ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 |
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AMoRE | & GLRF位相決定 | CNS | 1 | 精密化 | DENZO | | データ削減 | SCALEPACK | | データスケーリング | GLRF | | 位相決定 | |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.01→19.97 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Data cutoff high absF: 60706.44 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
| Rfactor | 反射数 | %反射 | Selection details |
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Rfree | 0.28 | 9138 | 10 % | RANDOM |
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Rwork | 0.263 | - | - | - |
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all | 0.263 | 96278 | - | - |
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obs | 0.263 | 91758 | 94.8 % | - |
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 32.4953 Å2 / ksol: 0.341808 e/Å3 |
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原子変位パラメータ | Biso mean: 53.6 Å2
| Baniso -1 | Baniso -2 | Baniso -3 |
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1- | -10.53 Å2 | 0 Å2 | 10.63 Å2 |
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2- | - | 8.32 Å2 | 0 Å2 |
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3- | - | - | 2.2 Å2 |
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Refine analyze | | Free | Obs |
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Luzzati coordinate error | 0.52 Å | 0.47 Å |
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Luzzati d res low | - | 5 Å |
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Luzzati sigma a | 0.79 Å | 0.72 Å |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.01→19.97 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 28480 | 0 | 16 | 0 | 28496 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal | Dev ideal target |
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X-RAY DIFFRACTION | c_bond_d0.008 | | X-RAY DIFFRACTION | c_angle_deg1.6 | | X-RAY DIFFRACTION | c_dihedral_angle_d22.9 | | X-RAY DIFFRACTION | c_improper_angle_d0.91 | | X-RAY DIFFRACTION | c_mcbond_it0.96 | 1.5 | X-RAY DIFFRACTION | c_mcangle_it1.68 | 2 | X-RAY DIFFRACTION | c_scbond_it1.24 | 2 | X-RAY DIFFRACTION | c_scangle_it2.03 | 2.5 | | | | | | | | |
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LS精密化 シェル | 解像度: 3→3.19 Å / Rfactor Rfree error: 0.012 / Total num. of bins used: 6
| Rfactor | 反射数 | %反射 |
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Rfree | 0.431 | 1275 | 9.9 % |
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Rwork | 0.401 | 11565 | - |
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obs | - | - | 79.1 % |
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Xplor file | Refine-ID | Serial no | Param file | Topol file |
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X-RAY DIFFRACTION | 1 | PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOPX-RAY DIFFRACTION | 2 | KCS.PARAMKCS.TOPX-RAY DIFFRACTION | 3 | ION.PARAM | X-RAY DIFFRACTION | 4 | WATER.PARAM | | | | | | |
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 3 Å / 最低解像度: 20 Å / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor obs: 0.263 / Rfactor Rfree: 0.28 / Rfactor Rwork: 0.263 |
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溶媒の処理 | *PLUS |
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原子変位パラメータ | *PLUS |
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拘束条件 | *PLUS Refine-ID | タイプ | Dev ideal |
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X-RAY DIFFRACTION | c_dihedral_angle_d | X-RAY DIFFRACTION | c_dihedral_angle_deg22.9 | X-RAY DIFFRACTION | c_improper_angle_d | X-RAY DIFFRACTION | c_improper_angle_deg0.91 | | | | |
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.431 / Rfactor Rwork: 0.401 |
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