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- PDB-1k1g: STRUCTURAL BASIS FOR RECOGNITION OF THE INTRON BRANCH SITE RNA BY... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1k1g
タイトルSTRUCTURAL BASIS FOR RECOGNITION OF THE INTRON BRANCH SITE RNA BY SPLICING FACTOR 1
要素
  • 5'-R(*UP*AP*UP*AP*CP*UP*AP*AP*CP*AP*A)-3'
  • SF1-Bo isoform
キーワードGENE REGULATION/RNA / Splicing / branch point sequence / protein/RNA recognition / complex E / KH domain (KHドメイン) / QUA2 homology / STAR proteins (恒星) / GENE REGULATION-RNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


nuclear body organization / U2AF complex / regulation of steroid biosynthetic process / Leydig cell differentiation / male sex determination / regulation of mRNA splicing, via spliceosome / spliceosomal complex assembly / mRNA 3'-splice site recognition / mRNA Splicing - Major Pathway / negative regulation of smooth muscle cell proliferation ...nuclear body organization / U2AF complex / regulation of steroid biosynthetic process / Leydig cell differentiation / male sex determination / regulation of mRNA splicing, via spliceosome / spliceosomal complex assembly / mRNA 3'-splice site recognition / mRNA Splicing - Major Pathway / negative regulation of smooth muscle cell proliferation / spliceosomal complex / mRNA splicing, via spliceosome / transcription corepressor activity / nuclear body / リボソーム / mRNA binding / RNA binding / zinc ion binding / 核質 / identical protein binding / 細胞核
類似検索 - 分子機能
Splicing factor 1, helix-hairpin domain / : / Splicing factor 1 helix-hairpin domain / KH domain-containing BBP-like / K Homology domain, type 1 / KHドメイン / K Homology domain, type 1 / Ribosomal Protein S8; Chain: A, domain 1 / Type-1 KH domain profile. / K Homology domain, type 1 superfamily ...Splicing factor 1, helix-hairpin domain / : / Splicing factor 1 helix-hairpin domain / KH domain-containing BBP-like / K Homology domain, type 1 / KHドメイン / K Homology domain, type 1 / Ribosomal Protein S8; Chain: A, domain 1 / Type-1 KH domain profile. / K Homology domain, type 1 superfamily / KHドメイン / K homology RNA-binding domain / ジンクフィンガー / Zinc knuckle / Zinc finger, CCHC-type / Zinc finger CCHC-type profile. / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
リボ核酸 / RNA (> 10) / Splicing factor 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / restrained molecular dynamics, simulated annealing
データ登録者Liu, Z. / Luyten, I. / Bottomley, M.J. / Messias, A.C. / Houngninou-Molango, S. / Sprangers, R. / Zanier, K. / Kramer, A. / Sattler, M.
引用ジャーナル: Science / 年: 2001
タイトル: Structural basis for recognition of the intron branch site RNA by splicing factor 1.
著者: Liu, Z. / Luyten, I. / Bottomley, M.J. / Messias, A.C. / Houngninou-Molango, S. / Sprangers, R. / Zanier, K. / Kramer, A. / Sattler, M.
履歴
登録2001年9月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年11月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月23日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: 5'-R(*UP*AP*UP*AP*CP*UP*AP*AP*CP*AP*A)-3'
A: SF1-Bo isoform


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,1622
ポリマ－18,1622
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 10010 lowest energy structures consistent with experimental distance and dihedral angle restraints
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: RNA鎖 5'-R(*UP*AP*UP*AP*CP*UP*AP*AP*CP*AP*A)-3'


分子量: 3459.138 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Yeast and mammalian consensus BPS sequence
#2: タンパク質 SF1-Bo isoform / Splicing Factor 1


分子量: 14702.896 Da / 分子数: 1 / Fragment: Residues 133-260, KH-QUA2 region / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: modified pET24d / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE3 / 参照: UniProt: Q15637

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1123D 13C-separated NOESY
1223D 13C/15N edited/filtered NOESY
1333D 15N-separated NOESY
NMR実験の詳細Text: Backbone and side chain 1H, 15N and 13C resonances were assigned using standard triple resonance experiments. Distance restraints were derived from 13C- and 15N-edited 3D NOESY experiments. ...Text: Backbone and side chain 1H, 15N and 13C resonances were assigned using standard triple resonance experiments. Distance restraints were derived from 13C- and 15N-edited 3D NOESY experiments. Assignments for the RNA were obtained from 2D isotope-filtered experiments. Intermolecular distance restraints were measured in 3D 13C-edited/filtered experiments. Dihedral angle restraints for the backbone angle phi were derived from 3J(HN,Ha) coupling constants measured in an HNHA-J experiment, additional phi/psi restraints were derived from TALOS. Hydrogen bond restraints for secondary structure elements in the protein were defined from slowly exchanging amide protons, identified after exchange of the H2O buffer to D2O.

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11 mM U-15N,13C SF1 KH-QUA2/unlabeled BPS in 20 mM phosphate buffer NA pH 6.5, 50 mM NaCl, 2 mM DTT90% H2O/10% D2O
21 mM U-15N,13C SF1 KH-QUA2/unlabeled BPS in 20 mM phosphate buffer NA pH 6.5, 50 mM NaCl, 2 mM DTT100% D2O
31 mM U-15N SF1 KH-QUA2/unlabeled BPS in 20 mM phosphate buffer NA pH 6.5, 50 mM NaCl, 2 mM DTT90% H2O/10% D2O
試料状態
Conditions-IDイオン強度pH圧 (kPa)温度 (K)
150 mM NaCl 6.5 ambient 295 K
250 mM NaCl 6.5 ambient 278 K
結晶化
*PLUS
手法: その他 / 詳細: NMR

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DRXBrukerDRX5001
Bruker DRXBrukerDRX6002
Bruker DRXBrukerDRX8003

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
XwinNMR2.6Brukercollection
NMRPipe1.8F. Delaglio, S. Grzesiek, G. Vuister, G. Zhu, J. Pfeifer, & A. Bax解析
XEASY1.2Ch. Bartels, T.-H. Xia, M. Billeter, P. Gntert and K. Wthrichデータ解析
ARIA/CNS1J. Linge, M. Nilges構造決定
ARIA/CNS1J. Linge, M. Nilges精密化
精密化手法: restrained molecular dynamics, simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: STRUCTURES WERE CALCULATED WITH A MIXED TORSION AND CARTESIAN ANGLE DYNAMICS PROTOCOL USING ARIA/CNS. A REDUCED RELAXATION MATRIX APPROACH WAS USED FOR THE NOE CALIBRATION. THE STRUCTURES ARE ...詳細: STRUCTURES WERE CALCULATED WITH A MIXED TORSION AND CARTESIAN ANGLE DYNAMICS PROTOCOL USING ARIA/CNS. A REDUCED RELAXATION MATRIX APPROACH WAS USED FOR THE NOE CALIBRATION. THE STRUCTURES ARE CURRENTLY BEING REFINED USING RESIDUAL DIPOLAR COUPLINGS AND WILL BE UPDATED IN THE FUTURE.
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: 10 lowest energy structures consistent with experimental distance and dihedral angle restraints
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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