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- PDB-1k1d: Crystal structure of D-hydantoinase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1k1d
タイトルCrystal structure of D-hydantoinase
要素D-hydantoinase
キーワードHYDROLASE / D-hydantoinase
機能・相同性
機能・相同性情報


加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 環状アミドに作用 / hydrolase activity, acting on carbon-nitrogen (but not peptide) bonds, in cyclic amides / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Hydantoinase/dihydropyrimidinase / : / Urease, subunit C; domain 1 / Urease, subunit C, domain 1 / Amidohydrolase family / Metal-dependent hydrolase, composite domain superfamily / Amidohydrolase-related / Metal-dependent hydrolases / Metal-dependent hydrolase / Roll ...Hydantoinase/dihydropyrimidinase / : / Urease, subunit C; domain 1 / Urease, subunit C, domain 1 / Amidohydrolase family / Metal-dependent hydrolase, composite domain superfamily / Amidohydrolase-related / Metal-dependent hydrolases / Metal-dependent hydrolase / Roll / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Geobacillus stearothermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.01 Å
データ登録者Cheon, Y.H. / Kim, H.S. / Han, K.H. / Abendroth, J. / Niefind, K. / Schomburg, D. / Wang, J. / Kim, Y.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2002
タイトル: Crystal structure of D-hydantoinase from Bacillus stearothermophilus: insight into the stereochemistry of enantioselectivity.
著者: Cheon, Y.H. / Kim, H.S. / Han, K.H. / Abendroth, J. / Niefind, K. / Schomburg, D. / Wang, J. / Kim, Y.
履歴
登録2001年9月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02002年8月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32025年3月26日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: D-hydantoinase
B: D-hydantoinase
C: D-hydantoinase
D: D-hydantoinase
E: D-hydantoinase
F: D-hydantoinase
G: D-hydantoinase
H: D-hydantoinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)406,11624
ポリマ－405,0698
非ポリマー1,04716
水00
1
A: D-hydantoinase
B: D-hydantoinase
G: D-hydantoinase
H: D-hydantoinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)203,05812
ポリマ－202,5344
非ポリマー5238
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8730 Å2
ΔGint-360 kcal/mol
Surface area59530 Å2
手法PISA
2
C: D-hydantoinase
D: D-hydantoinase
E: D-hydantoinase
F: D-hydantoinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)203,05812
ポリマ－202,5344
非ポリマー5238
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8780 Å2
ΔGint-361 kcal/mol
Surface area59450 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)214.449, 182.890, 156.131
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 125.27, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質
D-hydantoinase


分子量: 50633.621 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Geobacillus stearothermophilus (バクテリア)
プラスミド: pMAL-c2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q45515
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.12 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: Ammonium Sulfate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K
結晶化
*PLUS
温度: 21 ℃
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
110 mg/mlprotein1drop
220 mMTris-HCl1droppH7.5
3200 mM1dropNaCl
4100 mMTris-Cl1reservoirpH7.5
52.1 Mammonium sulfate1reservoir

-
データ収集

回折平均測定温度: 125 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 0.91 Å
検出器タイプ: CUSTOM-MADE / 検出器: CCD / 日付: 2001年1月7日
放射モノクロメーター: graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→20 Å / Num. all: 96278 / Num. obs: 96187 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 1.74
反射 シェル解像度: 3→3.11 Å / % possible all: 99.9
反射
*PLUS
最低解像度: 20 Å / Num. measured all: 943917 / Rmerge(I) obs: 0.138

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
AMoRE& GLRF位相決定
CNS1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
GLRF位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.01→19.97 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Data cutoff high absF: 60706.44 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28 9138 10 %RANDOM
Rwork0.263 ---
all0.263 96278 --
obs0.263 91758 94.8 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 32.4953 Å2 / ksol: 0.341808 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 53.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--10.53 Å20 Å210.63 Å2
2--8.32 Å20 Å2
3---2.2 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.52 Å0.47 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.79 Å0.72 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.01→19.97 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数28480 0 16 0 28496
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.6
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.9
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.91
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it0.961.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.682
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.242
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.032.5
LS精密化 シェル解像度: 3→3.19 Å / Rfactor Rfree error: 0.012 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.431 1275 9.9 %
Rwork0.401 11565 -
obs--79.1 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2KCS.PARAMKCS.TOP
X-RAY DIFFRACTION3ION.PARAM
X-RAY DIFFRACTION4WATER.PARAM
精密化
*PLUS
最高解像度: 3 Å / 最低解像度: 20 Å / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor obs: 0.263 / Rfactor Rfree: 0.28 / Rfactor Rwork: 0.263
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg22.9
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.91
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.431 / Rfactor Rwork: 0.401

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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