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万見
- PDB-1k1e: Structure Of the cobalt-bound form of the deoxy-D-mannose-octulos... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1k1e
タイトルStructure Of the cobalt-bound form of the deoxy-D-mannose-octulosonate 8-phosphate phosphatase (YrbI) From Haemophilus Influenzae (HI1679)
要素deoxy-D-mannose-octulosonate 8-phosphate phosphatase
キーワードHYDROLASE / HI1679 / structural genomics / KDO 8-P phosphatase / Structure 2 Function Project / S2F
機能・相同性
機能・相同性情報


3-deoxy-manno-octulosonate-8-phosphatase / 3-deoxy-manno-octulosonate-8-phosphatase activity / lipopolysaccharide biosynthetic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
KdsC family / HAD-superfamily hydrolase,subfamily IIIA / haloacid dehalogenase-like hydrolase / HAD superfamily/HAD-like / HAD superfamily / HAD-like superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / : / 3-deoxy-D-manno-octulosonate 8-phosphate phosphatase KdsC
類似検索 - 構成要素
生物種Haemophilus influenzae Rd (インフルエンザ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.67 Å
データ登録者Lim, K. / Herzberg, O. / Structure 2 Function Project (S2F)
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2002
タイトル: From structure to function: YrbI from Haemophilus influenzae (HI1679) is a phosphatase.
著者: Parsons, J.F. / Lim, K. / Tempczyk, A. / Krajewski, W. / Eisenstein, E. / Herzberg, O.
履歴
登録2001年9月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年2月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32023年8月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 400COMPOUND THE FUNCTION OF THE PROTEIN WAS ASSIGNED INDEPENDENTLY BY THE WOODARD GROUP: ESCHERICHIA ...COMPOUND THE FUNCTION OF THE PROTEIN WAS ASSIGNED INDEPENDENTLY BY THE WOODARD GROUP: ESCHERICHIA COLI YRBI IS 3-DEOXY-D-MANNO-OCTULOSONATE 8-PHOSPHATE PHOSPHATASE, WU J, WOODARD RW; J BIOL CHEM. 2003 278:18117-2.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: deoxy-D-mannose-octulosonate 8-phosphate phosphatase
B: deoxy-D-mannose-octulosonate 8-phosphate phosphatase
C: deoxy-D-mannose-octulosonate 8-phosphate phosphatase
D: deoxy-D-mannose-octulosonate 8-phosphate phosphatase
E: deoxy-D-mannose-octulosonate 8-phosphate phosphatase
F: deoxy-D-mannose-octulosonate 8-phosphate phosphatase
G: deoxy-D-mannose-octulosonate 8-phosphate phosphatase
H: deoxy-D-mannose-octulosonate 8-phosphate phosphatase
I: deoxy-D-mannose-octulosonate 8-phosphate phosphatase
J: deoxy-D-mannose-octulosonate 8-phosphate phosphatase
K: deoxy-D-mannose-octulosonate 8-phosphate phosphatase
L: deoxy-D-mannose-octulosonate 8-phosphate phosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)239,44563
ポリマ－233,46312
非ポリマー5,98251
水25,4731414
1
A: deoxy-D-mannose-octulosonate 8-phosphate phosphatase
B: deoxy-D-mannose-octulosonate 8-phosphate phosphatase
C: deoxy-D-mannose-octulosonate 8-phosphate phosphatase
D: deoxy-D-mannose-octulosonate 8-phosphate phosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,81521
ポリマ－77,8214
非ポリマー1,99417
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11720 Å2
ΔGint-176 kcal/mol
Surface area23830 Å2
手法PISA
2
E: deoxy-D-mannose-octulosonate 8-phosphate phosphatase
F: deoxy-D-mannose-octulosonate 8-phosphate phosphatase
G: deoxy-D-mannose-octulosonate 8-phosphate phosphatase
H: deoxy-D-mannose-octulosonate 8-phosphate phosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,72320
ポリマ－77,8214
非ポリマー1,90216
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11650 Å2
ΔGint-177 kcal/mol
Surface area23750 Å2
手法PISA
3
I: deoxy-D-mannose-octulosonate 8-phosphate phosphatase
J: deoxy-D-mannose-octulosonate 8-phosphate phosphatase
K: deoxy-D-mannose-octulosonate 8-phosphate phosphatase
L: deoxy-D-mannose-octulosonate 8-phosphate phosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,90722
ポリマ－77,8214
非ポリマー2,08618
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11660 Å2
ΔGint-176 kcal/mol
Surface area23940 Å2
手法PISA
4
I: deoxy-D-mannose-octulosonate 8-phosphate phosphatase
J: deoxy-D-mannose-octulosonate 8-phosphate phosphatase
K: deoxy-D-mannose-octulosonate 8-phosphate phosphatase
L: deoxy-D-mannose-octulosonate 8-phosphate phosphatase
ヘテロ分子

I: deoxy-D-mannose-octulosonate 8-phosphate phosphatase
J: deoxy-D-mannose-octulosonate 8-phosphate phosphatase
K: deoxy-D-mannose-octulosonate 8-phosphate phosphatase
L: deoxy-D-mannose-octulosonate 8-phosphate phosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)159,81444
ポリマ－155,6428
非ポリマー4,17236
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area27190 Å2
ΔGint-369 kcal/mol
Surface area44020 Å2
手法PISA
5
A: deoxy-D-mannose-octulosonate 8-phosphate phosphatase
B: deoxy-D-mannose-octulosonate 8-phosphate phosphatase
C: deoxy-D-mannose-octulosonate 8-phosphate phosphatase
D: deoxy-D-mannose-octulosonate 8-phosphate phosphatase
E: deoxy-D-mannose-octulosonate 8-phosphate phosphatase
F: deoxy-D-mannose-octulosonate 8-phosphate phosphatase
G: deoxy-D-mannose-octulosonate 8-phosphate phosphatase
H: deoxy-D-mannose-octulosonate 8-phosphate phosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)159,53841
ポリマ－155,6428
非ポリマー3,89633
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area26900 Å2
ΔGint-367 kcal/mol
Surface area44050 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)109.3, 109.1, 179.1
Angle α, β, γ (deg.)90.0, 107.6, 90.0
Int Tables number5
Space group name H-MC121
詳細The biological unit is a tetramer. The asymmetric unit contains three tetramers

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要素

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タンパク質 , 1種, 12分子 ABCDEFGHIJKL

#1: タンパク質
deoxy-D-mannose-octulosonate 8-phosphate phosphatase / YRBI / KDO 8-P phosphatase / HI1679


分子量: 19455.283 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Haemophilus influenzae Rd (インフルエンザ菌)
生物種: Haemophilus influenzae / 株: KW20 / 遺伝子: HI1679 / プラスミド: PDEST17-HI1679 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B21(DE3)
参照: UniProt: P45314, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 1価のリン酸エステル加水分解酵素

-
非ポリマー , 6種, 1465分子

#2: 化合物
ChemComp-CO / COBALT (II) ION


分子量: 58.933 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Co
#3: 化合物
ChemComp-HG / MERCURY (II) ION


分子量: 200.590 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Hg
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1414 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.57 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 1.5 M ammonium sulfate, 0.1 M MES, 10 mM CoCl2. Crystal soaked with 1mM Hg acetate for 3 days. 10% glycerol added for flash-cooling, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X12C / 波長: 0.95 Å
検出器タイプ: BRANDEIS / 検出器: CCD / 日付: 2000年8月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.67→50 Å / Num. all: 199616 / Num. obs: 199616 / % possible obs: 86.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 19 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 11.6
反射 シェル解像度: 1.67→1.75 Å / Rmerge(I) obs: 0.213 / % possible all: 49.3

-
解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLORモデル構築
CNS精密化
X-PLOR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: HI1679 (PDB code 1j8d)

1j8d


解像度: 1.67→20 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.225 11439 -random
Rwork0.178 ---
obs-190806 82.5 %-
原子変位パラメータBiso mean: 21 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.67→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15793 0 186 1414 17393
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d0.021
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.9
LS精密化 シェル解像度: 1.67→1.75 Å / Rfactor Rfree: 0.269 / Rfactor Rwork: 0.206

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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