ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 |
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SOLVE | | 位相決定 | CNS | 1.1 | 精密化 | DENZO | | データ削減 | CCP4 | (SCALA)データスケーリング | |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.5→29.32 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Data cutoff high absF: 1333219.43 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
| Rfactor | 反射数 | %反射 | Selection details |
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Rfree | 0.188 | 5512 | 5 % | RANDOM |
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Rwork | 0.175 | - | - | - |
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all | - | 109464 | - | - |
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obs | - | 109464 | 99 % | - |
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 44.2863 Å2 / ksol: 0.372506 e/Å3 |
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原子変位パラメータ | Biso mean: 14.9 Å2
| Baniso -1 | Baniso -2 | Baniso -3 |
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1- | 0.42 Å2 | 0 Å2 | 0 Å2 |
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2- | - | 1.87 Å2 | 0 Å2 |
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3- | - | - | -2.3 Å2 |
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Refine analyze | | Free | Obs |
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Luzzati coordinate error | 0.16 Å | 0.14 Å |
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Luzzati d res low | - | 5 Å |
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Luzzati sigma a | 0.08 Å | 0.06 Å |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.5→29.32 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 4706 | 0 | 42 | 676 | 5424 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal | Dev ideal target |
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X-RAY DIFFRACTION | c_bond_d0.005 | | X-RAY DIFFRACTION | c_angle_deg1.2 | | X-RAY DIFFRACTION | c_dihedral_angle_d22.2 | | X-RAY DIFFRACTION | c_improper_angle_d0.81 | | X-RAY DIFFRACTION | c_mcbond_it0.9 | 1.5 | X-RAY DIFFRACTION | c_mcangle_it1.34 | 2 | X-RAY DIFFRACTION | c_scbond_it1.83 | 2 | X-RAY DIFFRACTION | c_scangle_it2.71 | 2.5 | | | | | | | | |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.5→1.59 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Total num. of bins used: 6
| Rfactor | 反射数 | %反射 |
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Rfree | 0.226 | 922 | 5.2 % |
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Rwork | 0.204 | 16917 | - |
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obs | - | - | 97.7 % |
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Xplor file | Refine-ID | Serial no | Param file | Topol file |
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X-RAY DIFFRACTION | 1 | PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOPX-RAY DIFFRACTION | 2 | WATER_REP.PARAMWATER.TOPX-RAY DIFFRACTION | 3 | GLYCEROL.PARGLYCEROL.TOPX-RAY DIFFRACTION | 4 | ION.PARAMION.TOP | | | | | | | |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / バージョン: 1.1 / 分類: refinement |
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精密化 | *PLUS σ(F): 0 / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor obs: 0.175 |
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溶媒の処理 | *PLUS |
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原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 14.9 Å2 |
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拘束条件 | *PLUS Refine-ID | タイプ | Dev ideal | Dev ideal target |
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X-RAY DIFFRACTION | c_angle_deg1.2 | | X-RAY DIFFRACTION | c_dihedral_angle_d | | X-RAY DIFFRACTION | c_dihedral_angle_deg22.2 | | X-RAY DIFFRACTION | c_improper_angle_d | | X-RAY DIFFRACTION | c_improper_angle_deg0.81 | | X-RAY DIFFRACTION | c_mcbond_it | 1.5 | X-RAY DIFFRACTION | c_scbond_it | 2 | X-RAY DIFFRACTION | c_mcangle_it | 2 | X-RAY DIFFRACTION | c_scangle_it | 2.5 | | | | | | | | | |
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.226 / % reflection Rfree: 5.2 % / Rfactor Rwork: 0.204 |
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