: タンパク質 outer membrane protein / OpcA protein


分子量: 28092.643 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Outer membrane / 由来: (天然) Neisseria meningitidis (髄膜炎菌) / 参照: UniProt: Q9AE79, UniProt: Q51227*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル


分子量: 238.278 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22O6 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 144 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.2 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: PEG 6K, Zinc Acetate, Zinc Chloride, C10E5, Beta-heptyl-glucoside, TRIS/HCl, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
結晶化
*PLUS
詳細: Prince, S.M., (2001) Acta Crystallogr., Sect.D, 57, 1164.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
180 %ethanol1drop
210 mg/mlprotein1drop
325 mMTris-HCl1droppH7.5
41 %(v/v)n-decylpentaoxyethylene1drop
550 mMTris acetic acid1reservoirpH7.5
6150 mMzinc acetate1reservoir
750 mM1reservoirZnCl2
80.5 %(w/v)n-heptyl beta-D-glucoside1reservoir
920 %(w/v)PEG40001reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.934 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 1999年10月9日 / 詳細: toroidal mirror
放射モノクロメーター: Diamond & Ge-crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.03→36.5 Å / Num. all: 21875 / Num. obs: 21875 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -5 / 冗長度: 10.2 % / Biso Wilson estimate: 37.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.084 / Rsym value: 0.084 / Net I/σ(I): 16.5
反射 シェル解像度: 2.03→2.08 Å / 冗長度: 6.2 % / Rmerge(I) obs: 0.325 / Mean I/σ(I) obs: 4.1 / Num. unique all: 1320 / Rsym value: 0.325 / % possible all: 82.4
反射
*PLUS
最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 36.4 Å / Rmerge(I) obs: 0.081
反射 シェル
*PLUS
Rmerge(I) obs: 0.325

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SHARP位相決定
REFMAC精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 2.03→36.5 Å / SU B: 4.423 / SU ML: 0.125
Isotropic thermal model: Overall Anisotropic B-factor applied. 28 TLS tensors refined, Residual B-factors also refined.
交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.203 / ESU R Free: 0.182 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: Maximum Likelihood target, Bulk Solvent Correction applied. TLS TENSORS WERE USED TO MODEL DISORDER, THE DEPOSITION CONTAINS THE EQUIVALENT B-FACTORS CALCULATED FROM THESE TENSORS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.274 1093 5 %Random
Rwork0.235 ---
all0.237 20754 --
obs0.237 20754 98.45 %-
原子変位パラメータBiso mean: 70.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.25 Å2-1.58 Å2-1.67 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati sigma a0.182 Å0.203 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.03→36.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1952 0 35 144 2131
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0190.021
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d1.9511.954
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord0.1550.5
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.0050.02
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.1430.2
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd5.3053
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd19.87615
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd0.2280.5
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it0.5671.5
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it0.9132
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it1.6223
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it2.4894.5
LS精密化 シェル解像度: 2.03→2.129 Å /
Rfactor反射数
Rfree0.288 126
Rwork0.227 -
obs-2561
精密化
*PLUS
Rfactor all: 0.237 / Rfactor obs: 0.235 / Rfactor Rfree: 0.274 / Rfactor Rwork: 0.235
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg1.9511.954
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.288 / Rfactor Rwork: 0.227 / Rfactor obs: 0.227

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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